Огромную роль в жизни региона продолжал играть религиозный фактор. В Дагестане, например, насчитывалось в 1913 г. 14,5 тыс. рабочих и 40 тыс. духовных лиц — имамов мечетей, богословов-улемов, кадиев (шариатских судей), муэдзинов, мударрисов (учителей арабского языка в мечетях и медресе). Среди последних преобладали те, кто нашел полное взаимопонимание с царской администрацией, восхвалял «милосердие русского государства» и призывал «проявлять любовь и послушание» по отношению к властям.
Однако проблемы у властей оставались, особенно в мусульманских районах. Во-первых, на Кавказе продолжала скрыто, не очень эффективно, но постоянно действовать агентура османов. Часть духовенства, особенно учившаяся в Стамбуле, Каире и других зарубежных центрах ислама, была настроена антироссийски. Наконец, Северный Кавказ и после завершения Кавказской войны оставался зоной наибольшего влияния суфизма и мюридизма, в связи с чем сюда почти не проникали идеи «джадидов», т. е. либералов-обновителей российского ислама, развернувших на рубеже XIX—XXвв. пропаганду модернизации и реформирования ислама, особенно в сфере культуры и образования мусульман.
На Северном Кавказе по-прежнему значительна была роль суфийских братств и их ветвей (вирдов). В частности, после капитуляции Шамиля, которого поддерживало братство Накшбандийя, симпатии многих в Чечне и Дагестане перешли к соперничавшему с ним братству Кадирийя. Догматы этого братства еще в годы всесилия Шамиля начал проповедовать Ахмед Кунта-Хаджи Кишиев. Он искал компромисса
с Россией, считая борьбу с ней гибельной для мусульман Кавказа. Он отрицал и осуждал насилие, войны, гнев, тщеславие, роскошь, высокомерие и призывал нравственно совершенствоваться в ожидании торжества справедливости. Однако проповедование идеи братства мусульман и некоторых суфийских обычаев (например, зикра) настораживало российские военные власти, тревожившиеся также по поводу роста сторонников Кунта-Хаджи (в 1864 г. их было уже более б тыс.). В конце концов Кунта-Хаджи был арестован и выслан, что, независимо от его намерений, превратило его в символ сопротивления властям. Его сторонники устраивали собрания и сходки, выбирали старейшин и наибов, распространяли заветы, оставленные (или будто бы оставленные) шейхом своим «векилям» (помощникам, заместителям). В результате даже не само учение, а просто имя и авторитет Кунта-Хаджи стали своеобразным знаменем религиозной оппозиции на Северном Кавказе.
Государственный Совет России постановил в 1887 г., что «мусульмане свободны в отправлении своего культа при условии, что это не будет вредить Православной Церкви». Общины мусульман, насчитывавшие не менее ЗОО человек и платившие установленные налоги, имели право строить мечеть и содержать ее за свой счет. Этому способствовал председатель Государственного Совета империи в 1881—1901 гг. великий князь Михаил Николаевич, ранее (в 1863—1881 гг.) занимавший пост наместника Кавказа. Его деятельность во многом способствовала, с одной стороны, «русификации» края, но с другой — установлению отношений сотрудничества с элитой местных народов. Вместе с тем правительство России после Кавказской войны всячески старалось продемонстрировать уважение к правам мусульман Северного Кавказа. В частности, в 1899 г. 120 тыс. мусульман Кубани получили не только разрешение на выезд в «земли ислама» (в действительности, в Османскую империю), но и эскорт сопровождения и прочие виды содействия. Разумеется, при этом учитывалось и стремление российских властей избавиться от вызывавших опасение проосмански настроенных мусульман.
К началу XXв. удельный вес русского и другого приехавшего в эти районы населения, в основном служащих, рабочих, предпринимателей, составлял, особенно в городах, около трети жителей Кавказа. Наряду с этим на рубеже XIX—XXвв. стали сказываться результаты широко распространявшегося на Кавказе с 1862 г. (а особенно — с 1869 г.) образования на русском языке, способствовавшего постоянному росту прослойки грамотных людей, приобщенных к русской культуре и к процессам модернизации и даже «европеизации», более заметных в то время среди российских мусульман Поволжья, Крыма и Сибири.
