На кінець свого існування Запорожжя опинилося у вкрай складному становищі: його землі постійно захоплювали російські вельможі та поміщики, їх роздавали іноземним колоністам, що спричинили безперервні прикордонні суперечки і сутички. Непевність, тривожність свого становища зрозуміла й військова маса, козацтво — це й було однією з причин незвичайного для Запорожжя багаторічного отаманства Калнишевського. Незважаючи на майже безперервні бойові дії, він не тільки захищав кордони запорозької території, а й всіляко прагнув якнайшвидше заселити її великі безлюдні простори, сприяв переселенню селян з України на вольні землі.
Всі запорозькі володіння або «вольності» займали величезну територію, яка в 1770-х роках складалася з самої Січі, восьми паланок, де було 45 сіл і 1600 хуторів-зимівників. Та особливо дбав про заселення цих просторів П. Калнишевський, створюючи «економічну базу козацької республіки». Не випадково ж саме тоді народилася приказка:
«Як був кошовим Лантух, то не було хліба й для мух, а як став кошовим Калниш, то лежав на столі цілий книш». Завдяки його турботам у дикому степу виростали нові села—так, зокрема, виникло й село Петриківка на Дніпропетровщині, назване на честь кошового. Він намагався вести самостійну політику, в міру можливості уникаючи конфронтації з царизмом.
Отож не можна погодитися з твердженням багатьох дослідників, що Калнишевський «вірою і правдою служив цариці та російському уряду»: стосунки між обома сторонами були далеко не безхмарними та однозначними. Так, у січні 1767 р. полковий старшина Павло Савицький написав цариці в Петербург донос про те, що Петро Калнишевський разом з військовим писарем І. Глобою і військовим осавулом П. Головатим вирішили: якщо найближчим часом прикордонні суперечки між Кошем і Росією не розв'яжуться на користь Січі, то вони виберуть у війську з двадцять чоловіків добрих і пошлють до турецького імператора з проханням прийняти їх під турецьку протекцію. У своїй праці «В'язні Соловецького монастиря» професор, доктор історичних наук Г. Г. Фруменков писав, що наскільки дозволяють судити матеріали, уряд не дав ходу цьому документу. Він вважав його наклепницьким і не сумнівався у відданості кошового. «Ми ніколи найменшого сумніву мати не могли про вашу з усім військом до нас вірність»,—писала Катерина II Калнишевському 19 грудня 1768 р. Тому доносу Савицького не було дано ходу. Кошового ніколи не звинувачували у державній зраді. Він так і помер, не знаючи про донос Савицького; цей папір здали до архіву як несправедливий, вклавши до течки, куди підшили розпорядження 1801 р. про «надання Калнишевському свободи». Далі спробуємо довести хибність цієї версії.
Поки що ж питання стає так: а чи справді донос Савицького не мав підстав? У «Маніфесті» Катерини II від 3 серпня 1775 р. про зруйнування Запорозької Січі, серед переліку багатьох царських «звинувачень», прямо вказано: «Не для чего равным образом и того скрывать, что при самом начале последней с Портою Оттоманскою войны, многие из Запорожских козаков умышляли, забыв страх Божий и должную нам и Отечеству верность, передаться на неприятельскую сторону, каки в самом деле ни известия войскам нашим не подали они о приближении к границам тогдашняго крымского хана...». Отже, як бачимо, підозра таки була; вона згодом, через кілька років, переросла в пряме звинувачення.
У цьому ж царському указі запорожцям ставлять на карб, що «заводя собственное хлебопашество, разторгали ониж тем самое основание зависимости их от Престола Нашего...».
Кримський хан Крим-Гірей теж прагнув залучити на свій бік козаків, і є свідчення про постійні таємні зв'язки його з Кошем. Так, у жовтні 1768 р. Крим-Гірей надсилає кошовому Калнишевському грамоту з пропозицією повернути Запорожжю купців, козаків, чумаків, яких захопили в ясир татари. Крим-Гірей виявився людиною слова — незабаром він і справді звільнив полонених, без будь-яких попередніх умов. Лише після того, як вони повернулися з Криму в Україну, Кіш Запорозький інформував про цей факт царського намісника, київського генерал-губернатора Ф. Войєкова і Катерину II. Мабуть, це й стало причиною написання процитованого листа Катерини до Калниша. Отже, маємо доказ прямих дипломатичних таємних зв'язків між Січчю і Кримом — васалом Туреччини, з якими тоді царська Росія перебувала в стані війни. Це не заважало запорозькому війську на чолі з Калнишевським доблесно воювати на боці Росії.
Звичайно, царицю з її колонізаторською політикою обурювала незалежність Коша Запорозького, але доводилося миритися й дивитися на це крізь пальці, щоб не ризикувати втратою надто вирішального союзника. Петро Калнишевський як справжній патріот України, не міг не розуміти, яка доля чекала його народ, прикутий до колісниці царської Росії.
