Виконавча влада на Запорожжі належала кошу, тобто обраним на козацькій раді посадовцям. Усього була 21 посада, на яких перебувало по декілька урядовців одного звання. Наприклад, курінних отаманів було 38 (за кількістю куренів), гармашів (артилеристи) — 8, канцеляристів — 20, полкових писарів — 9. Загалом у владних структурах Запорозької Січі перебувало 120 осіб командно-адміністративного персоналу. Найвище становище в апараті управління мали військові начальники, а надто кошовий отаман. За сучасною термінологією він був главою Запорозької республіки, головнокомандувачем збройних сил і військовим комендантом Січі. Кошові отамани, як і решта управлінців, щорічно вибиралися на козацькій раді, знімалися з посад або продовжували на наступний термін їх обіймати.
При кошовому отамані діяла група радців — дорадчий орган, до складу якого на довічних засадах входили козацькі старійшини — авторитетна військова та курінна старійшина у відставці.
До складу військових начальників також входили:
— Військовий суддя — друга посадова особа на Запорожжі. Він здійснював суд над козаками, призначав начальника артилерії, інколи заміщав кошового отамана.
—Військовий писар керував канцелярією, вів листування від імені усього Війська Запорозького.
—Військовий осавул наглядав за дотриманням козаками порядку на Січі, стежив за поповненням продовольчих запасів війська, організовував виконання судових рішень, провадив дізнання щодо вчинених злочинів як на Січі, так і на територіях паланок.
Окрім перелічених посадовців, статус військової старшини мали й курінні отамани — обрані керівники військових підрозділів, що називалися куренями.
Середню ланку виконавчої адміністрації становили військові чиновники, на яких покладались обов'язки допомоги військовій старшині у здійсненні управління козацьким військом. З-поміж них вирізнявся довбуш, який не лише збирав козаків на раду, а й мав бути присутнім під час виконання судових вироків. До його компетенції також належала організація стягнення податків і торговельного мита. Своєю чергою військовий пушкар відав козацькою артилерією, йому підпорядковувалася військова в'язниця. Військовий тлумач виконував обов'язки перекладача. Кантаржей наглядав за дотриманням еталону мір і ваг на всій території Запорожжя.
Остання ланка козацької адміністрації складалася з похідної та паланкової старшини. Похідний полковник був командиром значного військового угруповання, що називалося полком. Окрім нього, до складу полкової старшини входили полкові осавул та писар.
Як зазначалося, влада паланкової старшини поширювалася на сімейних козаків і не козаків, що мешкали поза межами Січі, у слободах і зимівниках. Паланковий кіш очолював полковник, йому допомагали інші управлінці. До повноважень паланкового полковника належали судові функції аж до засудження на смертну кару.
Уся адміністрація Запорозької Січі разом із козаками підлягала владі Речі Посполитої. Але не завжди бунтівне Запорожжя виконувало її волю. Наприкінці XVIст. Січ налагодила тісні контакти з Туреччиною, Угорщиною, Австрією, Московським царством, ставши таким чином суб'єктом міжнародного права.
Саме Запорозька Січ очолила селянсько-повстанський рух проти Речі Посполитої. Однак результатом масових виступів селян і козаків під проводом К. Косинського, Т. Федоровича (Трясила), І. Сулими, П. Гуні стало хіба що збільшення козацького реєстру.
Придушивши у 1638 р. останній виступ, польський уряд взявся за обмеження козацьких привілеїв. Важливим правовим актом польської влади стала видана 1638 р. «Ординація Війська Запорозького реєстрового». Цим документом ліквідовувалися права і привілеї козаків аж до повернення тих, що не потрапили до 6-тисячного реєстру, до попереднього холопського стану. Реєстровці мали підлягати коронному гетьманові, а безпосередня військова і судова влада зосереджувалася в руках призначеного сеймом (замість обраного) старшого комісара. Військова старшина також призначалася польською владою зі шляхтичів, що мали військовий досвід. Польському панству заборонялося вступати до лав простих реєстрових козаків «під страхом кари та конфіскації майна».
Так тривало впродовж десяти років, до 1648 р., коли Б. Хмельницький розпочав національно-визвольну війну проти польської шляхти.
