В это время семья Петра и его двор, отстраненные от участия в решении политических вопросов, фактически покинули Кремль и делили время между различными подмосковными резиденциями. Но чем старше становился Пётр, тем более обострялись взаимоотношения между его двором и двором Софьи. По стечению обстоятельств в 1689 году противостояние стало открытым. В результате к власти пришел Пётр, Софья была заточена в Новодевичий монастырь.
В первые годы самостоятельного царствования Петра в его образе жизни внешне ничего не изменилось. Он по-прежнему много времени уделял потешным войскам. Летом 1693 года царь отправляется в Архангельск. С этого времени море, корабельное дело становятся его страстью на всю жизнь.
К концу 90-х годов вокруг Петра сложился круг лиц, которых позднее историки назвали его сподвижниками, а А. С. Пушкин «птенцами гнезда Петрова». Это были люди очень разные и по образованию, и по способностям, и по возрасту.
В начале 1694 года умерла царица Наталья Кирилловна. С этого времени началось уже в полном смысле самостоятельное правление Петра.
В 1695 году закончилась неудачей попытка Петра захватить Азов. Царь не пал духом, но вернулся в Москву с планом нового похода, организованного на иных принципах. В итоге в следующем году Азов был взят. Это была первая важная победа молодого царя, которая должна была значительно укрепить его политический авторитет. Не прошло и трёх недель после торжественного въезда в Москву, как Петр собрал в Преображенском Боярскую думу. Перед боярами были поставлены две важнейшие задачи: восстановить и сохранить для России Азов с прилегающими территориями и построить парусный флот, способный продолжить войну.
6 декабря 1696 года был объявлен указ об отправлении в Европу «великого посольства» во главе с тремя послами – Лефортом, Головиным и Возницыным. Это был первый в истории России выезд царя за рубеж. Главная цель поездки была в учебе у иностранцев тому, в чем они обогнали русских. Великое посольство безуспешно пыталось склонить западные страны к активизации действий против Турции. Эти попытки свидетельствовали о том, что русское правительство плохо знало о положении дел в Европе.
После получения известия об очередном бунте стрельцов царь прерывает свою поездку и срочно возвращается в Москву. Петр жестоко расправился с участниками бунта, заставляя принимать участие в пытках и казнях своих ближайших соратников, показав тем самым, что, привезя из-за границы новые идеи и планы по части привычек, сам он остался совершенно русским.
В 1699 году царь подписал ряд указов, положивших начало реформе управления. Также был издан ряд указов, регламентирующих внешний облик людей. Закончился 1696 год реформой календаря. Петр велел вести летоисчисление от Рождества Христова, а не от сотворения мира, и 1 января отметить новый 1700 год. Указы царя содержали и предписания относительно празднования Нового года.
Уже самые первые преобразования Петра I отличают особенности, характерные и для его реформ последующего времени: масштабность, распространение новшеств на самые разные сферы жизни и, с другой стороны, бессистемность, отсутствие какого-либо плана, представлений о необходимой последовательности действий. Главным же для Петра в течение всей первой половины 1700 г. была подготовка к войне и ожидание вестей о подписании мира с Турцией, после чего можно начать военные действия против Швеции. В этом же году завязалась Северная война, начавшаяся с поражения русской армии под Нарвой.
Начало империи
В конце 1698 г. царь Пётр учредил первый российский орден – Св. Апостола Андрея Первозванного. Выбором Св. Андрея подчёркивалось, с одной стороны, приверженность царя православию, с другой – единство России со всем христианским миром и её претензии на одну из ведущих в мире ролей. Поражение под Нарвой показало, что заветная цель была гораздо дальше, чем казалось. Оно стало ещё одним рубежом в формировании Петра-реформатора. С этого времени его действия становятся более осознанными, ибо Нарва указала на самое слабое место – армию. Отныне армия, война становятся главными заботами Петра, тянущими за собой преобразования в других сферах.
В ноябре 1700 г. царь отдаёт приказы о формировании новых полков и литье новых пушек. С 1701 г. при царе начинает функционировать Ближняя канцелярия – орган центрального управления, координирующий и контролирующий деятельность приказов. Одновременно царь решительно берётся за дело воспитания поданных, принимая на себя заботу о всех сторонах их жизни, включая веру. Государственная регламентация образа жизни коснулась и духовенства. При всём при том царь явно разделял веру и институт церкви, намереваясь сделать последнюю своим орудием и нисколько не посягая на первую. В 1704 г. было принято несколько указов, увеличивающих социальные права граждан.
