Перші кроки щодо влаштування православного церковного життя на українських землях, які увійшли до складу рейхскомісаріату, були зроблені митрополитом Діонісієм (Валединським) - главою собору єпископів Православної церкви в Генеральному губернаторстві. У середині липня 1941 р. він отримав листа від архієпископа поліського і пінського Олександра, в якому йшлося про реалії церковного православного життя на Волині та Поліссі. Оскільки отриманої інформації виявилося недостатньо для виважених рішень і відповідних дій, митрополит Діонісій скористався послугами Ю.Мулика-Луцика, який з приватною метою збирався їхати на Волинь. Він погодився не лише з'ясувати наміри архієпископа Олексія щодо можливості відновлення канонічного підпорядкування Варшаві, а передати йому листа від голови Українського допомогового комітету у Варшаві полковника І.Поготовка та дізнатися для нього про плани архієпископа Олексія щодо майбутнього влаштування церковного життя на Волині. Під час аудієнції Ю.Мулика-Луцика у владики Олексія, яка відбулася 3 серпня, він з'ясував, що останній не збирається повертатися під юрдсдикдію митрополита Діонісія. Свою принципову позицію щодо автокефалії Православної церкви в Польщі, неможливості тогочасної юрисдикційної підлеглості Варшаві православних громад України та мотивів підпорядкування Московській патріархії він виклав у листі до митрополита Діонісія, датованому 2 серпня 1941 р.
Митрополит Діонісій у листі від 11 серпня 1941 р. до архієпископів Олександра, Олексія й єпископа Полікарпа повідомляв, що він відновлює свою юрисдикцію над тією частиною церкви, яка виявилася тимчасово відірваною радянською окупацією. У цьому листі він дав вказівки щодо організації 4-х єпархій (Поліської, Кременецької, Луцької та Житомирської) і висвятив єпископа Полікарпа в сан архієпископа з титулом "луцький і ковельський".
Безпосередній початок організації Православної церкви на засадах канонічної підлеглості Московській патріархії було покладено таємним обласним собором єпископів Православної церкви, який відбувся 18 серпня 1941 р. у Почаївській лаврі. Собор у складі його голови архієпископа Олексія, членів собору архієпископа Симона (Івановського) та єпископів Пантелеймона (Рудика) і Веніаміна (Новицького) констатував, що, оскільки всі єпископи Західної України "дали свого часу підписку про підпорядкування Московській патріархії...", то "ні окремі єпископи, ні навіть собор єпископів області не можуть утворити автокефалії самочинно, а тому до вирішення цієї справи на помісному соборі Української православної церкви... ця церква повинна залишитися підпорядкованою Московській патріархії, але з правами автономії, яку свого часу надала їй церква російська".
Собор у Почаєві ухвалив наступне: "1) До помісного собору Православної церкви в Україні в складі ієрархії, духівництва і мирян уважати нашу церкву і її ієрархію в канонічній залежності від церкви російської. 2) Привернути нашій церкві права автономії й автономного управління. 3) Надати старійшому з паличних ієрархів Православної церкви на Україні, архієпископу Олексію стосовно до 34 Апост. прав права обласного митрополита. 4) Рахувати екзархат у Західній Україні прикоротившим своє існування, а екзархат митрополита Миколая, покинувшого свій екзархат і єпархію Волинську і священно-архімандритство в Почаївській лаврі на час великої небезпеки, утратившим свої уповноваження як по екзархату, так і по єпархії і Лаврі".
Можна погодитися з І.Власовським та сучасним істориком РПЦ, протоієреєм В.Ципіним, які наголошують, що обласний собор єпископів у Почаєві 18 серпня 1941 р. не мав ніяких прав скасовувати екзархат і позбавляти митрополита Миколая попереднього титулу - екзарха західних областей України і Білорусії.
Аргументованим також є висновок І.Власовського та солідарних з ним у цьому питанні дослідників українського православ'я В.Пащенка й О.Сагана про те, що цим рішенням "започаткувався конфлікт з Московською патріархією та вносився розкол у саме православ'я на українських землях". З цим рішенням собору в Почаєві погодилися всі ієрархи Православної церкви, які були на Волині, крім двох - архієпископів Полікарпа й Олександра.
