Более трудные условия оказались при освоении почв Джизакской и Каршинской степи с более сложными почвенно-мелиоративными условиями. Сказалась также нехватка квалифицированной рабочей силы. Так Каршинская степь была обеспечена рабочей силой только на 75 % (по данным обследования САНИИРИ). Ухудшились условия эксплуатации земель. «Средазирсовхозстрой» все дальше отходил от интересов землевладельца и все больше, как это и было запланировано, старался освоить новых площадей. Строительство под освоение нового было не комплексным и почти всюду оставалось незавершенным. В Каршинской степи собирались оросить 1 млн. га новых земель, на введено пока 150 тыс. га. Орошение началось без дренажа, хотя он был запроектирован с самого начала. Местами его даже построили, но не были обеспечены приемники дренажных вод. Дренажная вода стояла в коллекторах и частично сбрасывалась в пустыню, подтапливая пастбища и заполняя естественные понижения в рельефе. Потом прокопали магистральный коллектор и стали сбрасывать стоки в Амударью.
Дренажную воду первое время, а местами и до сих пор закачивают в оросительную сеть и используют для орошения. Все это ускорило вторичное засоление почв. В результате высокие потенциальные возможности почв Каршинской степи не получили своей реализации. Исходное плодородие многих почв здесь было высоким, так как значительная часть из них в прошлом орошалась и они не были засолены. В первые годы полива из них получали очень высокие урожаи хлопка без всякой мелиорации. Но их плодородие из-за ухудшения мелиоративных условий было утрачено. в настоящее время в Кашкадарьинской области получают самый низкий урожай – в среднем 14-15 ц/га. В Каршинской степи наряду с высоко плодородными сероземными почвами безо всякого разбора осваивались трудномелиорируемыми и пустынно-песчанные, а также гипсоносные и засоленные такыры. Для песчаных почв, так же как и других, ранее не используемых для орошения и вся технология сельскохозяйственного использования. Всходы получались ослабленными и часто засекались песком при ветре. Они не давали должной продукции и не оправдывали затраченных средств. Это послужило толчком для приписок к фактически собранной сельскохозяйственной продукции, получивших потом широкую огласку.
До настоящего времени Каршинская степь остается мощным резервом для получения ценной сельскохозяйственной продукции, в том числе и тонковолокнистого хлопка. Но должен быть наведен порядок в использовании орошаемых земель, проведена реконструкция оросительной и дренажной сети при строгом соблюдении режимов орошения. Вода для орошения имеет здесь пока хорошее качество, так как водозабор канала расположен в верхнем течении Амударьи, где вода еще не загрязнена.
В других районах средней части бассейнов рек качество воды ухудшено.
В Сырдарью много солей поступает с дренажными водами из Ферганской долины. Приток солей особенно увеличился после того, как стали осваиваться земли Центральной Ферганы, которые раньше служили «сухим дренажем» для всех орошаемых земель в долине. Теперь эти почвы промывают, и многовековые запасы солей идут в реку. Затем количество солей в воде увеличивается в Кайраккумском водохранилище, где испаряется много воды. В Голодностепские системы вода поступает с минерализацией 1,5 г/л. Хорошо, что в составе солей много сульфата кальция, который несколько ослабляет вредное влияние солей натрия и магния на почвы и растения. Повышенная минерализация оросительной воды вместе с подъемом уровня грунтовых вод стала причиной вторичного засоления почв и снижения их продуктивности. Средние уровни хлопка по Джизакской и Сырдарьинской областям не превышает 18-22 ц/га при средних по республике 23,5 ц/га.
В средних частях бассейнов Сырдарьи и Амударьи в реки поступает большое количество солей с возвратными и дренажными водами. Это проблема, которая должна найти свое решение в ближайшее время. Иначе жизнь в низовьях рек угаснет.
Особые проблемы создались в зоне орошения Каракумского канала. Канал фактически выводит воду из непосредственно связанной с рекой части орошаемых земель и перебрасывает их в бассейны Мургаба, Теджена и более мелких рек Прикопетдагской равнины. Дренажные и возвратные воды с этих территорий не попадают в русло Амударьи, они идут в пустыню Каракумы и там накапливаются в понижениях, подтапливают пастбища, образуя озера, болота. Этим наносится огромный вред каракулеводству. В Туркмении за последние 10 лет заготовка каракульских шкурок сократилась на одну треть.