Судовий устрій та судовий процес
Кількість судових інстанцій у Запорозькій Січі не була чітко визначеною та законодавчо унормованою. Чинними на Запорожжі дослідники вважають такі судові установи:
- паланковий суд або суд паланкового полковника. Вважався судом першої інстанції. Його компетенція поширювалася на територію паланки, яку очолював паланковий полковник, він же — голова суду. Розглядалися справи про злочини, за які передбачалися незначні покарання. На плечі паланкового суду лягала основна маса цивільних справ. Вони розглядалися колегіально у складі паланкового полковника, осавула, писаря, обираних на три роки;
- курінний суд, або суд курінного отамана — суд другої інстанції. Розглядав апеляційні справи з паланкового суду. Його очолював курінний отаман, компетенція якого, як першої інстанції, поширювалася лише на козаків одного куреня. У разі належності позивача і відповідача до різних куренів справу розглядав суд отаманів обох куренів;
- суд військового (генерального) судді. Був у Запорозькій Січі судом першої інстанції з тяжких кримінальних справ. Вирок міг бути оскаржений до найвищої судової установи — кошового отамана, а в тому разі, коли військовий суддя виконував обов'язки наказного кошового отамана (за відсутності останнього) і від його імені виносив вироки, вони могли бути оскаржені лише до козацької ради;
- суд кошового отамана. Здійснював юрисдикцію на всій території Запорожжя. Його вироки були остаточними, оскарженню не підлягали. Мав право помилування та перегляду вироку в бік його пом'якшення;
- суд козацької ради — своєрідний верховний суд Запорозької Січі. Збирався кошовим чи наказним отаманом для вирішення найрезонансніших справ. Вирок виносився голосуванням чи підкиданням шапок усього козацького загалу, у тому числі й паланкових козаків.
Судова система на Запорожжі не розрізняла кримінального процесу від цивільного. Проте кількість кримінальних справ, розглянутих січовими судами, значно перевищувала кількість справ цивільних.
По справах кримінальних судова практика передбачала проведення попереднього слідства, яке й проводилося самими членами суду. Для збору доказів на місце вчинення злочину суд часто направляв осавулів, які складали протоколи і передавали їх на розгляд судової установи.
Підозрюваних у вчиненні злочину арештовували, а місцем попереднього ув'язнення були пушкарні або спеціально вириті ями. До винесення вироку обвинувачуваних могли передати на поруки рідних чи знайомих осіб. Під час допитів нерідко застосовувалися тортури.
Як у незначних кримінальних, так і в цивільних справах суд намагався дійти до примирення обох сторін. Коли мета досягалася, провадження припинялося. У противному разі справа передавалася до вищої судової інстанції. Якщо сторони не бажали примирення, то військовий суддя або кошовий отаман «заохочував» обидві сторони дубовими кийками. Шукачі справедливості, за традиційним запорозьким звичаєм, мали приносити до суду куплені на базарі калачі.
Вирок у кримінальних справах оголошував довбуш. Він же вказував місце виконання покарання, якщо таке застосовувалося. У разі поручництва авторитетних осіб на Січі, суд міг припинити виконання вироку за умови недопущення в подальшому з боку засудженого кримінальних злочинів.
Звичаєве право Запорозької Січі мало у своєму арсеналі інститут помилування чи пом'якшення покарання. Відомий випадок заміни смертної кари на побиття киями, пов'язаного з необхідністю засудженого паланкового козака матеріально утримувати дружину й дітей. Помилування здійснювалося" козацькою радою. Відомі приклади, коли засуджений на побиття киями, простоявши кілька діб прикутим до ганебного стовпа, звільнявся від екзекуцій, не отримавши жодного удару. На нього не піднялася рука побратимів.
Судова система на Запорожжі базувалася на принципах демократичності, безпосередності, змагальності, колегіальності, що служили запорукою дотримання в суді особистих прав козаків.
Цивільно-правові відносини
З-поміж норм цивільного козацького права важливе місце належало тим, які регулювали право власності на землю. Звичаєве право запорожців установлювало порядок володіння й користування землею та іншим нерухомим майном.
На території Запорозьких Вольностей земля на праві займанщини належала винятково козацькому товариству. Земля та угіддя запорожців вважалися спільною власністю Війська Запорозького та були в повному розпорядженні козацького Коша.
Козаки й посполиті — піддані Війська Запорозького могли отримати землю в користування. Цю можливість використовували насамперед старшини та заможні козаки, які мали змогу її обробляти.
Земельні ділянки відводилися Кошем (інколи паланковим урядом) козакам і посполитим на їхнє прохання. Претендентам на земельні ділянки дозволялося самим вибирати землю, після чого вони одержували засвідчений Кошем документ на право користування нею. На відведеній ділянці дозволялося заводити своє господарство — зимівник, який разом із землею розглядали як неподільні частини одного господарства. За згодою кошової старшини, землю та зимівник дозволялося продати, закласти, подарувати.
Земельні угіддя запорожців розрізнялися за багатством тваринного світу: одні були багатші на рибу та звірів, інші — бідніші. Кращими вважалися також ті угіддя, які розташовувалися якомога далі від південних кордонів Запорозьких Вольностей, оскільки вони зазнавали менших утрат від набігів татар. Щоб уникнути непорозумінь, пов'язаних з експлуатацією різних за якістю земельних ділянок, земля в Запорозькій Січі щороку перерозподілялася шляхом жеребкування.