Северокавказская элита стала привлекаться в ряды российского чиновничества и офицерства, даже получала генеральские чины и дворянские звания. Например, дагестанский Шамхал Тарковский получил княжеский титул. И хотя часть этой элиты, особенно духовной, продолжала преследоваться за религиозный фанатизм или проосманскую агитацию, большинство мусульман пользовались своим правом свободы вероисповедания, ведения богословских дискуссий, издания теологической литературы. В Темир-Хан-Шуре (современном Буйнакске) в Дагестане с 1902 по 1915 г. было издано более 220 богословских книг местных авторов на арабском, персидском, турецком и некоторых местных языках. Произведения северокавказских проповедников ислама издавались также в Бахчисарае, Симферополе, Казани, Порт-Петровске (современной Махачкале), Санкт-Петербурге и других городах, где были типографии с арабским шрифтом. В мусульманской прессе вследствие этого пребывание в составе России расценивалось положительно, а власть царя («Ак Падшаха») именовалась «благом, посланным Богом». Многие северокавказцы, в частности, живший в Париже поэт, публицист и философ Саид Габиев, признавали, что положение горцев Кавказа после присоединения к России улучшилось.
История Армении в столетия, предшествовавшие XVIв., полна трагизма. В XIII—XVвв. страна многократно и безжалостно разорялась татаро-монгольскими завоевателями, войсками Тохтамыша и Тимура, кочевыми туркменами Кара-Коюнлу и Ак-Коюнлу. Разрушение производительных сил, разгром городов, массовое уничтожение населения и культурных ценностей, гибель национальной государственности — все это грозило самому существованию армянской нации. Тем более, что феодальная элита страны была частью уничтожена, частью эмигрировала или укрылась в монастырях, пополнив ряды духовенства. Было немало и тех, кто порвал с родиной и национальной культурой, приняв ислам и влившись в военное сословие мусульманского общества в странах от Алжира до Ирана. Армянское крестьянство оказалось в катастрофическом положении, было буквально на грани вымирания, многократно ограбленное сменявшими друг друга завоевателями, а также испытывало жесточайший гнет тюркской, иранской и курдской военно-кочевой знати, захватившей земли армянских феодалов. Все это способствовало усилению в XIV—XVIвв. эмиграции армян, начавшейся еще во время завоевания страны Сельджукидами в XIв. Однако в том же XIVв., после гибели Армянского царства в Ки-ликии, начался встречный процесс возвращения эмигрантов на Кавказ. Этому способствовал также перенос в 1441 г. престола католикоса всех армян, т.е. главы основной для народа армяно-григорианской церкви, из г. Сиса в Киликийской Армении в г. Эчмиадзин близ Эривани. С XVв. область Гохтан выдвигается как наиболее успешно развивающаяся часть Армении, а выросший в ней город Джульфа становится важным центром международной торговли и ремесленного производства, здесь же зарождается новое национальное купечество.
Ожесточенная борьба, развернувшаяся между Ираном и османами в XVI—XVIIIвв., во многом шла на территории Армении и за овладение ею. Сопровождавшие эту борьбу потери привели к новому экономическому упадку страны. К тому же, шах Аббас, стремясь к хозяйственному оживлению собственно Ирана, приказал насильно переселить десятки тысяч армян из Джульфы в Иран. Город Джульфа был разрушен, а в окрестностях Исфагана выстроена Новая Джульфа, ставшая центром экономической активности армянских торговцев в Иране. Благодаря им были во многом налажены в XVIIв. хозяйственные связи державы Сефевидов с Индией и Средней Азией (где образовались значительные армянские колонии), а также с Ближним Востоком и Европой.
В 1639 г. Армения была окончательно разделена на Западную, отошедшую к Османской империи, и Восточную, которую составили в основном Эриванское беглербегство и Нахичеванское ханство, вошедшие в состав Ирана. Под сюзеренитетом Ирана остались и пять армянских княжеств (меликств) Нагорного Карабаха, входившие в Карабахское ханство. Впрочем и Карабах, и другие области с армянским населением продолжали оставаться яблоком раздора между Ираном и османами. На всех подчиненных иранцам территориях армянское население платило «бахру» — налог в 1/3 или 2/3 урожая, «джизью» (подушную подать с христиан) и другие налоги. Тяжелой повинностью для армян была регулярная поставка к шахскому двору юношей и девушек. Под гнетом османов положение армян было еще хуже. Там, помимо экономического и политического угнетения со стороны пашей и прочих чиновников султана, армянское население жестоко грабили феодальные вожди кочевых и полукочевых курдских и туркменских племен, специально расселенных в районах проживания армян для военно-полицейского и прочего надзора над ними. Периодически проводился набор армянских (и других христианских) младенцев с целью воспитания из них верных султану янычар, ничего не знавших и не помнящих о своей родине и культуре, своем языке и происхождении. Кроме этого, османы проводили систематически политику ассимиляции армян, т. е. их насильственной тюркизации и исламизации.