Непредсказуемые события за Уралом, как и в 1918г., грозили отрывом Сибири от остальной России, открытием восточного фронта и новым витком крупномасштабной гражданской войны. Тревожные сообщения о росте повстанческого движения в Тамбовской губернии, мощное восстание в Западной Сибири, все это на фоне непрекращающихся крестьянских выступлений на Украине, в Поволжье и других регионах, заставило большевиков срочно начать поиски выхода из создавшегося положения. Хотя задолго до этого некоторые большевики – Л. Троцкий, Ю.Ларин и другие предлагали упразднить разверстку, установить натуральный налог, а остальное получать от крестьян путем свободного обмена, но только в феврале 1921г. Ленину и его ближайшим соратникам стало ясно, что дальнейшее осуществление политики «военного коммунизма» ведет к пропасти. В короткий срок решение о замене продразверстки продналогом было разработано, обсуждено и принято Х съездом РКП (б).
Но для начала коммунистам необходимо было ликвидировать Западно-Сибирский мятеж. Для руководства ликвидацией восстания 12 февраля 1921 создается полномочная тройка в составе председателя Сибревкома и Сиббюро ЦК РКП(б) И.Н.Смирнова, пред. Сибирской ЧК И.П. Павлунского и пом. Главкома Вооруженными Силами республики, бывшего командующего фронтом В.И.Шорина, имевшего опыт подавления народного восстания в Ижевско-Воткинском районе осенью 1918 года. Обладая всей полнотой власти на территории, охваченной восстанием, они обязывались подавить его в кратчайшие сроки. Полномочная тройка приняла в первую очередь ряд мер военного характера для мобилизации имевшихся в ее распоряжении сил.
На территории Зауралья вводилось военное положение. На основе мобилизации членов партии и комсомольцев создавались коммунистические отряды. В распоряжение полномочной тройки были переданы ч. 21-й, 26-й, 28-й и 29-й див., отд. кавалерийская бригада, 209-й полк 23-й СД, Казанский и Симбирский с.п., еще 2 отд. кавалерийских полка, 6 запасных батальонов, батальон инструкторских курсов всеобуча, Вятские пехотные курсы, бронепоезда, бронепароходы, артиллерия, 249-й, 250-й, 255-й полки внутренней службы (СЧОН), Тюменская школа комсостава, 6-й запасной пулеметный батальон[60].
Война с восставшими крестьянами велась по всем правилам военного искусства и классовой борьбы. Приказом Сибревкома от 12 февраля ответственность за сохранение железных дорог возлагалась на жителей прилегающих к линии населенных пунктов, из числа которых берутся заложники, которые расстреливаются в случае появления крестьянских отрядов в данной местности. Расстреливаются также те, кто дают приют «бандитам». Большое впечатление на крестьян произвел приказ Полномочной комиссии ВЦИК № 171 от 11 июня 1921г., который вводил расстрелы заложников в "бандитских" селах до полного подчинения и выдачи "бандитов" и активного участия против "бандитизма". Лица, предоставляющие приют семьям бандитов, этим приказом были приравнены к укрывателям банд со всеми вытекающими отсюда последствиями.
Во исполнение этого приказа в сибирских губерниях, охваченных восстаниям, были разосланы специальные инструкции ВЧК по Сибири. Так, 14 февраля Кокчетавская Тройка получила от председателя Омского губчека Гузанова инструкцию представительства ВЧК Сибири за № 3915 «О применении высшей меры наказания в районах, охваченных восстанием», в которой указывалось, что «… расстрелу подлежат: первое, руководители движения; второе, занимающие командные должности в отрядах повстанцев; третье, взятые в плен и освобожденные, в случае если они вторично попали в плен в боях с Советскими войсками; четвертое, не сдавшие огнестрельного оружия, после того как был опубликован приказ о сдаче такового; пятое, уличенные в поджоге, порче железнодорожных служб, в отношении которых установлена их связь с повстанцами и помощь повстанцам, в чем бы она не выражалась…»[61].
Методы подавления крестьянского восстания, особенно приказ № 171 вызвали протест даже в высших слоях большевистского руководства. 18 июля приказ был отменен. Однако, как свидетельствуют документы, и в дальнейшем - вплоть до глубокой осени 1921 г. - применялись и расстрелы за неповиновение, и артиллерийские обстрелы, и даже газовые атаки мест скопления вооруженных сил повстанцев.
Для удобства управления войсками район восстания был разбит на три участка: Северный (Ишимский), Южный (Петропавловский), и Западный (Камышловско-Шадринский). Подошедшие на помощь дополнительные войска, имевшие опыт борьбы с повстанцами на Алтае и в Поволжье остановили продвижение повстанцев в южных районах западной Сибири и в середине февраля 1921г., используя бронепоезда и артиллерию, нанесли встречные удары вдоль линий железных дорог со стороны Урала и Омска. На северной линии хорошо укрепленными оказались станции и особенно село Голышманово. Три тысячи крестьян под руководством перешедших на их сторону инженеров 33-го полестро (полевое строительство) соорудили мощные оборонительные рубежи и сражались в течение двух недель. После того, как прибывшие в качестве подкрепления 232 и 253 полки 21 дивизии зашли в тыл повстанцам, защитники оставили село и отошли на север. Вместе с ними ушло и все трудоспособное население. Первые серьезные столкновения показали, полномочной тройке, что легких боев со слабо вооруженным, но ожесточившимся противником не будет.
