Число дней с пыльными бурями в среднем составляет 2-3 дня, максимальное - 5-15 дней. Сильные пыльные бури, принявшие характер стихийных бедствий, отмечены в марте - апреле 1960 года, в апреле 1965 и январе-феврале 1969 года. За последние 40 лет наиболее сильной была буря 1969 года. Максимальные скорости ветра при этом достигали 25-30 м/сек. с порывами до 40-45 м/сек. Пыльные бури в сочетании с сильными морозами нанесли значительный ущерб сельскохозяйственному производству. Были засыпаны все непродуваемые лесные полосы, которые в настоящее время находятся в неудовлетворительном состоянии. Незащищенные участки пашни в среднем потеряли 2-3 см плодородной почвы. Выдувание почвы только на 1 см означает потерю с каждого гектара азота - 31 кг, фосфора – 22 кг и калия - 312 кг. На полях, имеющих систему лесополос, значительного повреждения посевов и выдувания почвы не происходит.
Рельеф. Территория района представляет собой обширную Азово-Кубанскую низменность со спокойным рельефом, однообразие которого нарушается лишь долинами рек. От побережья Азовского моря на юго-восток низменность постепенно повышается. Отметка береговой полосы Ейского лимана и Таганрогского залива находится на 0,4 м ниже уровня Балтийского моря. Пойменные земли реки Ея имеют отметки 0,3-0,9 м над уровнем моря. Берега залива крутые, обрывистые, резко возвышающиеся. Их отметки над уровнем моря составляют 28-35 м. Наибольшее возвышение находится на территории СПК им. Шевченко и составляет 52 м. Залиманская часть более возвышена - отметки здесь колеблются от 32 до 52 м. Эта часть территории района более изрезана балочными системами. Особенно ярко пересеченность рельефа выражена на территории СПК «Северный» и СПК им. Шевченко. Здесь крутизна балок составляет 3-5ْْ и более. Южная часть района более выражена. Отметки на этой части района имеются от 18 до 35 м. Более пересеченой является территория колхозов им. Калинина и им. Димитрова, которая прилегает к реке Ясени. Здесь уклоны местности составляют 1-3ْ.
Характерной особенностью рельефа района являются замкнутые понижения - западины. Они занимают площадь 4-6 тыс. га.
Глубина понижений составляет от 1 до 2,5 м. Площадь отдельных понижений достигает 550 га и используется как пастбища.
Гидрография и гидрология. Самой длинной и многоводной рекой Азово-Кубанской низменности является река Ея. Она имеет длину 311 км и ниже станицы Старощербиновской впадает в Ейский лиман. Долина реки Ей сильно заболочена, она образует ряд маленьких лиманов и озер, заросших тростником, камышом, осокой и другими влаголюбивыми растениями. На территории района река сильно петляет по долине, образует плесы и старицы, глубина ее от 0,2 до 0,5 м. Питается река в основном атмосферными осадками. Горизонты воды и расходы ее сильно колеблются по сезонам года.
Очень малые уклоны реки и устьевой части способствовали нагону в нее солоноватой воды из Ейского лимана на расстоянии до 8 км. В настоящее время построенная дамба предотвращает поступление воды вверх по течению.
Вода реки Ея имеет высокую минерализацию. Технические и питьевые качества ее низкие. Высокая минерализация этих вод делает их совсем непригодными для орошения. За год р. Ея выносит в Ейский лиман около 80 млн. куб. м воды. Второй рекой, которая протекает в Щербиновском районе, является река Ясени. Она берет начало в 18 км от ст.Новощербиновской. Это маловодная река, с плохим качеством воды. Режим использования вод р.Ясени обусловливается тем, что эта река подпитывает озеро Ханское, имеющее целебные лечебные грязи. На базе этих грязей действует Ейская группа курортов.
Грунтовые воды залегают на значительной глубине. В южной части района они находятся на глубине 3-5 м, в районе станицы Старощербиновской - до 9 м, в залиманской части района - от 15 до 40 м. Вода сильно минерализована. Пригодна для технических нужд и водопоя скота.
Растительность. В прошлом на территории района произрастала разнотравно-злаковая растительность с наличием в ее составе большого количества лугово-степного разнотравья.
В настоящее время в связи с почти полной распаханностью земель района остатки природных степных фитоценозов встречаются на неудобных для агрокультуры участках (склоны значительной крутизны и др.), вблизи хозяйственных построек, дорог, хотя и здесь длительная пастьба скота сильно изменила облик прежней растительности.
Естественный растительный покров равнинных массивов Прикубанской равнины, сильнопокатых и крутых склонов сухих глубоких степных балок и береговых уступов представлен злаковыми степными сообществом.
