В зв'язку із значним зростанням кількості парафій у перші місяці окупації адміністратура автокефальної церкви визначає нові єпархії і таємно від окупантів організовує висвячення єпископів. Хіротонії відбулись у лютому, травні та червні 1942 p., а вже у вересні того ж року фашисти заборонили висвячувати єпископів.
Фашисти всіляко підтримували тих ієрархів православної церкви, які співробітничали з гестапо чи СД, писали доноси на своїх колег, священиків, віруючих. Щоправда, їх були одиниці. Особливо яскраво підхід окупантів виявився в справі єпископа Фотія Тимошука.
Та в 30-х роках він з'явився в Польщі як священик-утікач з СРСР, але невдовзі з'ясувалося, що це агент НКВС. Його позбавили сану і ув'язнили. Після 1939 р. Фотій знову добивається священицького сану, а в 1942 р. навіть був висвячений в єпископи автокефальної церкви. Коли ж ієрархи УАПЦ остаточно викрили його в 1943 р. і шляхом анкетування позбавили сану, генерал-комісар Житомира ще довго тримав розстригу на посаді "головного єпископа" своєї округи, а його наступника, посланого адміністратором Полікарпом, — у в'язниці. Згодом розстрига зник у невідомому напрямі Писав доноси на своїх колег і єпископ автономної церкви Мануїл, який отримав єпископський сан в автокефальній церкві, а згодом перейшов до автономістів. Його схопили і покарали в 1943 р. українські партизани.
Втручання окупантів у внутрішнє життя української православної церкви посилилося в 1942 р. Наприклад, заступник генерал-комісара Києва в листі до єпископа автокефальної церкви Ніканора писав: "Пан генерал-комісар доручає повідомити Вам, що він не погоджується з тим, що Ви титулуєте себе адміністратором всієї східноукраїнської території... Ваша діяльність має обмежуватись до району міста Київ і його околиць: [нанкова, Чабного і Василькова...". Ієрархів православної церкви, які викликали підозру, окупанти всіляко утискали. Зокрема, митрополита автономної церкви Олексія неодноразово затримувало київське гестапо, в оселі адміністратора автокефальної церкви Полікарпа загарбники вночі здійснили обшук. Занадто активному, з точки зору окупантів, єпископу УАПЦ Мстиславу надійшло розпорядження заступника генерал-комісара Києва: "З політичних причин забороняю Вам перебувати будь-де в Україні на захід від Дніпра і в частині генеральної округи Київ, розташованій на схід від ріки...".
Ієрархи УАПЦ протягом усіх окупаційних років не втрачали надій на об'єднання українського православ'я. В доповіді відділу політики рейхскомісаріату (1942 р.) зазначалося: "...Найважливіша духовна персона в Києві — це посвячений в травні цього року в єпископи православної Церкви політикан Мстислав. Він має намір серйозніше старатися про об'єднання незалежної православної з автокефальною православною церквою. При цьому він забороняє будь-яку дію, котра б сприяла погіршенню зв'язків з православним єпископом Пантелеймоном (автономістом). Він навіть наміряється прохати Пантелеймона про примирні переговори...
Загарбники були дуже роздратовані спробою об'єднання автокефальної церкви з автономною, що мала місце 8 жовтня 1942 р. Акт об'єднання церков в Українську автокефальну православну церкву, який підписали митрополит автономної церкви Олексій та представники автокефальної церкви єпископи Мстислав та Ніканор, вони заборонили публікувати і розповсюджувати. Це спонукало єпископів-москвофілів з автономної церкви не визнати його і змусити відректися від нього митрополита Олексія.
Заступник Коха Даргель вказував єпископу Мстиславу, що остаточно питання про структуру та устрій української православної церкви після закінчення війни визначать німці, але ті ієрархи, які підписали Акт об'єднання, не будуть допущені до керівництва церквою. Після цього Даргель затвердив інструкції, за якими "...відтепер треба дотримуватися рівноваги позицій обох Церков. З цієї причини треба у відповідний спосіб спротивлятися будь-якому об'єднанню" . Об'єднана могутня православна церква в Україні була непотрібна окупантам, які небезпідставно побоювалися, що вона може спрямувати помисли українців у небажаному для них напрямі. Існування автономної церкви було необхідно загарбникам як противага Українській автокефальній православній церкві, підтримуваній оунівським підпіллям і більшою частиною віруючих.
