Метою війни для Гітлера і його васалів було, зокрема, розчленовування СРСР і поневолення слов'янських народів. Тому у випадку перемоги Німеччини Православній Церкві загрожувало жорстоке гоніння. Але фашистські ідеологи прикривали свою розбійницьку війну ім'ям Бога, називали її хрестовим походом, а на солдатських пряжках штампували напис: «Got mit uns» («З нами Бог»). У пропагандистських цілях окупаційна влада виконувала підступні вказівки свого фюрера: «Ми повинні уникати, щоб одна церква задовольняла релігійні потреби великих районів, і кожне село повинне бути перетворене в незалежну секту, що шанувала б Бога по-своєму. Якщо деякі села в результаті захочуть практикувати чорну магію, як це роблять негри або індіанці, ми не повинні нічого робити, щоб перешкодити їм. Коротко кажучи, наша політика на широких просторах повинна полягати в заохоченні будь-якої і кожної форми роз'єднання і розколу».
Треба сказати, що із самого початку окупації розроблені нацистами заходи щодо релігії мали успіх: значна частина духовенства і мирян повірила пропаганді. Прихід німців розглядався деякими як порятунок віри і Церкви. Зрозуміло, що причиною таких настроїв були злочини сталінського режиму в 30-х роках, унаслідок яких до 1939 року на території власне Росії залишилося менш, ніж 100 храмів (в Україні, зокрема, збереглося лише 3% дореволюційних парафій; у всій Київській єпархії на 1940 рік залишилося всього 2 парафії). Звичайно, загарбники і не збиралися давати Православній Церкві повної релігійної свободи. За діяльністю Церкви був встановлений тотальний контроль. Вже в грудні 1941 року імперська канцелярія видала спеціальну інструкцію зі зверненням до українського населення: вона передбачала заборону прочанства, створення релігійних центрів на місцях українських святинь, заборону створення духовних навчальних закладів. Ще одним проявом окупаційної політики стала всіляка підтримка і заохочення розколу в Православ'ї. Своїм втручанням у міжцерковні відносини німецька влада загострювала і без того непросту ситуацію в українському Православ'ї, що склалася до початку 1942 року. На той час виникли і були документально оформлені дві конкуруючі Церкви:
1. Автономна, котра засновувала своє канонічне положення на рішенні Всеросійського Помісного Собору 1917-1918 р. про створення Української автономної Церкви в рамках РПЦ; предстоятель — митрополит Олексій (Громадський), у її склад входило не менш 55% населення України.
2. Автокефальна, що принципово розірвала будь-який зв'язок з Московською патріархією і прийняла в сущому сані священиків-„липківців” — так званих самосвятів, яких жодна Православна Церква не могла вважати законно висвяченими священнослужителями; глава її — митрополит Полікарп (Сікорський). Прихильниками її було не більше 40% населення.
Однак відродження Православ'я відбувалося зовсім не так, як планували фашисти. Бурхливий розвиток церковного життя на окупованій території України почався стихійно і відразу прийняв масовий характер. Незважаючи на явну шкоду для відновлення Православ'я в Україні протистояння канонічної і неканонічної Церков, релігійне піднесення серед населення було таким великим, що тоді вдалося відновити маже 40% дореволюційної кількості храмів. Фактично на всій окупованій території була відновлена канонічна Православна Церква. Не тільки релігійність українців, але і Церква як організація виявилася набагато сильнішою і живучою, ніж думала німецька влада.
Вплив автокефалістів і автономістів розподілявся нерівномірно в різних частинах України, але переважна більшість православних в Україні залишилася в лоні Автономної Церкви. На Волині, де знаходилися обидва церковні центри, в Автономній Церкві була безсумнівна перевага в районах, розташованих ближче до Почаївської лаври. Опорою автокефалістів були північно-західні райони. На Лівобережній Україні всюди, за винятком Харківської єпархії, переважали прихильники Автономної Церкви. Велику частину парафій Харківської єпархії утримував у своїх руках лжемитрополит Феофіл (Булдовський).
Слід зауважити, що ставлення Московської Патріархії до Автономної Церкви було співчутливим. Так, у офіційному некролозі архієпископа Веніаміна (Новицького) (+1976) — мого духівника в студентські роки, — який у минулому належав до неї, визнавалося, що, опинившись у надзвичайно скрутному становищі, Українська Автономна Церква була єдиною легальною організацією, навколо якої могли згуртуватися народні сили й у якій вони знаходили підтримку в часи найбільших іспитів.