Знищити український народ як націю—було метою Катерини II. «Приєднані країни непристойно називали чужоземними і поводитися з ними на такій підставі є більше, ніж помилка, ці провінції належить найлегшим способом привести до того, щоб вони обрусіли й перестали дивитися, як вовк до лісу»,—писала Катерина II в настанові генерал-губернатору князю Вяземському.
«...Тут ми маємо справу з неприкритим насильницьким завоюванням чужої території, з простим грабунком»,— так охарактеризував цю політику російського царату Ф. Енгельс. Якщо зробити екскурс в історію, то переконаємося, що Катерина II відверто, послідовно (й успішно—на жаль) проводила, політику колонізації і русифікації України, розпочату відразу після 1654 р.
Ще не встигли висохнути підписи на Переяславській угоді 1654 р. про союз України з Росією, як того ж року П. Тетеря пише цареві Олексію холуйського листа, в якому циганить у нього грамоту на містечко «Сміле з околицями з підданими в ньому будучими і зі всіма землями... і зі всіма належними полями, лісами, уходами та озерами... І щоб бути вільним над своїми підданими...». Цар дав йому таку грамоту, але смі-ляни, довідавшись про це, ледь не вбили самого Тетерю і вигнали його разом з російським посольством з містечка. Російські війська вже тоді зробили спробу окупувати Україну. Та 28 червня 1659 р. вони були розгромлені під Конотопом українськими козаками. Коли звістка про їх розгром дійшла до Москви, то цар з переляку велів готувати столицю до оборони, наказав усьому люду виходити на фортифікаційні роботи, сам брав у них участь—і готувався до відїзду в Ярославль, остерігаючись, що Москву штурмуватимуть українсько-козацькі війська. Та, згодом, оговтавшись, цар і його «апарат» вміло використали особисті амбіції та міжусобні чвари української старшини й оволоділи ситуацією, нацьковуючи їх поміж собою. Звідтоді й почалася гризня за гетьманську булаву, царську милість, маєтності,— за все ж розплачувався наш народ. Вже в жовтні 1665 р. колишній джура Богдана Хмельницького гетьман І. Брюховецький передав Україну у володіння російського монарха і погодився на присутність гарнізонів царських військ в українських містах під командуванням воєвод, а за це його нагородили дружиною, дочкою московського боярина Дарією—далекою родичкою царя.
За порадою придворних, Брюховецький як новоспечений родич царя, пише йому «чолобитну» з проханням надати відповідне звання, і стає «московським боярином». Він був одним з перших, але не останнім лакузою.
Згодом, вже у XVIII ст., російська імператриця Анна Іоанівна видала вельми цікавий секретний указ «Про шлюби малоросів». «Щоби цей малоросійський народ охоту мав своячитися і до свойства вступати з нашим, великоруським народом ... того повеліваємо вам, щоби ви секретно трудились; і українців від свойства з іншими закордонними жителями відводили, а заохочували їх спритним, чином і приводили в свойства з росіянами, ідоб вони своїлись і до шлюбів вступали з нашими росіянами, а це тримати надто секретно» (Моск. арх. Мін. юстиції № 79—1806 р.). Наказ цей був адресований керівнику «Малоросії»— князю О. Шаховському 1734 р. Відразу після приєднання України до Московщини царизм наступив на суверенні права українського народу та на залишки його державності (Переяславські статті 1659 р., Московські статті 1665 р.» Андрусівське перемир'я 1667 р., Глухівські статті 1669 р., зводили на ніщо угоду в Переяславі 1654 р,.). У хід йшли всі методи—від терору, інтриг до секретних указів на кшталт «Про шлюби малоросів», за якими генерали виступали в ролі свашок.
Заслуговує на увагу й, Ставлення Петра Калнишевського до гайдамацького руху. На останній, печатці Січі був напис: «Печать войстка Ее Императорского Величества Запорожского низового». Отож, Петро Калнишевський був змушений хоча б про людське око виконувати накази «Ее Императорского Величества», зокрема, і щодо боротьби з гайдамацтвом, як от хоча б «Указ Императрицы Екатерины ІІ о том, что она никому не давала полномочия возбуждать востания в Королевстве Польском» від 9 липня 1768 р. Як відомо, гайдамацький рух починався ще на початку XVIII ст.—вперше в історичних документах гайдамаки згадуються 1717 р. Цей рух міцнів і не раз переростав у народні повстання, зокрема, 1734, 1750 рр.—апогеєм же його став 1768 р. Між цими вибухами народного гніву бойові дії гайдамаків нагадували безперервну партизанську війну. Для боротьби з ними царизм залучав «військо запорозьке низове». Повстання козаків на Січі 26 грудня 1768 р. було викликане вимушеною участю 14 запорожців, у каральних акціях. Петро Калнишевський разом з іншими старшинами, переховавшись у церкві, врятувався від гніву розлюченої козацької «сіроми» і втік в одязі ченця. Повсталі ж, насамперед, звільнили з в'язниці захоплених гайдамаків і озброїли їх.