Тактика Святейшего Синода в течение 20-летнего правления Елизаветы учитывала характер императрицы и ее благожелательность по отношению к Церкви. Кроме решительного противодействия Ростовского митрополита Арсения Мацеевича открытых протестов не было, а использовались, и не без успеха, методы бюрократических проволочек, в стремлении таким образом парализовать меры, предпринимавшиеся государственной властью. Эта судьба постигла и указ Святейшему Синоду о представлении требуемого бюджета от 6 октября 1757 г., и повторный от 29 марта 1758 г.; в январе 1759 г. последовало напоминание об указе от 1 октября 1748 г. В ответе Святейший Синод сослался на свой доклад от 1754 г., хотя уже тогда он был признан неудовлетворительным. 22 января 1759 г. Сенат сообщил Синоду о назначении особого прокурора для Канцелярии экономического правления, против чего Святейший Синод протестовал, указывая на то, что такая должность в указе 15 июня 1744 г. не предусмотрена. Как отнеслась к возражениям Святейшего Синода тогда уже больная императрица, неизвестно[546]. На основании некоторых распоряжений, направленных Конференцией Ее Императорского Величества Святейшему Синоду, А. Завьялов приходит к выводу, что в последние годы царствования Елизаветы представители государственных интересов, в особенности Сенат, имели перевес в вопросе о церковном землевладении. Даже тот факт, что Святейший Синод на общих конференциях с Сенатом 24 июня и 6 августа 1760 г. добился для себя права на управление церковными имениями и временной приостановки действия указа 1757 г., не доказывает еще, что правительство отказалось от своего намерения изменить систему управления церковными имениями. Дело шло к быстрому осуществлению реформы, о которой было заявлено в 1757 году[547]. Своим временным успехом Святейший Синод был обязан взятому на себя обязательству выплачивать правительству ежегодно 300 000 руб. из доходов от церковных земель[548]. Из переписки между епископом Амвросием Зертис-Каменским и митрополитом Арсением Мацеевичем видно, что иерархи уже тогда опасались дальнейшей секуляризации[549].
При Петре III стремление реформировать систему управления церковными имениями стали настойчивее, что вполне совпадало и с убеждением императора в необходимости общей церковной реформы (см. § 8). Ее защитником был генерал-прокурор Сената А. И. Глебов, участие которого в значительной мере определяло текст указов Петра III[550]. В своем указе Сенату от 16 февраля 1762 г. император напоминал о том, что Елизавета, «соединяя благочестие с пользою отечества и премудро различая вкравшиеся злоупотребления и предубеждения от прямых догматов веры и истинных оснований православной Восточной Церкви, за потребно нашла монашествующих, яко от сего временного жития отрекшихся, освободить от житейских и мирских попечений и вследствие того, присутствуя своею особою в тогдашней конференции, а именно 30 сентября 1757 г., сама такое полезное всему государству о управлении архиерейских и монастырских вотчин узаконение положить изволила... Но хотя Его Императорское Величество, присутствуя недавно сам в Сенате, и повелели упомянутое узаконение немедленно и обще с Синодом в действительное исполнение привести, однако же как в рассуждении важности сей материи, так и дабы паки в бесплодных... советованиях и сношениях не тратить напрасно время, восхотели Мы чрез сие точнее нашему Сенату повелеть, чтоб выше изображенное узаконение Ее Величества государыни императрицы Елисаветы Петровны, объявленное экстрактами из протокола Конференции в Синод и Сенат от 6 октября того же года, отныне, как наискорее, по точному и прямому содержанию помянутых экстрактов без всякого изъятия самым делом в действо произведено»[551]. Новый указ от 21 марта 1762 г. доводил решение относительно церковных земель до «всенародного известия» и восстанавливал Коллегию экономии[552]. Духовные инстанции и их священноначалие освобождались от своих обязанностей по управлению имениями, которое переходило к государственным чиновникам из числа обер-офицеров и штаб-офицеров (ст. 1). Подушная подать с крестьян, сидевших на церковных землях, повышалась до одного рубля[860]. В качестве компенсации крестьяне получали в полное пользование пахотные земли, которые до тех пор они обрабатывали в пользу владельцев церковных имений. Земельные участки, мельницы, рыбные ловли и т. п., арендуемые церковными учреждениями, сохранялись за арендаторами. Рублевый налог и арендная плата поступали в кассу Коллегии экономии (ст. 2), которая должна была выплачивать из этих средств оклады на содержание церковных учреждений и монастырей согласно штатам 1724 г. Монастыри и епархиальные управления сохраняли свои права пользования лесом, пастбищами и тонями в границах, подлежавших установлению по соглашению с Коллегией экономии (ст. 3). Безземельные монастыри, не пользовавшиеся государственными субсидиями, сохраняли прежнюю экономическую основу своего существования, как-то: рыбные ловли, садовые земли и т. д. Монастыри, получавшие субсидию от государства — ругу, должны были получать ее и впредь (ст. 4).
Статья 6 содержит следующую разверстку штатов:
| Епископские кафедры Псковская, Новгородская и Петербургская | по 5000 руб. в год |
| Прочие кафедры | по 3000 |
| Семинарии во всех епархиях | 78 000 |
| Надбавка трем епископам — членам СвятейшегоСинода | по 2000 |
| Остальные члены Святейшего Синода и прочие — согласно штатам 1724 г.: | |
| Архимандриты 10 ставропигиальных монастырей | по 500(ранее — 100 руб. и зерно) |
| Настоятели монастырей 2-го класса | по 200 |
| Настоятели монастырей 3-го класса | по 150 |
В статье 5 монастыри велено разделить на 3 класса и указаны соответствующие оклады монахов и суммы на церковные нужды.
Прекращались все судебные дела по проступкам крестьян в отношении духовных правлений, за исключением уголовных преступлений. Эта амнистия принесла императору большую популярность и послужила основой для позднейших легенд о «царе Петре Федоровиче»; память о ней жила в народе вплоть до пугачевских времен и даже позже. Было подтверждено распоряжение о размещении при монастырях инвалидов. Из другого указа (от 6 апреля 1762 г.) видно, что в январе того же года в монастырях жили 1358 отставных офицеров и солдат, на содержание которых тратилось 12 464 руб. и 3333 четверти зерна[553]. В статье 7 для офицеров, управлявших церковными имениями, устанавливается премия за успешное хозяйствование в размере одной десятой от суммы увеличения доходов. Дополнительный указ от 6 апреля, посвященный организации Коллегии экономии и управлению имениями, повелевал выплачивать офицерам-управляющим полные офицерские оклады и требует от них быстрейшей инвентаризации имений[554].