Один з керівників Всеукраїнської православної церковної ради (ВПЦР) П.Рибачук так висловив своє розуміння ролі церкви в нових, надзвичайно складних політичних умовах: "Українська церква має бути не тільки релігійним, а й політичним центром, завдання якого вести боротьбу за самостійну Україну і виховувати українців у національному дусі. Автокефальна церква має відіграти керівну роль у створенні самостійної Української держави"33'
З проблемою відновлення Київської митрополії було безпосередньо пов'язане питання про претендента на митрополичу кафедру. На початку жовтня 1941 р. ВПЦР звернулася до провідних діячів Української Народної Республіки з проханням про сприяння справі надання німецькою владою офіційного дозволу на переїзд архієпископа Іларіона з Холма до Києва. Про це йшлося в листі, надісланому главі Православної церкви в Генеральному губернаторстві митрополиту Діонісію.
Одним з перших серед провідних церковних діячів України цю кандидатуру на кафедру митрополита київського підтримав глава Греко-католицької церкви митрополит А.Шептицький, який писав у листі до владики Іларіона 21 жовтня 1941 p.: "Бажаю, щоб Ви... в цілій Україні відновили віру св. Володимира і митрополита Іларіона, віру вселенської церкви, віру сімох перших вселенських соборів".
8 грудня 1941 р. обласний собор єпископів Автономної православної церкви постановив: "Признати високопреосвященного архієпископа Іларіона Огієнка достойним кандидатом на вільну катедру архієпископа київського і переяславського". У цій же постанові голові собору доручалося "покликати високопреосвященного Іларіона на цю катедру" та "випросити у блаженнішого митрополита Діонісія благословення і дозвіл. високопреосвященному Іларіону заняти Київську катедру". Владику Іларіона було сповнено при цю ухвалу, на що він відгукнувся листом, в якому подякував архієпископу Олексію і собору єпископів за честь, виявлену йому. Він писав, що як тільки отримає перепустку, то відразу скористається нею.
Бажання мати предстоятелем Української православної церкви владику Іларіона ухвалила на своїх зборах 22 грудня 1941 р. Українська церковна рада в Рівному. Вона просила собор єпископів у Генеральному губернаторстві "канонічне відпустити з своєї церкви архієпископа Іларіона".
Цим прагненням багатьох свідомих православних українців, які докладали зусиль до створення єдиної Української православної церкви, завадило як те, що владика Іларіон знаходився поза межами рейхскомісаріату, так і те, що в цьому важливому питанні не було єдності в середовищі православної ієрархії. Деякі з її представників мали намір зайняти кафедру митрополита київського.
Але все ж головною перешкодою відновлення Київської митрополії стала німецька окупаційна влада, яка не тільки не дала дозволу на приїзд до Києва архієпископа Іларіона, але й зробила все можливе для того, щоб будь-хто з українських православних владик не зайняв цієї кафедри. Таким діям окупантів нічого дивуватися, оскільки для них абсолютно неприйнятною була як ідея негайного відновлення Київської митрополії, так і постать можливого її глави - владики Іларіона, який більшу частину свого життя присвятив боротьбі за автокефалію церкви. Його позиція щодо необхідності самостійної та незалежної Української православної церкви, не чекаючи закінчення війни, була діаметрально протилежною німецькій.
У той час посилилася конфронтація між владиками Олексієм і Полікарпом, яка виникла ще в процесі творення ними двох церковних центрів. Архієпископ луцький і ковельський Полікарп захищав правочинність титулу адміністратора Української автокефальної православної церкви, посилаючись на рішення варшавського митрополита Діонісія, яке випливало з канонічності автокефалії, дарованої томосом 1924 р. для Православної церкви в межах тодішньої Польщі. Олексій митрополит волинський, екзарх України, доводив, що автокефалія 1924 р. уже недійсна для України, оскільки відбулися політичні й адміністративні зміни: Польща внаслідок німецької окупації перетворилася на Генеральне губернаторство, і церковна юрисдикція митрополита Діонісія обмежується його територією; Православна церква на західноукраїнських землях після встановлення там у 1939 р. радянської влади опинилася під юрисдикцією Московської патріархії, і це підтвердили західноукраїнські єпископи, підписавши декларацію вірності Московському патріархату.
У розпорядженні з Волинської духовної консисторії від 23 лютого 1942 р. "До о.о. благочинних Волинської єпархії" містилося твердження про безпідставність звинувачень собору єпископів у тому, що він творить церкву автономною, оскільки "своєю постановою від 25 серпня 1941 р. собор єпископів став на шлях автокефалії і вирішує церковні справи самостійно...".
Отже, конфлікт розгорався навколо питання про церковну юрисдикцію для Православної церкви в Західній Україні в період німецької окупації. Йшлося про канонічність Варшавської митрополії згідно з томосом 1924 р. чи Московської патріархії, яка тимчасово здійснювала свою юрисдикцію на західноукраїнських землях у 1939 - 1941 pp. Зрештою, ситуація ускладнювалася тим, що в 1941 - 1944 pp. на цих землях не було влади ні польської, ні радянської. Політично-адміністративні реалії були пов'язані з наявністю німецької окупаційної влади. Які ж правно-канонічні засади зобов'язували Православну церкву в цих умовах?
