После беседы с императрицей с Марией Федоровной Столыпин получил записку от царя с прошением взять отставку обратно. Он взял отставку, но на очень жестких условиях: Дурново и Трепов должны быть удалены из Государственного совета, обе палаты следует распустить на три дня, чтобы провести законопроект по 87й статье; 1 января 1912г. по выбору Столыпина будут назначены 30 новых членов верхней палаты взамен неугодных. Царь заколебался, но после беседы с матерью согласился.
Пребывание у власти положило на Столыпина свой отпечаток. Первое время по приезду в Петербург, в правительстве Горемыкина, Столыпин держался подчеркнуто скромно, даже робко. Прошло несколько лет, и о нем стали говорить, что он «принял генералика», то есть приобрел величественность и утратил доступность.
Между тем, оправившись после потрясения марта 1911г. Николай II с особым удовольствием стал причинять Столыпину мелкие обиды и досады. В мае царь отказался подписать принятый обеими палатами законопроект об отмене ограничений, связанных с лишением или добровольным снятием духовного сана. Столыпин должен быть примириться не только с этим, но и с одновременным назначением на пост синодального обер-прокурора В.К. Соблера, активного противника Столыпинских вероисповедальных реформ. В это время после истории с западными земствами, Столыпину приходилось отступать по многим вопросам. В мае 1911г. МВД передало законопроект об уездной реформе в том смысле, что председательствовать в уездном совете должен был предводитель дворянства.
После трехдневного роспуска законодательных палат, ухудшились отношения Столыпина с октябристами, еще более сузился круг его союзников.
Столыпин не был подлинным конституционалистом, в официальных речах он избегал слова «конституция». Выдвигая на первый план реформы социальные, «низовые», местные, он в глубине души, возможно, сочувствовал «теоретическим рассуждениям» Тихомирова, но не считал своевременным ставить этот вопрос. Во всяком случае, он не признавал конституцию в России. По-видимому, Столыпин считал что в России складывается самодержавный строй с законосовещательными, представительными учреждениями. После третьеиюньского переворота, он еще более укрепился в этом мнении. Но в основных законах, составляемых на рубеже 1905-1906гг. говорилось о законодательных палатах.
Своего рода прыжком в неизвестность был для Столыпина и тот проект обширных государственных преобразований, который он составлял в последний год своей жизни. Проект был тесно связан с разработанными ранее реформами местного управления. Теперь намечалось реформировать центральное управление. После смерти Столыпина все бумаги, связанные с проектом, бесследно исчезли. Долгое время последний столыпинский проект окружала пелена таинственности. Эту завесу несколько приподняли вышедшие в 1956г. воспоминания А.В. Зеньковского, утверждавшего, что он помогал Столыпину в составлении проекта.
Судя по ним, намечалось создание семи новых министерств (труда, местных самоуправлений, национальностей, социального обеспечения, исповеданий, обследования и эксплуатации природных богатств, здравоохранения). В дальнейшем предусматривалась организация восьмого министерства – переселения. Расходы, связанные с их строительством требовали увеличения бюджета более чем в три раза. Соответственно предусматривался ряд мер, в том числе увеличения прямых налогов, введение налога с оборота, значительного повышения акциза на спиртные напитки. Отрицательные последствия неизбежной при этом инфляции Столыпин намеревался отчасти погасить с помощью прогрессивного подоходного налога. Так же предполагалось провести новые реформы в области местного управления. Намечалось понижение земского ценза примерно в 10 раз, с тем, чтобы открыть дорогу в земство владельцам хуторов и отрубов, владеющим небольшой недвижимой собственностью.
Конечно, создание новых министерств не было самоцелью, а имело в виду реальные потребности.
Значительные препятствия своему проекту. Между тем ожидал со стороны Думы и Государственного совета. На этот случай тоже был составлен план: если переговоры с председателями фракций не дадут желаемых результатов, проекты будут проведены по 87й статье. Нормальный порядок законодательства становился фактически заблокированным, а чрезвычайный – постоянно действующим.
В глубине души Столыпин считал, что его дела не совсем плохи, что уступки дворянам ничего не значат, что все реформы еще впереди. Между тем обстановка в стране начинала меняться. Наиболее чуткие и проницательные люди говорили, что передышка близится к концу, что скоро начнется новая революция.
В мае 1911г. в решающие дни политического кризиса, почти твердо говорили об отставке Столыпина и назначении на его пост Коковцева.
Столыпин, в отличие от Коковцева не пользовался популярностью во французских правящих кругах, в Германии и Австро-Венгрии. И только, пожалуй, в Великобритании, его ценили, зная о той роли, которую он сыграл в заключении англо-русских отношений 1907г.
В августе 1911г. вновь поползли слухи о скорой отставке Столыпина и о готовящемся на него покушении. В конце месяца, в Киеве должны были состояться торжества по случаю открытия земских учреждений и памятника Александру II. 28 августа Столыпин приехал в Киев. Здесь завершались приготовления к празднику.
По городу распространялись упорные слухи, что на Столыпина будет покушение. 1 сентября 1911г. в киевской опере шла «Сказка о царе Салтане» Н.А. Римского-Корсакова. Министры, поднявшись со своих мест, собрались у рампы. В центре, опершись на рампу, спиной к оркестру стоял Столыпин. С ним беседовал военный министр В.А. Сухомменов. Здесь же был и обер-прокурор Синода Саблер. Потом к группе подошел местный землевладелец граф И. Потоцкий. В дверях появился высокий человек во фраке и в очках. Подойдя на расстояние двух-трех шагов, он дважды выстрелил в Столыпина. Одна пуля навылет ранила его в руку и задела скрипача в оркестре. Другая попала в орден на груди, изменила направление, прошла через живот и засела в пояснице. Сухомлинова и Саблера, только что стоявших рядом, вдруг не оказалось на месте. На какой-то миг Столыпин остался один. Побледнев как полотно, и странно улыбнувшись, он сделал успокаивающий жест, желая, видимо, показать, что ничего страшного не случилось. В следующее мгновение к нему подошли Потоцкий и старый Фредерикс. Помогая Столыпину снять сюртук, барон успел крикнуть «Держите его» - и указал на медленно уходящего человека. Раненого отправили в клинику.
Первая ночь в клинике прошла тревожно, но утром Столыпину полегчало. «Ну, кажется, на этот раз я выскочу»- сказал он. Но борьба со смертью постепенно становилась ему не по силам. Между тем торжественные мероприятия шли по намеченной программе. У больного возникли лихорадочные явления, и врачи решили извлечь пулю. Это не принесло облегчения. 5 сентября 1911г. состояние резко ухудшилось, и вечером Столыпин умер. 12 сентября убийцу повесили.
«Убийца был казнен подозрительно скоро – вспоминает Кофорд – как если бы боялись, что он скажет слишком много». Казалось, что кто-то торопится замести следы.