Але сил для захисту суверенітету республіки у Центральної ради не було, а ідея соціалістичного федералізму ставала все більше і більше ілюзорною; стомлені війною, розгублені, політичнодезорієнтовані і введені в оману селянські маси України фактично стояли осторонь тієї героїчної боротьби, яку вела обеззброєна Центральна рада проти більшовицького наступу на Україну.
Коли з Петрограду надійшов ультиматум, делегати Всеукраїнського з’їзду Рад виявили майже монолітну твердість і прийняли ухвалу, що у відповідь на погрозу війною УНР проголошує свійнейтралітет і готовність захищати свої інтереси, якщо буде допущено пряме втручання в українські справи.
Водночас почався наступ Червоної армії та інших військових угрупувань, на Київ. Сил у Центральної ради протистояти цьому наступові не було. 25 січня (7 лютого) війська, депутати Центральної ради, уряд УНР залишили зруйнований і палаючий Київ і відступили на Волинь.
Трагедія Бреста
Крах ілюзій федералізму доповнивався ускладненням зовнішньо-політнчної ситуації. Фактично війна між Центром і Україною вже розпочалася. Однак це не завадило спільній російсько-українській делегації вести переговори у Бресті про перемир'я з австро-німецькими властями, що розпочалися 22 грудня 1917 р. Троцький якомога затягував їх, виконуючи вказівку Леніна.
Про «зрадницьку» роль Троцького й Грушевського у підписанні Брестського миру в сталінській схемі «Короткого курсу» і безкінечних варіаціях на цю тему, написаних впродовж 70-ти років, сказано чимало. Всього там було вдосталь, не було лише незалежного «скептичного» аналізу. Насправді від украінської делегації там мало що залежало. Після приїзду делегації до Києва з австро-німецькими пропозиціями на руках, дс не було жодного слова про возз'єднання з УНР західноукраїнських земель, Грушевський опинився в скрутному становищі. Перед ним стояв вибір із двох неприйнятних умов: або вести переговори з Антантою, а це означало брати участь у чужій Україні війні, або підписати договір з австро-німецькою делегацією. Як пізніше згадував керівник української делегації О. Севрюк, Грушевський наполягав на тому, що мир може бути умалений лише за умови об'єднання Східної Галичини і Північної Буковини на правах окремої Землі Австрійської імперії під протекторатом австрійської корони.
Австро-німецьке командування не збиралося виконувати жодних умов, висунутих урядом Центральної ради. Замість сіро- і синьожупанних дивізій, шо були сформовані з галицьких українців у Австрії (Грушевський просив повернути їх додому), в Україну, поділивши її на зони впливу, рушили окупанти. Коли О. Севрюк, підсівши у вагон Грушевського десь між Житомиром і Сарнами, розповів йому про умови миру, професор гірко заплакав. Згодом після повернення до Києва Грушевський говорив на засіданні Центральної ради, що німецькі війська прийшли на власний розсуд, але ж у розумінні простих людей прихід біьше як 450 тисяч окупантів в Україну так чи інакше пов'язувався з діями Центральної ради (це не додавало їй авторитету в масах).
Після повернення до Києва Грушевський видає кілька трактатів, де він викладає свої принципи побудови майбутньої Української республіки «не для буржуазії, а для трудящих мас...» Це мала бути народна республіка з децентралізованим управлінням в ній на грунті поділу на землі за американською моделлю без жодного бюрократичного політичного диктату центру.
Німецько-австрійське командування недовго терпіло Центральну раду. 28 квітня 1918 року, саме тоді, коли депутати гостро критикували дії української делегації в Бресті, до залу засідань вдерлася команда німецьких солдат. Це була, за словами Винниченка, прелюдія кінця. Наступного дня в залі засидань зібралися нсзаарештовані депутати (Грушевський був змушений провести ніч у казармі однієї з українських частин, оскільки на нього було здійснено замах російським офіцером), поханцем затвердили конституцію, внесли зміни до земельного законодавства і проголосили Грушевського Президентом УНР, якої вже не існувало. Саме в цей час під наглядом німецьких частин на Софійській площі Скоропадського було проголошено гетьманом, який «узяв на себе усю повноту влади».
Увесь період гетьманщини професор перебував у пілпіллі. Ще раз його бачили на Софійській площі, коли 22 січня 1919 року було проголошено Акт злуки УНР і ЗУНР. Але вже 6 лютого вояки Директорії відійшли з Києва, залишивши місто більшовицьким військам. Останні дні перебування Грушевського в Україні пов'язані з його спробами створити опозицію Директорії в особі Комітету захисту республіки. В есерівській газеті «Життя Поділля» Грушевський відкрито виступив проти спроб Петлюри налагодити контакти з Антантою через французьких представників у Одесі, закликав порозумітися з більшовиками і робітничо-селянськими Радами.
