Ідею канонічної, незалежної від Москви української православної церкви в роки окупації з певними відхиленнями також реалізовували єпископ Полікарп та його прихильники. В одному із сучасних досліджень читаємо: "...Орієнтація УАПЦ періоду війни була ближчою до тієї програми, яку ще з 20-х років пропагував Феофіл Булдовський, ніж до програми Липківського, що й дало можливість об'єднати обидві церковні групи в 1942 р.".
Єпархіальне управління на чолі з митрополитом Феофілом почало працювати з січня 1942 р. Крім різносторонньої діяльності щодо становлення православної церкви на сході України, митрополит допомагав релігійній общині вірмен у Харкові. Він клопотався перед міською управою, щоб общині передали будівлю закритої радянським режимом вірменської церкви.
Аналізуючи процес відродження українського православ'я в 1941— 1944 pp., член Полтавського єпархіального управління протоієрей Бурко зазначав: "...Дуже конструктивним для відбудови Української Церкви в той час було те, що ця відбудова почалась, як і в 1917 p., знизу, від народу... По-друге, широка дійова участь народу у відбудові церковного життя мала своє значення в очах німців, і з цим вони змушені були рахуватися".
У вересні 1941 р. військову адміністрацію в Україні замінила цивільна на чолі з Еріхом Кохом, одним з найжорстокіших поплічників Птлера. Кох був призначений рейхскомісаром щойно створеного рейхскомісаріату "Україна", який включав Волинь, Поділля, Правобережну Україну, частину Причорномор'я, Дніпропетровську та Полтавську області Враження делегації УАПЦ, яка прибула на зустріч з намісником краю в його резиденцію в Рівному, були гнітючими. Невдовзі всі відчули "тверду" руку нового керівника. В листопаді 1941 р. поширилися чутки, що фашисти заарештували весь склад ВПЦР. Стало зрозумілим, що окупаційна влада вороже ставиться до православної церкви. В інструкції Коха про введення цензури для ненімецьких газет та журналів зазначалося: "...Про церковні та релігійні питання можна писати в діловій формі Релігійні напрями і секти, також церковні сановники повинні критикуватися і стримуватися. При дозволеному релігійному житті на шпальтах українських газет не можна згадувати про те, що саме ось цей або інший напрям потрібний німецьким властям".
Окупантів особливо непокоїв процес зростання і об'єднання українського православ'я. Під загрозою розпуску єпархіальні церковні ради на початку 1942 р. були реорганізовані в єпархіальні управління. Нацисти перешкоджали створенню загальноукраїнського єдиного православного церковного центру. В зв'язку з цим, а також тому, що не вдалося порозумітися з єпископами — автономістами, 24 грудня 1941 р. митрополит Дионісій призначає архієпископа Полікарпа адміністратором УАПЦ в Україні
Таким чином, розкол в українському православ'ї на дві гілки — автономну православну церкву і українську автокефальну православну церкву ставав дедалі більш виразнішим. Для окупантів більш небезпечною видавалась УАПЦ. В директиві від 11 лютого 1942 р. керівництво СС застерігало управління СС і поліцейських команд в окупованій Україні: "1) Належить дозволити різним групам (громадам) Православної Церкви на релігійну діяльність в чисто церковних справах. Треба, одначе, самим Церквам залишити довільний спосіб, як вони свої місцеві організації оформлять і фінансують. Заборонити вмішуватися в засяг церковної діяльності політичним угрупованням, громадським і сільським властям та політичним особистостям.
Не допустити, щоб далекойдучі політичні групи використовували церкву як заслону для своїх, ворожих державі устремлінь. Рівно ж творенню загальноукраїнської автокефальної Церкви під проводом митрополита як допоміжної організації належить всіма способами перешкоджати. За православним церковним розумінням автокефалія є завжди в самій суті пов'язана з самостійним державництвом. Також належить звернути увагу, щоб духовні за жодних умов не входили в склад будь-якого політичного проводу...".
З іншого боку, окупанти безцеремонне намагалися пристосувати церковно-релігійне життя в Україні до потреб рейху. Вже в розпорядженні Коха від 8 грудня 1941 р. про церковні свята в Україні, опублікованому 11 липня 1942 р. для відома генерал- та гебіткомісарів, зазначалося: "Вражає те, що місцеве керівництво дозволило релігійні свята в будні дні. Така практика сьогодні неприпустима, оскільки вона перериває робочий процес.
Я забороняю проведення богослужб в будні дні, на які припадають православні свята, за винятком Різдвяних свят — 7, 8 січня, Нового року — 14 січня і Пасхи — два дні...".
Ретельно вивчивши тенденції розвитку релігійного життя в загарбаній Україні, відомство А. Розенберга розробило детальні інструкції для окупаційної адміністрації, які вказували шляхи впорядкування церковно-релігійних відносин. У цих інструкціях, датованих 13 травня 1942 p., знову підкреслювалося: "...Можна дозволити релігійним громадам існувати, але під умовою, що вони не займатимуться політикою і не становитимуть небезпеки для окупаційної адміністрації.