В то время как Карл XII ведёт военные действия в Польше, русские начинают одерживать победы над шведами. Русская армия овладевает Нотебургом и Ниеншанцем. Теперь вся Нева от истоков до устья была в руках русских. Чтобы закрепиться на этом месте, решено было построить крепость. Она была заложена 16 мая и названа Санкт-Петербург. Её суждено было стать новой столицей новой страны. С самого начала город замысливался не только как крепость и столица, но и как торговые ворота в Европу. Но Петербург был ещё символом внешнеполитических амбиций России, свидетельством трансформации старой доктрины «Москва – Третий Рим» из чисто идеологической в политическую.
Открытие «окна в Европу» не ограничивалось лишь строительством Петербурга. Ещё в апреле 1702 г. на свет появился «Манифест о вызове иностранцев в Россию», в котором была развёрнута программа царствования и изложены способы её реализации. Появление манифеста – безусловное свидетельство того, что уже в это время Пётр более или менее отчётливо представлял цели своей политики, однако вряд ли можно говорить о манифесте как о программе реформ.
1703-1705-е года отмечены рядом военных побед, но и внутреннее, и внешнеполитическое положение страны было чрезвычайно сложным. Военные заботы оттесняли на второй план, одновременно подчиняя себе, но и стимулируя, процесс внутренних преобразований. На смену Боярской думе приходит Консилия министров, объединявшая руководителей основных правительственных учреждений. Правительство продолжало искать новые источники доходов, продолжался процесс регламентации жизни подданных. В 1705 г. были ведены новые принципы комплектования армии.
Строительство Петербурга, на которое насильно сгонялись десятки тысяч людей, живших и умиравших там в нечеловеческих условиях, введение рекрутчины, постоянное увеличение налогового бремени и всевозможных трудовых повинностей, насильственное насаждение иноземных порядков, непривычных и чуждых черт быта и культуры – всё это не могло не вызывать недовольства, брожения в самых широких слоях населения. Но в условиях кризиса традиционализма, с распадом старой организации служилых людей, довершенной административными и военными реформами Петра, в стране попросту не оказалось организованной политической силы, способной противостоять преобразователю в самых его радикальных замыслах. Все попытки сопротивления жестоко подавлялись.
В это время Пётр прилагает отчаянные усилия добиться заключения мира, это ему не удаётся - военные действия продолжаются.
Решило исход войны полтавское сражение, после которого непобедимая шведская армия перестала существовать. После Полтавы Россия становится значительной фигурой политической жизни Европы. Но в 1711 г. русская армия едва не была разгромлена в ходе войны с Турцией. По Прутскому миру Россия обязалась возвратить Азов и разрушить основанные Петром крепости Таганрог и Каменный Затон.
Чтобы обеспечить бесперебойное управление страной во время своего отсутствия царь издал указ, учреждающий Правительствующий Сенат – коллегиальный орган из девяти членов.
Примерно с 1713 г. Пётр развернул беспощадную борьбу с казнокрадами, издав серию указов, в том числе побуждающих к доносительству на преступников. Одновременно с Сенатом был создан институт фискалов, в обязанности которых входил контроль за деятельностью чиновников, вплоть до самых высших. Для борьбы с нежеланием бояр служить, в марте 1714 г. на свет появился знаменитый указ «О порядке наследования в движимых и недвижимых имуществах», более известный как «Указ о престолонаследии».Петр постоянно заботится об открытии новых учебных заведений, о посылке учеников за границу, о печатании разнообразных полезных книг.В 1716 г. уже из-за границы царь прислал «Устав воинский», определявший устройство и организацию армии, обязанности военнослужащих, основы строевой и полевой службы, а также военно-уголовные реформы. В 1712 г. был издан указ о создании Коллегии для внешней торговли.
Во второй половине 1710-х годов меняется промышленная политика правительства. Начинается передача казенных предприятий в частные руки с предоставлением различных торговых льгот. Но сохранялась зависимость промышленников от государства, которая, с одной стороны обеспечивала стабильность производства, но, с другой, делало ненужной конкуренцию, а следовательно, лишало их стимулов к усовершенствованию производства. Подобным же образом обстояло дело и в торговле, также развивавшейся под жёстким контролем государства. Важнейшей особенностью индустриализации в России была крайняя ограниченность легального рынка свободной рабочей силы. Особенности социальной структуры русского общества, воплощённые в крепостничестве, становились, таким образом, тормозом на пути модернизации в экономике.