Архієпископ Полікарп як адміністратор УАПЦ доводив у своєму листі "До всього духовенства й вірних на українських землях сущих" (8 квітня 1943 p.): "...Автокефалія надана в 1924 р. вселенським патріархом не Польщі, а Православній церкві на землях, які входили до складу Польщі, і цієї автокефалії ми не позбавлені через те, що ці землі часово були захоплені безбожними більшовиками".
Митрополит Олексій у своєму "Одвертому листі до владики Полікарпа" доводив: Полікарп, ставши тимчасовим адміністратором УАПЦ, "революційним шляхом відійшов від Москви", а "таким шляхом наша спільна мета - незалежність нашої церкви не може бути осягнута", оскільки "православні єпископи, хоч би зв'язані приналежністю до одного народу і спільністю національних переконань, не можуть покласти основ нової автокефалії, якщо вони не будуть це чинити в рамках своєї дотогочасової канонічної юрисдикції". Екзарх Автономної православної Церкви в Україні митрополит Олексій стояв на тому, що "ми безсилі проти церковної дійсності. Ми не повинні в тому, що опинилися в 1940 р. в юрисдикції Московської патріархії, але повинні виходити з рамок тієї юрисдикції, коли хочемо, щоб наша майбутня автокефалія була канонічною і законною".
Зі свого боку, архієпископ Полікарп як адміністратор УАПЦ стояв на тому, що, коли звістка про його призначення дійшла до Москви, то вона викликала вкрай ворожу антиукраїнську реакцію патріаршого місцеблюстителя Сергія, який, за словами сучасників, зрозумів, що "Українська церква виривається і вирветься з московсько-імперіалістичних рук, що в Україні буде суто Українська церква".
Підґрунтя всіх тогочасних церковних подій в Україні архієпископ Полікарп бачив у тому, "чи бути нашій Православній церкві дійсно українською національною церквою з своєю рідною мовою в богослужінні, церквою, овіяною традиціями соборноправними, всією її національно-культурною красою, чи, навпаки, бути їй знаряддям у руках купки москвофілів-єпископів для панування над українським народом Москви і духу московського".
Олексій, митрополит волинський, екзарх України, посилаючись на церковну історію, заперечував, що "Москва нищила особливості української православної церкви та насаджувала московське православ'я". Він доводив, що всі церковні владики, які заклали канонічні підвалини Московської церкви й керували нею до XIX ст., були українцями, починаючи від митрополитів Кирила і Петра в XIII ст. і закінчуючи тим, що у XVIII ст. "церковне життя в Україні йшло під знаком панування в московській церкві наших же українців - Стефана Яворського, Феофана Прокоповича, Феофілакта Лопатинського й цілого сонму інших архієреїв, пресвітерів і вчених. Що вони вложили в церковне життя, то й сталося досі, бо ж 19-те століття може бути відмічене в історії московської церкви взагалі ліберальним духом, так що при кінці того століття була видрукувана навіть українська Євангелія. Як же можна говорити про специфічне "московське православ'я?".
Отже, митрополит Олексій як глава Автономної православної церкви, яка визнавала над собою юрисдикцію Московської патріархії, відкидав звинувачення його в "москвофільстві". Звертаючись до владики Полікарпа, він писав: "Запевняю Вас, що я і брати-єпископи, що зі мною вкупі, не тільки бажаємо, але й стрімемося до того, щоб наша церква дійсно була національною, а москвофілами ми себе не рахували і з обуренням відкидаємо той зміст, який Ви вкладаєте цьому слову".
Митрополит Олексій запевняв: собор єпископів очолюваної ним Автономної православної церкви "став твердо на шлях автокефалії і керує справами Української православної церкви аж до того часу, коли всі автокефальні церкви, а разом з ними і Московська церква дадуть своє благословення на автокефальне існування нашої церкви канонічною дорогою".
Він доводив, що "постановив разом з братами-єпископами собі ціллю здобути незалежність нашій Українській церкві, автокефалію, при якій тільки і можливим виявиться відродження і розвиток цієї церкви. Але ж незалежність канонічну і законну...". Митрополит Олексій нагадував архієпископу Полікарпу, що "тяглість канонічного устрою є... передумовою прочного буття української автокефалії". Він попереджав: "Коли б Польська автокефалія і продовжувала своє існування", спиратися на неї означало "наразити б прийшлу автокефалію Української православної церкви на небезпеку невизнання її усіма Церквами". Далі він робив спроби переконати архієпископа Полікарпа: "...Треба пам'ятати і любити свою церкву і народ, подбати про такі шляхи, які б дозволили, щоб наш народ мав законну і канонічну автокефалію", і продовжував: "тільки з відродженням у ...народів державності, відроджено в них і церковні автокефалії". Він твердив: "Варшавська автокефалія з упадком Польщі перестала існувати і Вам триматися за неї не слід, щоб не пошкодити через те церкві Українській".