Травостой кормовых угодий сложен главным образом злаками – ковылем Лессинга, ковылем-волосатиком, овсяницей бороздчатой (типкачем) и тонконогом. Вместе со злаками встречается разнотравье - горицвет весенний, василек русский, шалфей поникающий, шалфей эфиопский, тимьян, тысячелистник обыкновенный и другие кустарники. Наряду с этим в неглубоких замкнутых и вытянутых понижениях рельефа травостой представлен короткокорневищными злаками и влаголюбивыми мезофильным разнотравьем – мятликом, костром безостым, пыреем ползучим, лабазником, шалфеем мутовчатым и др. Вместе с тем в составе влаголюбивого разнотравья наиболее глубоких западин, занятых солонцеватыми, засоленными и осолоделыми почвами, часто присутствуют солевыносливые формы растительности – солодка, бескильница, полынь, сведа и др.
Кроме того, на заболачиваемых и заболоченных почвах глубоких замкнутых депрессий, а также днищ глубоких балок с близким залеганием грунтовых вод отмечается появление значительного количества влаголюбивой растительности – осоки, ситника и др.
В пойме рек Ясени и Ея господствующее положение занимает болотная растительность – тростник обыкновенный, рогоз широколиственный, куга болотная, осока береговая и только на отдельных высыхающих участках встречается солончаковая растительность.
Почвы. Территория Щербиновского района входит в степную зону обыкновенных и южных черноземов, Приазово-Предкавказскую почвенную провинцию. Условия почвообразования однообразны. Почвообразующие породы представлены в основном легкими покровами территории района: преобладающие площади заняты черноземами различной мощности и степени выщелоченности.
Черноземы карбонатные занимают 108492 га, или 90,6 % территории района. Они расположены на равнине и слабодефлированные. Все они расположены на равнине. Их площадь – 97064 га. Они имеют благоприятные водно-физические свойства. Водопроницаемость карбонатных черноземов высокая, выпадающие осадки хорошо впитываются. Поверхностный сток по существу отсутствует и проявляется лишь после ливневых дождей. Отрицательным показателем является распыленность структуры пахотного горизонта, что обусловливает легкую податливость карбонатных почв ветровой эрозии.
В пахотном слое содержание гумуса колеблется от 3,3 до 3,4 %. С глубиной содержание гумуса значительно уменьшается и в почвообразующей породе оно равно 0,5-0,75. Запасы гумуса у сверхмощных почв составляют более 500 т на 1 га. У мощных почв содержится гумуса - 430 т/га. Данные Ленинградской агрохимической зональной лаборатории подтверждают очень низкое содержание подвижных фосфатов (менее 3 мг/100 г почвы) и высокое обменного калия (32-52,8 мг/100 г почвы).
Реакция среды в гумусированном профиле изменяется от слабо- до средне-щелочной. Таким образом, черноземы карбонатные слабогумусные сверхмощные и мощные обладают вполне удовлетворительными свойствами для развития районированных культурных растений. Сверхмощные разновидности карбонатных черноземов преимущественные площади занимают в СПК им.Фрунзе, СПК «Щербиновский», колхозах им.Димитрова и им.Калинина. Черноземы карбонатные мощные распространены в АОЗТ «Приморское», СПК им.Кирова, СПК им.Шевченко, СПК «Северный», СПК «Восточный» и колхозах «Знамя Ленина» и «50 лет Октября».На пологих и покатых склонах распространены черноземы карбонатные мощные слабосмытые и среднемощные среднесмытые. Они занимают площадь 11428 га. Преимущественно они размещены в СПК «Северный» и СПК им. Шевченко. В других хозяйствах удельный вес этих почв незначителен. Запасы гумуса в этих почвах меньше, чем у сверхмощных разновидностей соответственно на 101 и 213 т/га. Здесь в большей степени проявляется дефицит почвенной влаги, что находит свое отражение в снижении уровня урожайности сельскохозяйственных культур. Лугово-черноземные почвы имеют площадь 2752 га. Приурочены они к пологим склонам лиманов и плоским западинам. От черноземов они отличаются по морфологическим признакам и физико-химическим свойствам: мощность гумусового горизонта несколько меньше и составляет в среднем 95 см, сложение профиля более уплотненное, водно-физические свойства менее благоприятны. На этих почвах необходимо проводить глубокое рыхление. На плоских западинах сформировались лугово-черноземовидные почвы. Их площадь - 4475 га. Почвообразующими породами для них послужили уплотненные карбонатные и оливково-бурые глины. Образовались они в условиях периодического переувлажнения, о чем говорит наличие гидроморфных признаков. Большая часть этих почв (3691 га) относится к уплотненным осолоделым с сульфатно-натриевым типом засоления. Эти почвы рекомендуется использовать для организации пастьбы скота и заготовки сена.
Щербиновский район расположен в зоне, подверженной неблагоприятному влиянию сильных ветров, которые являются причиной проявления ветровой эрозии, носящей в отдельные годы характер пыльных бурь. Пыльные бури чаще всего проявляются в зимне-весенние месяцы, когда почвы слабо защищены или совсем не защищены растительным покровом и легко поддаются выдуванию. Усилению ветровой эрозии способствует распыленность структуры пахотного слоя. Большое значение в проявлении эрозии имеет рельеф местности.