Розпорядження Коха від 1 червня 1942 р. "Про правні відношення релігійних організацій" також було спрямоване проти активної національної позиції церкви. Серед пунктів, які визначали правове поле церковних громад, були такі:
"...§ 3(1) Щодо складу правління кожної релігійної організації, то він залежить від того, чи генерал-комісар не має ніяких застережень загальнополітичного характеру до осіб...
§4 Релігійні товариства і їхні підмісцеві та місцеві органи і функціонери повинні обмежити свою діяльність тільки до виконання релігійних завдань.
§ 5(1) У випадках недотримання цих приписів, а особливо за вихід поза межі кола діяльності релігійних товариств, їх органів чи функціонерів, генерал-комісар має право наложити грошові кари.
(2) Рейхскомісар може розігнати релігійне товариство, якщо його діяльність не обмежується до виконання релігійних завдань або загрожує публічному порядкові і безпеці...".
Але в розвідданих шефа поліції та служби безпеки читаємо дещо інше. В звіті від 4 лютого 1942 р. підкреслюється: "...Ще один інструмент національної політики — це Українська Автокефальна Церква. Голова цієї церкви єп. Іларіон з Холму, який більше схожий на політика, ніж на князя Церкви"" . В іншому звіті говориться: "...З боку українських націоналістів професор Академії наук і історик Гаєвський, який був державним секретарем при Петлюрі, являється центром тих кіл, котрі хочуть як автокефальну церкву, так і науку перетворити в кристалізаційний пункт своїх політичних устремлінь. Особливо при цьому кидається в очі та обставина, що Гаєвський недавно був висвячений в сан єпископа автокефальної церкви...
В інших німецьких документах за цей же рік також вказується, що УАПЦ прямо або опосередковано реалізує українську національну політику, яка, звичайно, суперечила загальній стратегії окупаційного режиму на українських землях: "...Націоналісти прагнуть до протестантсько-православної (автокефальної) церкви і намагаються через неї приблизили виконання своєї мри про самостійну Україну.
Для посилення контролю за православною церквою в Україні Кох спеціальним розпорядженням від 1 березня 1942 р. розмежовує функції відповідних служб: "...7. Церква (розмежування у відношенні головного відділу її по тих же принципах, як в рейху у відношенні державного міністерства, тобто матеріальні церковні справи здійснюються головним відділом її, виконавчі заходи проти церковних інстанцій і осіб, що відносяться до церкви, здійснюються поліцією безпеки)".
Але цього виявилось замало, і тому у вищезгаданих інструкціях Розенберга було намічено зосередити всю адміністративну владу церков в руках генерал-комісарів. Крім того, з відомства Розенберга до Рівного надходили рекомендації підтримувати розкол в українському православ'ї на УАПЦ та АПЦ, що й ретельно здійснювали відповідні чиновники адміністрації Коха. Наприклад, на конференції з церковних справ, що відбулася в Рівному 4 травня 1942 p., окупанти офіційно визнали наявність двох течій в українському православ'ї і наказали припинити полеміку між ними. Таке позірно справедливе рішення в дійсності було спрямоване проти автокефальної церкви, що мала значно більший вплив на віруючих в Україні порівняно з автономною, а також видавала друкований орган, який за цим рішенням було закрито.
До того ж митрополит автокефальної православної церкви в Польщі Дионісій 15 липня 1942 р. надіслав "Меморандум" німецьким властям, в якому, спираючись на історичний та богословський матеріал, доводив правомірність розповсюдження юрисдикції автокефальної церкви, яку він очолює, на всю Україну. Окупанти заборонили це робити, що, звичайно, поглиблювало розкол між автокефальною та автономною церквами. Генерал-комісари також докладали всіх зусиль, щоб ослабити позиції церкви. Так, в одному з німецьких документів цього періоду зазначалося: "...В той час, як у київських газетах кореспонденція церковного характеру заборонена, в газетах інших областей ці церковні справи широко обговорюються...".
За короткий час на теренах окупованої України з'явилося чимало парафій автокефальної православної церкви. Наприклад, на Київщині на 1 вересня 1942 р. вже функціонувало 513 парафій, у Полтавській єпархії в 1943 р. — близько 150, Лубенській — майже 100, в Дніпропетровській на день евакуації в 1943 р. — приблизно 150. Було чимало парафій і автономної церкви. Функціонували т. з. "дикі" православні парафії, які не визнавали юрисдикції жодної церкви, а підкорялися безпосередньо цивільній або військовій німецькій адміністрації. Очевидно, саме тому дослідник Ф. Уолтере зазначав: "...Після нацистського вторгнення близько семисот храмів було відкрито в Київській єпархії, а в дореволюційний час їх тут було 1410. За німецькою статистикою, в жовтні 1941 р. 95% українців були віруючими". За радянськими документами, за роки війни лише в Чернігівській області було відкрито 418 православних церков, з них в період окупації області — 395. Вже до кінця 1941 р. в містах і селах Чернігівщини діяли 142 церкви, а в 1942 р. — 192. Найбільше православних храмів у роки війни було відкрито у Вінницькій області — 836. У цей період на теренах України функціонувало 47 монастирів. Все це свідчило про високий рівень релігійності українців, яку не знищили навіть жорстокі гоніння радянського режиму.