Негативне ставлення до рішень собору єпископів у Почаєві висловив варшавський митрополит Діонісій. Доводячи неправомірність його ухвали про юрисдикційне підпорядкування Православної церкви в Україні Московській патріархії, він у листі до архієпископа Олексія від 23 жовтня 1941 р. послався на такі аргументи: по-перше, мови не може бути про підпорядкування Православної церкви в Україні церкві московській, оскільки "...під теперішню пору не існує правильної й на засадах канонічних організованої церкви російської"; по-друге, Православна церква в Україні завжди була церквою незалежною і "перебувала в канонічному зв'язку з великою церквою Царгородською і з святійшим вселенським царгородським патріархом. Це авторитетно стверджує святійший вселенський царгородський патріярх синодально-канонічним томосом про автокефалію нашої св. Православної церкви, з дня 13 листопада 1924 p."; по-третє, канонічне право забороняє поширювати терени своєї області за рахунок іншої, і "в цьому відношенні Московська патріархія з її містоблюстителем митрополитом Сергієм, підпорядковуючи собі терени нашої св. Автокефальної церкви, поступила всупереч приписів канонічних".
Слід зазначити, що відразу після встановлення німецької окупаційної влади в багатьох місцевостях України почали стихійно виникати самодіяльні громадсько-церковні організації, які найчастіше називалися парафіяльними ініціативними групами чи церковними комісіями. У великих містах вони, як правило, називалися церковними радами. Наприкінці 1941 р. в Україні функціонувало вже 8 єпархіальних церковних рад.
Своє принципове ставлення до влаштування православного церковного життя чітко визначила "Українська рада довір'я на Волині", до складу якої входило майже 20 представників української громадськості та православного духівництва. Розглянувши питання про становище Православної церкви, учасники засідання ради 1 вересня 1941 р. ухвалили: "Стоячи на тій нерушимій основі, що церква на Україні, як могутній фактор національно-релігійного і морального виховання народу, повинна бути церквою національною і українською, рада довір'я вважає, що такою Православна церква могла бути тільки тоді, коли вона буде незалежною, автокефальною".
Отже, із самого початку німецької окупації України в середовищі української інтелігенції виник потяг до створення Української автокефальної православної церкви, яка була б повністю незалежною від будь-якого релігійного центру, що перебував за межами України.
Оскільки ж у той час у Варшаві вже мали інформацію про рішення таємного Почаївського собору від 18 серпня 1941 р., то було прийнято рішення про кандидатуру на "тимчасового адміністратора". Ним став єдиний в Україні архієрей-українець, який залишився вірним митрополиту Діонісію - архієпископ луцький і ковельський Полікарп (Сікорський). Оскільки ж діячами Української Народної Республіки у Варшаві було визнано, що „незручно" призначати його "не з волі свого народу", то й було організовано 13 грудня в Рівному засідання "Наради представників церковних рад Волині" (інша назва - "Всеукраїнський церковний собор"), де було засуджено діяльність архієпископа Олексія та рішення Почаївського собору щодо автономного статусу Православної церкви в Україні й ухвалено звернення до митрополита Діонісія призначити тимчасовим адміністратором Православної церкви на звільнених землях України архієпископа луцького і ковельського Полікарпа.
Мине зовсім небагато часу й архієпископ холмський і підляський Іларіон (І.Огієнко) у своєму відкритому листі до "голови собору єпископів св. Православної автокефальної церкви в генерал-губернаторстві Діонісія" від 12 лютого 1942 р. оприлюднить окремі, але дуже суттєві деталі, що стосувались обставин утворення Української автокефальної православної церкви. Він твердив, що митрополит Діонісій, продовжуючи самовладне втручатися в справи Православної церкви на теренах рейхскомісаріату, цим вносить "розклад у Православну церкву в Україні". З цього листа випливає, що з незрозумілих для владики Іларіона причин митрополит Діонісій не тільки приховав від собору єпископів Генерального губернаторства своє попереднє листування з православними ієрархами України, розпорядження стосовно влаштування церковного життя на території, яка йому була канонічне непідлеглою, а й продовжував так діяти й надалі.
Отже, в окупованій Україні наприкінці 1941 - на початку 1942 pp. було започатковано дві православні конфесії: Автономну православну церкву на чолі з митрополитом Олексієм, яка перебувала в юрисдикції Московської патріархії, та Українську автокефальну православну церкву, очолювану її тимчасовим адміністратором - архієпископом Полікарпом.
Одночасно з формуванням цих двох конфесій в українському православ'ї та загостренням протистояння між ними протягом осені - зими 1941 р. у громадських і церковних колах окупованої німцями України мало місце велике прагнення до відновлення Київської митрополії.