С пуском Каракумского канала, протяженность которого уже достигла 1300 км, возник ряд других проблем. В канал поступает 10-12 км3воды за год и около четверти этой воды теряется в самом русле, в результате фильтрации через земляное дно. Русло постоянно расширяется, местами углубляется, а местами вода сама размывает берега в соответствии со своими законами движения. От реки Керки на Амударье канал идет через пески юго-восточных Каракумов на протяжении более 300 км, затем пересекает древний Мургабский оазис и пустынное междуречье Мургаба и Теджена (на части его образован новый Хаузханский оазис), далее Тедженский оазис идет по предгорьям Копетдага. Гидротехники гордятся гигантской протяженностью канала, который создан по типу реки, пересекает на своем пути огромные пространства пустынь, разрабатывает для себя русло и уже насытил водой полосу от 10 до 20 км вдоль своего русла, образовал ряд озер и т.д.
Орошение в зоне канала – наиболее яркий пример экстенсивного развития орошаемого земледелия со всеми его тяжелыми последствиями экономического и экологического порядка. Строительство канала началось с 1954 г. В конце 1959 г. вода пришла в Мургабский оазис. После этого быстро нарастали орошаемые площади. Большая часть из них осваивалась самими колхозами «инициативным способом», без проектов сооружалась в земляных руслах оросительная сеть. Практически вся земля засевалась хлопком, производство его быстро увеличилось, оно как бы даже обгоняло прирост орошаемых земель. Но дело в том, что не было учет «инициативно» орошаемых земель. Плановое орошение также проводилось без дренажа и, по существу, мало чем отличалось от «инициативного». Только потом стала сооружаться распределительная сеть с соответствующими гидротехническими устройствами. Расширение орошаемых площадей при бесконтрольном водозаборе и отсутствии дренажа, при больших потерях оросительной воды на фильтрацию очень скоро привело к подъему уровня грунтовых вод, подтоплению и вторичному засолению орошаемых земель.
С 1963 г. началось строительство дренажно-коллекторной сети, но оно идет очень медленно, не имеет необходимого материального обеспечения. Орошаемые площади расширялись форсированными темпами, но с 1975 г. прирост продукции – хлопка – стал отставать от прироста орошаемых площадей. После 1980 г. при продолжающемся расширении орошаемых площадей прирост сельскохозяйственной продукции приостановился, а временами и снижался. Причиной этого явления стало ухудшение экологических и мелиоративных условий, которые фактически вышли из-под контроля и развивались стихийно.
Недобор хлопка-сырца по причине вторичного засоления и переувлажнения почв составляет около 50 % от объема его валовой продукции. Особенно низким был урожай в 1986 г.: по хлопку-сырцу 17,5 ц/га, зерновым – менее 20 ц/га, зеленой массе кукурузы – 173 ц/*га, кормовым корнеплодам – 46 ц/га.[Народное хозяйство Туркменской ССР за 70 лет. Ашхабад, 1987]
К настоящему времени в Туркмении построено около 29 тыс. км коллекторно-дренажной сети, в том числе и в зоне Каракумского канала. Это вдвое меньше, чем требуется. Но и созданная сеть находится в неудовлетворительном состоянии. Эта сеть используется одновременно и как сбросная для удаления избытка забранной оросительной воды. Коллекторы зарастают тростником, очистка производится не своевременно. 60-70 % орошаемых земель нуждаются в капитальных промывках. Промывки осуществляются бессистемно, существующий дренаж не справляется с отводом промывной воды. Создался порочный круг: засоленные почвы требуют большей промывки (по 4-10 тыс. м3/га), промывки способствуют большему подъему уровня вод, почвы снова засоляются, дренажная сеть, которую к тому же из-за технических трудностей строительства при высоком стоянии грунтовых вод стали сооружать более мелкой, не обеспечивающей нужного снижения их уровня.