Мій радник Савицький Андрій Миколайович, який був помічником приснопам'ятного протопресвітера Гавриїла Костельника (+1948 р.), керівника ініціативної групи у справі возз'єднання греко-католиків Галичини з Православною Церквою, згадує: «Священики Автономної Церкви в поліських районах Волині активно допомагали партизанам. Те ж саме пошепки говорили про священиків з Кременеччини: о. Стефан Галюк (с. Білокриниця), о. Микола Лилякевич (с. Горинка), о. Олександр Кінах (с. Лідихів), брати священики Микола і Віктор Чирські. А протоієрей Серафім Казновецький, переїхавши в серпні 1944 р. з м. Корця Ровенської області до Львова за призначенням Екзарха України, у свято-Георгіївській церкві — тоді єдиній православній церкві в цьому місті — організував потужний патріотичний осередок. Почаївська Лавра в травні 1944 р. перевела у фонд оборони 100 тисяч карбованців, усіляко матеріально підтримувала польовий госпіталь, що знаходився в архієрейському будинку».
Парафіянка Свято-Георгіївської церкви в місті Львові, ветеран Великої Вітчизняної війни, капітан медичної служби у відставці Трапезнікова Галина Сергіївна (їй уже 91 рік) згадує: «Насельниці Домбоцького монастиря біля Мукачева, ризикуючи життям, зробили справжній подвиг: відступаючі фашистські частини залишили в лісі дітей, вивезених з різних місць Радянського Союзу. Діти були приречені на голодну смерть. Але черниці і священик Іоанн Карбованець, усвідомлюючи небезпеку, що загрожувала їм, одностайно вирішили врятувати дітей або загинути разом з ними. Вони виконали християнський обов’язок, і 180 дітей були врятовані».
Багато православних канонічних священиків гинули з вини як окупантів, так і червоних партизанів, але справжній терор проти них розв'язали саме українські націоналісти в інтересах автокефального угруповання. Бандерівці розгорнули масову кампанію терору проти проросійськи налаштованих священнослужителів. 8 травня 1943 р. українські націоналісти вбили митрополита Олексія (Громадського). Потім вони захопили і повісили в лісі єпископа Володимир-Волинського Мануїла (Тарновського), який у 1942 р. перейшов з Автокефальної Церкви в Автономну. Історик Ф. Гейер наводить імена 27 священиків, вбитих бандерівцями лише на Волині протягом літа 1943 р. У деяких випадках убивали і членів їхніх родин.
Усе це привело до того, що з 1943 року у німецьких офіційних документах уже ясно звучав сумнів у правильності ряду аспектів обраного курсу церковної політики. Сподівання на підтримку „нового порядку” з боку гноблених у СРСР релігійних організацій були одним зі споконвічних стереотипів ідеології окупації. Тому ідеологи рейха неодноразово висловлювали подив з того, що в патріотичному русі в Радянському Союзі значне місце посіла Православна Церква. У бюлетені Поліції безпеки «Повідомлення з окупованих східних областей» (7 травня 1943 р.) зазначалося: «Радянська пропаганда зуміла спритно використовувати релігійні почуття населення у своїх цілях. Церкви і маси все більше отримують заохочення. Як стало відомо з Москви, наплив жителів у церкви у великодні дні був значним. Цей факт пропагандистськи досить сильно використовується і знаходить поширення насамперед у союзників».
Храми, що відкрилися, перетворилися в центри національної самосвідомості і прояву патріотичних почуттів. Навколо них згуртувалася значна частина населення. Усього за три роки окупації в умовах голоду, розрухи, відсутності матеріальних можливостей було відновлено понад 40% від дореволюційної кількості церков. Існують різні цифри щодо відкритих на окупованій території СРСР православних храмів. Сучасні історики, як правило, говорять про 7547, посилаючись на звіт Ради у справах РПЦ про стан Церкви на 1 січня 1948 р. Однак треба врахувати, що на той час, у зв'язку з браком духовенства, будинків, вилученням у релігійних громад зайнятих ними громадських будівель, було вже закрито не менш 850 храмів у РСФСР, 600 — в Україні, 300 — у Білорусії і 100 — у Східній Молдавії (Наддністрянщина). В іншому звіті Ради у справах РПЦ зазначалося, що на 1 січня 1947 р. у Росії залишилося діючими лише 1300 церков, відкритих у період окупації. Таким чином, загальна кількість дорівнювала, як мінімум, 9400. Ця цифра приблизно відповідає відомостям, що зустрічалися в радянській літературі, про 10 тис. храмів. Крім того, було відтворено близько 40 монастирів (36 — в Україні).