В 1743 году столкновение Ломоносова с Вейнсгеймом оставило трагичные последствия. На Ломоносова была послана жалоба о «недостойных поступках». Ломоносов был арестован. И в течении восьми месяцев с мая1743 до середины января 1744 когда он и был освобождён.
С начала 1744 года Ломоносов начал свою великую творческую ,которой он занимался до конца жизни.
14 июня 1745 года Ломоносов представил свою десертацию «О металлическом блеске.». Чуть позже он писал «Довольно известно ,что химические эксперименты к исследованию натуральных вещей и к приращения художеств весьма полезны»
В 1746 году началась постройка химической лаборатории ,по указу академии. В лаборатории Ломоносов проработал более десяти лет.
В 1752-1753 годах Ломоносов добился от правительства разрешения на постройку стекольного завода в деревне Усть-Рудица , специальной фабрики цветного стекла.
В марте 1751 года Ломоносов получил чин6 класса. В 1757 году был назначен советником канцелярии ; с 1758 года стал руководителем географического общества; с 1760 года в его ведении университет и гимназия академии.
В последние десять лет жизни Ломоносов выступил как талантливый организатор науки. И в 1745 году выступил инициатором создания русского университета и составил оригинальный план университета. 26 апреля 1755 года состоялось открытие Московского университета.
Критикуя систему управления в 1747 году ,им были написаны большое количество проектов и предложений по организации науки.
В 1759-1760 годах Ломоносов разрабатывает план объединенного академического центра .Речь шла о построй 14 корпусов где располагались бы все здания академии.
Своё мнение о начальном и среднем образование Ломоносов изложил в проекте устава гимназии.
Ломоносов разрабатывает структуру управления Петербургского университета. И расширят систему образования, вводит новые предметы. В 1819 году после смерти Ломоносов состоялось открытие Петербургского университета.
Привлекает идея Ломоносова - создать в России научное учреждение , в котором занимались бы востоковедением .
Ломоносов в 1742 году составил программу обучения для студентов изучающих горные породы.
В 1760 Ломоносов был избран почётным членом Швейцарской академии.
В 1757 году Ломоносов вынужден был оставить химическую лабораторию и химическую кафедру. В 50-х годах Ломоносов много и напряжённо работал. И в 1762 году Ломоносов подаёт прошение об увольнении.2 мая 1763 года он был уволен с званием статского советника .
Ещё осенью 1748 года у 36-летнего Ломоносов появились первые признаки болезни. Поэтому он много недель не мог работать. Но во второй половине 1762 года болезнь отступила, и Ломоносов принялся за работу. В 1765 года Ломоносовснова заболел.4 апреля 1765 года в 5часв вечера на 54 году жизни умер, в последствии простуды которую он получил.