Преподавательский состав академии включал девять ординарных и восемь экстраординарных профессоров, восемь доцентов и трех преподавателей современных языков, кроме того, Устав допускал привлечение приват-доцентов.
Так, по философии и истории философии предусматривалось три преподавателя, из которых один должен был быть ординарным профессором. Чтение лекций по важнейшим богословским дисциплинам также предоставлялось ординарным профессорам. Приват-доценты являлись внештатными преподавателями, которые готовились занять должность доцента или профессора. Для получения ординарной профессуры требовалась ученая степень доктора, а экстраординарной — магистра богословия по одной из академических дисциплин. То же условие действовало и в отношении небогословских дисциплин: в этом случае будущий ординарный профессор представлял докторский диплом одного из русских университетов. В целом новый Устав предполагал значительное повышение квалификации преподавательского состава. Кафедры формировались путем тайного голосования, в котором принимали участие все члены академического совета. Не известные совету соискатели из других высших школ должны были читать пробные лекции.
Хотя новый Устав предоставлял академиям большую самостоятельность, он все же сохранил и верховное руководство над ними Святейшего Синода, и опеку со стороны соответствующих епархиальных архиереев. Последние должны были заботиться об учебном процессе во всем его объеме, они председательствовали на научных заседаниях академического совета и на экзаменах. Архиерейский надзор распространялся и на внутренний распорядок академии. Вопросы управления академией, а также обучения и воспитания, находились в ведении академического совета, хозяйственные вопросы были компетенцией правления. Членами академического совета являлись: ректор (председатель), три его ассистента по учебным делам, инспектор и по два ординарных профессора от каждого отделения. Наиболее важные вопросы преподавания и воспитания решал не совет, а общее собрание, состоявшее из всех ординарных и экстраординарных профессоров. На таких собраниях происходили, в частности, выборы для замещения вакансий на кафедрах. Правление академии состояло из ректора (председателя), инспектора, трех ассистентов от отделений и эконома, исполнявшего свою должность на общественных началах. В качестве более высокой инстанции выступал епархиальный архиерей, а наивысшей — Святейший Синод. Епископ имел право делать запросы председателю совета, тогда как последний должен был представлять для сведения епископа отчеты о заседаниях и протоколы. До реформы 1869 г. при назначении ректора епархиальный архиерей выдвигал на усмотрение Святейшего Синода одного, а собрание академии — двух кандидатов, причем Синод практически всегда высказывался в пользу кандидата из монашеского звания и имевшего степень магистра. По новому Уставу ректором должно было быть лицо духовное, т. е. он мог принадлежать и к белому духовенству, что отныне часто и случалось. Условием было обладание степенью доктора богословия и чтение лекций в академии по одному из учебных предметов. В надзоре за студентами, который также входил в обязанности ректора, последний опирался на инспектора из числа профессоров. В делах обучения и воспитания ему помогали три ассистента, являвшиеся своего рода деканами отделений. Наиболее важные вопросы решались не единолично ректором, а академическим советом. Замещение должностей ректора, его ассистентов, инспектора и профессоров утверждалось Святейшим Синодом. На каждом отделении академии имелась комиссия из преподавателей для обсуждения вопросов, касавшихся отделения, окончательное решение по которым выносилось академическим советом. Согласно Уставу 1869 г., в академию могли быть приняты лица любого сословия, если они были православного вероисповедания, представили свидетельство об окончании семинарии или классической гимназии и выдержали экзамен. Академический совет имел право допускать к лекциям и вольнослушателей. Неимущие студенты при хорошей успеваемости могли учиться на казенный счет, а также жить в академии и получать стипендию. По окончании академии они должны были отслужить учителями по полтора года за каждый год обучения и только тогда при желании могли переходить на службу в другое ведомство.
В Казанской Духовной Академии для миссионерской деятельности среди буддистов и мусульман были организованы факультативные специальные лекции, читавшиеся штатными преподавателями.
Одновременно с Уставом академии получили и новые штаты, принесшие значительное увеличение профессорского жалованья, которое было уравнено с жалованьем университетских профессоров[209].
С дозволения Святейшего Синода академии получили право устраивать публичные чтения своих профессоров. Далее, разрешалось основывать ученые общества, а также публиковать научные труды профессоров и сборники источников и материалов для изучения христианства. При этом было достаточно внутренней цензуры самой академии. Прежнее положение, согласно которому сочинения профессоров подлежали общей духовной цензуре, было отменено.
В ходе подготовки нового Устава Святейшим Синодом изучался вопрос об учреждении пятой духовной академии в Вильне, о чем как о средстве борьбы против католицизма и укрепления православия в западных областях ходатайствовал в 1863 г. перед императором генерал-губернатор М. Н. Муравьев. Когда в 1864 г. по этому вопросу обратились к мнению митрополита Филарета, тот высказался против такого шага, считая, что, во-первых, преподавателей не хватает даже для существующих четырех академий, а во-вторых, для осуществления целей, указанных Муравьевым, гораздо важнее иметь хороших приходских священников, которых могут подготовить и семинарии[210].
Впоследствии свои действия активизировали не только защитники, но и противники нового академического Устава. Одним из наиболее резких его критиков был Казанский архиепископ Антоний Амфитеатров[211]. Митрополит Филарет был особенно недоволен Уставом семинарий. Несколько позднее Тверской архиепископ Савва Тихомиров направил незадолго до того назначенному обер-прокурору К. П. Победоносцеву несколько писем, полных горькой критики, которые подлили масла в огонь и, насколько это было возможно, еще более усилили отрицательное отношение обер-прокурора к проведенным преобразованиям[212]. Наряду с несомненно положительными результатами, а именно блестящим взлетом богословской науки вскоре отчетливо дали о себе знать и недостатки нового академического Устава: академии превратились в своего рода институты по выращиванию ученых богословов, чрезвычайно же важная задача подготовки научно образованного духовенства отступила на задний план. Именно на это и была направлена основная критика противников Устава[213].
Устав 1869 г. открыл белому духовенству доступ к ректорству в академиях, ликвидировав тем самым гегемонию ученого монашества. Обер-прокурор граф Д. А. Толстой, противник ученого монашества, способствовал назначению представителей белого духовенства на должности ректоров. Так, ректором Петербургской Академии стал протоиерей И. Л. Янышев (1866–1883), вступивший в должность еще до появления нового Устава. Московскую Академию с 1864 г. и до самой смерти в 1875 г. возглавлял протоиерей профессор А. В. Горский. После недолгого ректорства архимандрита Михаила Лузина (1876–1878), ректором здесь стал протоиерей С. К. Смирнов (1878–1886), оставивший должность после реформы 1884 г. Ректором Казанской Академии с 1871 по 1895 г. был протоиерей А. П. Владимирский[214]. Существенно увеличилось в академиях и число светских профессоров, и даже контрреформа 1884 г. не могла уже изменить этого положения. Специализация высшего образования позволила профессорам заранее готовить себе смену из наиболее способных учеников, которые по окончании академии оставались в ней — поначалу в качестве доцентов. Все эти факторы значительно ослабляли позиции ученого монашества в духовных академиях.