На протяжении последних четырех лет на заседаниях Подкомиссии по комплексу «Байконур» Межправительственной комиссии по сотрудничеству между Республикой Казахстан и Российской Федерацией обсуждается вопрос по проекту Протокола между Правительством Республики Казахстан и Правительством Российской Федерацией о порядке деятельности предприятий, организаций и воинских частей на территории комплекса «Байконур» в части вопросов охраны окружающей среды к Соглашению между Правительством Республики Казахстан и Правительством Российской Федерации по экологии и природопользованию на территории комплекса «Байконур» в условиях его аренды Российской Федерации(г. Байконыр, 2 июня 2005 года) (далее - проект Протокола).
Основным документом в части регулирования вопросов охраны окружающей среды на территории комплекса «Байконур» является Соглашение между Правительством Республики Казахстан и Правительством Российской Федерации по экологии и природопользованию на территории комплекса «Байконур» в условиях его аренды Российской Федерацией (Алма-Ата, 4 октября 1997 года).
В соответствии со статьей 2 данного Соглашения указано, что все вопросы охраны окружающей среды регулируются природоохранным законодательством действовавшего на момент заключения Договора аренды комплекса «Байконур» от 1994 года. Для устранения данного правового пробела в 2005 году между Правительством Республики Казахстан и Правительством Российской Федерации было подписано новое Соглашение по экологии и природопользованию, в которое внесены существенные изменения и корректировки. Соглашение от 2005 года открыло двум странам перспективу активизировать природоохранную деятельность на комплексе. Нормы данного Соглашения предусматривают необходимость использования природоохранного законодательства Республики Казахстан, действующего на текущий момент.
Соглашение по экологии и природопользованию, подписанное в 2005 году, вступает в силу после подписания рассматриваемого проекта Протокола.
Долгое затягивание связано с несогласием казахстанской стороны с включением формулировки в проекте Протокола «руководствуются нормами Экологического кодекса Республики Казахстан и другими нормативными правовыми актами Республики Казахстан, регламентирующими природоохранную деятельность и действующими на момент вступления в силу настоящего Протокола».
Так, 22 - 23 октября 2009 года на заседании казахстанско-российских экспертов Стороны рассмотрели проект Протокола к Соглашению. Казахстанская сторона для компромиссного решения согласилась с формулировкой в статье 1 «и действующими на момент вступления в силу настоящего Протокола, с учетом настоящего Протокола», при условии включения в проект следующей формулировки «В случае изменений национального законодательства Республики Казахстан, затрагивающих интересы Российской Федерации на комплексе «Байконур» в части, касающейся вопросов охраны окружающей среды, Стороны в течение 3-х месяцев обязаны рассмотреть и внести в настоящий Протокол коррективы, учитывающие внесенные изменения и дополнения в законодательство Республики Казахстан».
Российская сторона одобрила предложенную редакцию проекта Протокола Казахстанской стороны.
По итогам переговоров, Стороны, в целом одобрили текст проекта Протокола к Соглашению и казахстанская сторона в рабочем порядке передала российской стороне данный проект Протокола.
Проект Протокола был согласован со всеми заинтересованными государственными органами и в соответствии с действующим законодательством Республики Казахстан был направлен на юридическую экспертизу в Министерство юстиции Республики Казахстан.
Министерством юстиции Республики Казахстан представлены замечания и предложения к проекту Протокола письмом от 8 июля 2010 года.
Представленные замечания и предложения Министерство юстиции Республики Казахстан являются принципиальными, что может привести к разногласию с российской стороной. На данный момент российская сторона внутри своего государства проводит согласование проекта Протокола к Соглашению. Также имеются замечания и предложения к проекту Протокола к Соглашению со стороны Министерства иностранных дел Российской Федерации.
На сегодняшний день по итогам прошедшего 8-10 ноября 2010 года заседания казахстанско-российских экспертов Стороны по вопросу подготовки к подписанию проекта Протокола к Соглашению по экологии и природопользованию на территории комплекса «Байконур» в условиях его аренды Российской Федерацией от 2 июня 2005 года, было решено:Подкомиссия рекомендует Министерству охраны окружающей среды Республики Казахстан, Министерству юстиции Республики Казахстан, Казкосмосу, Роскосмосу, Министерству иностранных дел Российской Федерации, Администрации города Байконыр до 30 декабря т.г. провести встречу экспертов Сторон для подготовки согласованной редакции проекта Протокола к Соглашению по экологии и природопользованию на территории комплекса «Байконур» в условиях его аренды Российской Федерацией от 2 июня 2005 года.
Казкосмосу, Роскосмосу и Министерству охраны окружающей среды Республики Казахстан обеспечить подготовку к подписанию указанного Протокола в первом полугодии 2011 года.