Зрештою, 11 січня 1943 р. Полікарпа, а 12 січня — Олексія викликали в рейхскомісаріат у Рівне і повідомили, що вони вже не першоієрархи своїх церков в Україні, а рядові єпископи. Відповідно до травневих 1942 р. інструкцій Розенберга та декрету заступника Коха Даргеля від 9 червня 1942 р. структура автокефальної та автономної церков обмежується територією кожного з п'яти генерал-комісаріатів. Синод обох церков розпускається, пересування єпископам дозволяється тільки в межах відповідного генерал-комісаріату. Осіб, гідних висвячення в сан єпископа чи архієпископа, визначає генерал-комісар. Він затверджував навіть парафіяльних священиків. Будь-яка листівка релігійного змісту ретельно перевіряється німецькою адміністрацією. Так нацистська державна машина контролювала щойно відроджене українське православ'я.
Обурення православних ієрархів брутальним втручанням окупантів у внутрішнє життя церкви знайшло відображення в документі без підпису під назвою "Сучасне положення Православної Церкви в Україні в церковно-адміністративному відношенні". В ньому, зокрема, зазначалося, що розпорядження про нове правове становище українського православ'я "...являється порушенням прав Православної Церкви, яка у внутрішньому своєму житті управляється в Україні від часу прийняття християнства при кн. Володимирі (988 p.), згідно кодексу канонічних правил, прийнятому в цілому православному світі...
Таке вмішування в життя Православної Церкви рівнозначне тому, коли б державна світська влада в стосунку до Римо-католицької Церкви розпорядилась католицьким єпископам на даній державній території бути незалежними від Риму і римського папи... Розпорядження... на практиці мусило повести і повело тільки до ослаблення авторитету Православної Церкви в Україні, позбавленої свого митрополичого і соборного центру в Управлінні, авторитету, так потрібного при відродженні тої Церкви посеред збільшовичених мас населення".
Фашисти намагалися використати авторитет українського православ'я для зміцнення своїх позицій на окупованих територіях. Від імені вищих ієрархів автокефальної та автономної церков до віруючих надходили послання, в яких були заклики до покори властям, працьовитості, старанності Прикладом може послужити послання адміністратора автокефальної церкви Полікарпа від 25 березня 1943 р. до своєї пастви. "...Війна, а ще така великанська, як нинішня, має свої суворі закони, — зазначалося в ньому, — вимагає від усіх жертв в тій чи іншій формі, відсуває на майбутнє ряд хоч би й важливих в житті народу питань. Таке положення серед людей, що не задивляючись далеко вперед, особливо ж серед гарячої молоді, викликає часто настрої незадоволення, нестриманості...
Кличу вас, юнаки, не давайте голосу часом подразненого серця оволодіти вами, керуючись голосом вашого розуму..." 43 Вдумливий читач, однак, міг би в цих підцензурних рядках відчути глухе невдоволення церковних діячів окупаційним режимом. Серед послань першоієрархів до своєї пастви були й такі, де вказувалось на необхідність молитися за "німецьку армію-визволительку" та її "вождя — Адольфа Гітлера". Таким чином першоієрархи української православної церкви платили фашистському тоталітарному режимові за можливість існування церкви. Але ж церква — це не лише ієрархи, церква — це все духовенство разом з масою своїх вірних. Тому справжнє ставлення українського православ'я до фашистського режиму виявилося в іншому. Коли в 1943 р. на Волині УПА розпочинає бойові дії проти окупантів, в Рівному єпископ УАПЦ Платон, очевидно, не без погодження з адміністратором УАПЦ Полікарпом організовує нелегальні курси військових священиків, які після їх закінчення мали перебувати в загонах українських партизанів. Про ставлення українського православ'я до окупаційного режиму свідчила і кількість жертв серед священиків у роки війни. 43 священики УАПЦ були розстріляні гестапівцями, деякі спалені живцем разом із жителями сіл, де вони проповідували слово боже.
Отже, в умовах жорстокого окупаційного режиму українська православна церква залишалася разом з своїм народом, поділяючи його трагедію і горе, надії і тривоги. Вона була гідна високого призначення, яке завжди виконувала в лихі години українського народу.
Велика кількість храмів відновилася на Україні у післявоєнний час. У деяких частинах (західних) намагалися відновити уніатство, католицизм, але ці дії були марними, бо істина - у Православ'ї.
Видатними Православними церковними діячами у післявоєнний час на Україні були єпископи: Черновицький Андрій, Уманський Іларіон, Кіровоградський Євстратій.
У 40 - 50 р.р. продовжувалося кількості віруючих. Міські храми були переповнені. Серед вірних чад Православної Церкви були видатні діячи культури та науки: А.Ахматова, М.В. Юдіна, І.С. Козловський, В.П. Філатов. Віра Православна відроджувалася, багато паломників* збиралося у Лаврах: