Но Шаховской не слагал оружия и, раздосадованный, решил помучить членов Синода придиркой в одном щекотливом деле, которое могло бы пройти, как дело секретное, без шума. Один хорошо известный членам Синода архимандрит был, застигнут in flagrante и озлобленными на него крестьянами привезен узником в Синод вместе и с самой грешницей.
Виновный архимандрит в закрытом заседании Синода, но и в присутствии Шаховского, чистосердечно сознался в своем грехопадении, но у членов Синода не хватило мужества и мудрости покончить дело показательно строгим приговором. Резолюцию отложили и начали заминать дело. Одни из членов Синода смиренно явился к Шаховскому на дом уговаривать его замять дело. Но Шаховской возражал, ссылаясь на широкую огласку. Тогда члены Синода подговорили виновного архимандрита отказаться от первоначального покаяния, якобы вынужденного у него грозящим ему террором крестьянского озлобления. Он написал просьбу обер-прокурору, чтобы в новом заседании Синода дать дополнительные показания. И вот, к полной неожиданности Шаховского, в новом закрытом заседании Синода архимандрит начал решительно отрицать свою виновность. Но нервы его не выдержали – он пал в обморок. Члены Синода учли это в благоприятную для себя сторону. А Шаховский упорствовал в своем недоверии. Во всяком случае, члены Синода получили проволочку, которой воспользовались, чтобы по-своему убедить императрицу, что здесь злостная и опасная крестьянская клевета и что обер-прокурор своей формальной строгостью наносит огромный вред духовенству.
Больно было членам Синода. Уязвленные и взволнованные, они решились на крайний прием. Они явились к Елисавете и со слезами умоляли ее избавить их от невыносимого человека, терзающего их дерзкими, оскорбительными предложениями. Просили уволить Шаховского или уволить их самих из Синода. Им показалось, что они достигли цели, и генерал-прокурор Трубецкой уже посоветовал Шаховскому не ходить на службу и ждать другого назначения. Но Шаховской удачно рассчитывал на поверхностность впечатлений императрицы и на ее переменчивость. Прикинувшись ничего не знающим, Шаховской на другой же день явился в Синод и выдвинул самые неприятные для членов Синода дела из серии «нерешенных», требуя их неотложного решения и угрожая донести в случае проволочки. Синод сослался на неполный состав собравшихся членов и отложил вопрос до будущего полного собрания. В приватных разговорах синодалы уверенно острили, что обер-прокурор, вероятно, хорошо высыпался и потому так смело вцепился в самые трудные дела.
Если у членов Синода была своя «рука» к императрице, то, по всем видимостям, была такая же и у Шаховского. Когда Трубецкой напомнил императрице о переводе Шаховского на другое место, Елисавета ответила, что Шаховской ей нужен в Синоде. И она убедилась в его добросовестности и верности. Шаховской опять начал свои еженедельные доклады императрице. Члены Синода увидели свой проигрыш и вместо атаки в лоб начали «обходные движения».
Шаховской после одержанной победы почувствовал под собой твердую почву и снова начал осуществлять свои контрольные права, особенно по делам, клонящимся, по его мнению, не к государственной пользе.
Шаховской начал подбирать под свое влияние чинов канцелярии Синода. Это не был произвол, ибо по инструкции они работают «под дирекцией». Обер-прокурора. На деле Болтину, как мы видели, члены Синода не дозволили даже представлять чиновников к наградам. Шаховской. Отсюда в будущем родилась сеть секретарей консистории. В петровской системе надзор за епархиальной жизнью при участии Синода поручен был, в параллель с фискалами других ведомств, институту инквизиторов с протоинквизитором при Синоде.
Епархии связывались со своей высшей властью церковной только через епархиальных владык. Обер - прокуратура, таким образом, лишилась всякого надзора за епархиальным управлением. Шаховской бесплодно несколько раз делал представление Синоду об этом недостатке системы, доказывая фактами, неисправность епархиальных органов, и предлагал против этого свои меры. Синодальный епископат встречал эту критику крайне неохотно. Тогда Шаховской стал сам изучал все ведомства и отчеты, присылаемые Синоду из епархий, извлекал из них материалы для запросов Синоду и предлагал меры исправления явных недостатков. Не ограничивался экономикой, но формулировал недостатки всего церковного быта: духовных школ, духовно-судебных дел, доносов на самоуправства архиереев (например, битье архиереем певчего, оплеуха воеводе). Особенно внимательной и обильной областью критики обер-прокурора была экономика. Ведь при его полном согласии синодские владыки выхлопотали у Елисаветы возврат Коллегии из-под Сената вновь в Синод. Надо было на деле доказать доходность и выгодность этого для казны. Между тем архиереи увлеклись в своих «поместьях» новыми постройками и ремонтами без надлежащей отчетности, так называемыми «хозяйственными», домашними способами старого времени. В 1748 г. Шаховской потребовал при всех постройках представление в Синод смет и ведомостей. Синод опять начал проволочку, отложили рассмотрение до пленума членов Синода. Видя саботаж, Шаховской заявил свой протест перед императрицей. Но Синод делал по-своему, скрывая свои решения, противоречащие обер-прокурорским директивам.
Все время всплывал наружу вопрос о выплате жалования членам Синода. По петровскому закону оно должно сообразовываться с размером епархиальных доходов членов Синода. Ради целей контроля, поэтому каждую треть года жалование как бы пересматривалось и восходило на Высочайшую апробацию. В 1745 г. за майскую треть члены Синода выписали себе жалование «по не апробированному штату». Шаховской опротестовал, и члены Синода до 1748 г. не получали жалования. Тогда оно было выдано, но с вычетом. В 1749 г., вместо непоказанных членами Синода их епархиальных доходов, императрица утвердила просто недоплату им по смете одной четверти штатного жалования.
За свои экономические заслуги (не без влияния, конечно, частых просьб членов Синода) в 1753 г. Шаховской был переведен по тогдашней оценке на высший пост – генерал - кригскомиссара. По Шаховскому, «то сделано государыней в его пользу и по отменной благонадежности о лучшем исправлении одной должности».
На место Шаховского назначается статский советник А.И. Львов. По всем видимостям, он был хорошо осведомлен о работе, заслугах его предшественника и вдохновлен его примером усиленного контроля над церковными делами сверху донизу. Но, не располагая таким вниманием императрицы, как Шаховской, часто был безуспешен. Львов, видя невозможность осуществить контрольную роль обер-прокурора, при отсутствии подчиненных ему органов в епархии и упирая на инструкцию обер-прокурора, где всюду подразумеваются подручные ему «прокуроры», представил в 1754 г. Синоду проект учреждения таких прокуроров.
В целом канцелярском возражении синодалы доказывали, что они не обязаны ни учреждать должности прокуроров по епархиям, не даже распубликовывать обер-прокурорскую инструкцию. Синод не понимал принципиально, но предчувствовал на практике, что в его интересах сохранять всеми силами создавшуюся при Елисавете практику получения им царских указов без посредников. И императрица, со своей стороны, совершенно далекая от мысли какого-то подчинения себе Церкви, просто эмпирически изредка прибегала и к посредству обер-прокурора для передачи Синоду своих указаний.