Труды по сравнительной анатомии привели его к установлению ряда больших групп, на которые распадается животное царство, отличающихся строением нервной системы, а также и других органов, и относительным их положением. Эти группы, типы (embranchements) Кювье считал постоянными и не представляющими между собой переходов.
Система Кювье следующая: I. Animaux vert ebre s, классы: Mammif u res, Oiseaux, Reptiles, Poissons. II. Animaux mollusques, классы: Cephal opodes, Pteropodes, Gasteropodes, Acephales (Testace s, Tuniciens), Brachiopodes, Cirrhopodes. III. Animaux articules, классы: Ann elides, Crustaces, Arachnides, Insectes. IV. Animaux rayonne s, классы: Echinodermes, Versintestinaux, Acal ephes, Polypes, Infus oires.
Кювье держался теории постоянства видов и встретил противников в лице Ламарка, Э. Ж. С. Илера и других трансформистов. В споре, возникшем по этому поводу, победа осталась на стороне Кювье; еще более подтвердилась теория постоянства видов и неизменности типов, когда Карл-Эрнест Бэр (1782-1876), создатель современной эмбриологии, показал, что развитие животных, принадлежащих к различным типам, идет неодинаково. Тем не менее Кювье ошибался, и работы Дарвина и Валласа не только поставили вне всякого сомнения изменчивость видов, но и в значительной степени выяснили, каким путем идет развитие новых видов.
Прочное установление теории трансформизма сильно повлияло на дальнейшее развитие зоологии, и потому мы должны считать год появления книги Дарвина "Origin of Species" (1859) — началом новой эры в зоологии. Влияние теории трансформизма сказалось крайне благотворно на всех отраслях зоологии Между тем, ряд исследований по всем отраслям зоологии чрезвычайно обогатил эту науку.
Важное значение имело, между прочим, установление Шванном, в 1839 г., клеточного строения животных, изучение превращений глистов, чередования поколений и др.
Выдающимся явлением в периоде после 1859 г. является развитие эмбриологии животных. Едва затронутая до этого времени эмбриология беспозвоночных сильно подвинулась трудами ряда исследователей, среди которых выдающееся место занимают и русские ученые: А. О. Ковалевский и И. И. Мечников.
Геккель и ряд других зоологов устанавливают единство развития всех многоклеточных животных. Сильное развитие получает также сравнительная анатомия позвоночных, благодаря трудам Оуэна и Гегенбаура. Палеонтология все более и более подтверждает теорию трансформизма. География животных, сильно подвинутая трудами Форбса и Ляйеля и ставшая на твердую научную почву с появлением теории Дарвина, получает дальнейшее развитие, благодаря трудам Валлиса. Наконец, важную роль в развитии зоологии играют зоологические станции и широко развившееся с конца 60-х гг. исследование жизни океанов. В последнее 10-летие чрезвычайного развития достигает гистологическая техника, позволяющая с большой точностью изучать как эмбриологию, так и гистологию и анатомию животных. Наконец в новейшее время обнаруживается большой интерес к изучению тончайшего строения протоплазмы и выяснению явлений наследственности.
Классификация животных, данная Кювье, подверглась ряду преобразований. Зибольд выделил в 1843 году в особый тип простейших, затем из типа членистых он выделил кольчатых червей (Annelides) и соединил их с внутренностными червями в тип червей, а остальные членистые составили тип членистоногих. В 1848 г. Лейкарт разделил лучистых на два типа: тип кишечнополостных и тип иглокожих. Затем были выделены в особый тип оболочники (Tunicata), которых Кювье причислял к моллюскам, а из мшанок и плеченогих (Braehiopoda) составлен тип моллюскообразных.
Таким образом, наиболее общепринятая современная классификация делит животное царство на следующие типы: 1) позвоночные (Vertebrata); 2) мягкотелые (Mollusca); 3) cycтaвчaтoнoгие (Arthropoda), 4) оболочники (Tunicata); 5) черви (Vermes); 6) иглокожие (Echinodermata); 7) моллюскообразные (Molluscoidea); 8) кишечнополостные (Coelenterata), и 9) простейшие (Protozoa). Некоторые выделяют из кишечнополостных в особый тип губки (Porifera). Мало естественен тип червей, который поэтому некоторыми зоологами тоже разделяется на отдельные типы. Вместе с тем, по мере ближайшего изучения животного царства, границы типов становились все менее и менее резкими, так как обнаружилось существование ряда форм промежуточных.