Перед загрозою арешту петлюрівськими властями Грушевський вирушає до Станіславу (тепер Івано-Франківськ), а звідти — на Прагу, де він зустрічається з першим президентом ЧСР професором Томашем Масариком, своїм давнім знайомим і колегою. Там він готується взяти участь у роботі конгресу Соціалістичного інтернаціоналу. Дізнавшись про договір Петлюри з Пілсудським, він виступає з гострим осудом по-льської інтервенції на Україну, прагне захистити інтереси України на Паризькій мирній конференції. Всесвітньо відомий вчений відвідує Берлін, Женеву, Відень. Він одержує пропозиції від Оксфорда і Прінстона, веде переговори з Львівським університетом, де запанували його опоненти. Зрештою разом з родиною він залишається у Бадені під Віднем (у Австрії в цей час при владі перебував уряд соціал-демократів), куди до Грушевських з’їжджаються представники інтелектуальної еміграції з обох частин України.
Шлях на Голгофу
На початку 1921 р. українська делегація на ризьких переговорах знайшла можливість передати Грушевському запрошення повернутися в Україну. Вчений вступає в зносини з головою раднаркому X. Ра-ковським. Звістки про неп і початок політики українізації знову повертають його думками на рідну землю. З іншого боку, і радянські власті вважали за краще мати Грушевського вдома, аніж за кордоном: дуже це була принадлива фігура, навколо якої могла гуртуватися опозиція. Адже настав час Генуезької конференції, Раппало... Лід невизнання і блокади СРСР потроху скресав. У грудні 1923 р. видатного українського історика обирають членом АН УРСР, за ним резервується кафедра української історії, власті запевняють його, що він матиме всі можливості плідно працювати.
2 березня 1924 р. родина Грушевських виїздить з Відня, а вже 7 числа палкі прихильники патріарха української історичної науки, визначного політичного діяча зустрічають його на пероні Київського вокзалу. Навколо Грушевського створюється школа дослідників різних ндпрямків історії, культури, літератури українського народу, відтворюються академічні інституції. Вчений зав'язує контакти з науковим зарубіжним світом, насамперед в Європі. В цей період свого життя Грушевський повністю відходить від політичної діяльності але ж постійно перебуває під гласним і таємним наглядом ДПУ.
І все ж були дні радісні. Виходять чергові томи його фундаментальних досліджень, ростуть нові покоління істориків. Визнанням світового значення його наукової діяльності стало святкування 6О-річчя вченого-енциклопедиста в жовтні 1926 р. З цієї нагоди на його адресу надійшли поздоровління з наукових центрів США, Німеччини. Австрії. Чехословаччини, Польші, інших країн, від різних установ Росії і України, приватних осіб. Не було лише вітання від офіційних властей та славнозвісних істпартів, що стали на шлях вичишення української культури. Само ці інституції вживають заходів до того, шоб перешкоджати поширенню серед читачів його «шкідливих для радянської влади праць».
Всупереч організованій кампанії проти вченого в Україні, підступів його недоброзичливців, всесоюзна академія обирає його своїм дійсним членом. Але становище в Україні стає нестерпним. Проходить гучний процсс проти міфічного СВУ. Засобами залякування та адміністративного тиску ДПУ підключають до цькування вченого його колишніх учнів і співробітників Л.Онишкевйча. О.Оглобліна. Особлива інтенсифікувалося шельмування після виходу IX тому його «України-Руси». Кокцепцію вченого історії визвольної війни українського народу під проводом Богдана Хмельницького офіційна преса кваліфікує як націонал-фашистську.
Зрештою вченого відправили до Москви, де його фактично інтернують, ставлять під постійний нагляд ДПУ, часто викликають на допити, але дають можливість працювати в архівах. Ніби відчуваючи наближення кінця, вченнй, незважаючи на значну втрату зору. продовжує інтенсивно працювати. Він закінчує Х том «Історії України-Руси», який був відредагований його дочкою Катериною Михайлівною. Було підготовлено й рукопис XI тому, який зник з ЦНБ АН УРСР уже в повоєнні роки за загадкових обставин. В цей же період він закінчує роботу над 7-м, 8-м, і частиною 9-го тому історії української літератури, видає серію трактатів з історії громадської думки XVIII століття на Україні.
Але труднощі наростають. ДПУ інкримінувало йому ідейне керівництво т. зв. «Українським національним центром» (УНЦ). Жодних доказів існування такої організації навіть ДПУ не вдалося винайти, але це не завадило його безперервним викликам на Луб'янку, а також на «співбесіду» з сталінським сатрапом Лазарем Кагановичем.