24 февраля части Красной армии, двигавшиеся навстречу друг другу по северной магистрали, соединились на станции Вагай. В начале марта было восстановлено движение поездов по южной ветке. В результате этих операций одна из крупнейших группировок – Ишимско-Петропавловская, насчитывавшая более 20 тысяч повстанцев, оказалась в окружении вместе со штабом «Сибирского фронта». Среди попавших в ловушку деморализованных повстанцев начались столкновения. В одном из них погиб «главком» повстанцев В.А.Родин. Отбиваясь от наседавшего противника, повстанцы создали несколько укрепленных рубежей, одновременно пытаясь вырваться из кольца. Дважды, 8 и 17 марта, значительные силы их, прорвав линию фронта на западе в районе с. Армизонского, уходили в Ялуторовский и Курганский уезды. В третий раз они попытались прорваться 18 марта в южном направлении, с целью соединиться с казачьей дивизией С. Токарева. На сей раз, план не удался, немногие ушли в казацкие станицы, большинство погибло или попало в плен.
В начале марта красноармейцы наступали от Петропавловска на юг, вверх по реке Ишим. В бою у станицы Явленка повстанцы в количестве до трех тысяч человек, оказали упорное сопротивление, но остановить противника им не удалось. 5 марта после двухчасового боя они оставили город Кокчетав. Отступить на юг к г. Атбасару не было возможности, т.к. южнее станицы Сандыктав путь оказался закрыт красноармейцами. 9 марта произошел решительный бой. Станица сгорела. Повстанцы, видя бесперспективность сражения, изменили направление движения с южного, на восточное, в сторону Павлодара. Дальнейшее продвижение частей Красной армии привело к ликвидации угрозы захвата повстанцами Акмолинска. 17 марта потерпела поражение отступавшая из района Петропавловска «Сибирская кавалерийская дивизия» С. Токарева. Остатки казаков с присоединившимися отрядами кокчетавских и акмолинских повстанцев, общей численностью две тысячи бойцов, бежали на восток к китайской границе. В середине мая, достигнув китайской границы, ушли за кордон.
В то время, когда Красная армия вела наступление южнее транссибирской магистрали, на севере Западной Сибири коммунистические отряды продолжали отступать. Повстанцы, используя численное превосходство и поддержку населения, шаг за шагом продвигались, занимая территорию к северу от Тобольска. Попытки руководства Березовского и Сургутских уездов объединенными силами остановить «партизан» успеха не имели. 8 марта повстанцы заняли крупное село Самарово (ныне Ханты-Мансийск). 9 марта пал Сургут. 21 марта - Березово, 1 апреля – Обдорск (ныне Салехард).
Южнее Тобольска «партизаны» в марте 1921г. вели оборонительные бои, в районе с. Ярково, на тюменско-тобольском тракте. Под влиянием неудач и агитации повстанцев, наступавший по тракту Казанский полк Красной армии оказался небоеспособным. Красноармейцы не горели желанием воевать с восставшими крестьянами. Первая и вторая роты перешли на сторону повстанцев с полным вооружением, а не решившиеся уйти четвертая и пятая роты «занялись самострелами в руки». Неудачно действовали и части ВНУС (внутренней службы), пытавшиеся наступать с запада вдоль реки Тавды и топтавшиеся на одном месте.
После окружения Петропавловской группировки советское командование сконцентрировало войска на севере Ишимского уезда для нанесения удара в направлении на Тобольск с юга. В начале марта развернулись упорные бои за крупное село Аромашево. В течение недели оно несколько раз переходило из рук в руки. И только 10 марта, после того, как повстанцы отвели свои главные силы к д. Малиновка, красноармейцы заняли его. Через три дня была занята и Малиновка, после чего наступавшие части разделились на две группы: одна группа наступала по Ишимско-Тобольскому тракту, а другая продвигалась параллельно, западнее реки Вагай. С востока вниз по Иртышу им на помощь двигались тобольско-тарские коммунистические отряды. В начале апреля наступавшие с юга красноармейцы, не дожидаясь, когда вскроется Иртыш и повстанцы смогут воспользоваться речным флотом, перешли реку и, объединившись с Тобольско-тарскими отрядом, подошли к «партизанской» столице.
На Тюменско-Тобольском направлении в это время положение также стало меняться. Приказом Шорина деморализованный Казанский полк заменили 187 и 189 полками 63 бригады 21 стрелковой дивизии. Два батальона 647 полка усилили отряды, действовавшие по реке Тавде. С подходом свежих частей Красной армии они активизировались. Повстанцы стали медленно отходить к Тобольску. Катастрофа произошла 6 апреля, когда внезапно для оборонявшихся, части 232 полка, наступавшие с юга, изменив направление движения, зашли в тыл Народной армии на Тюменско-Тобольском направлении и отрезали путь к отступлению по тракту. Оказавшись в полукольце, повстанцы под руководством командующего юго-западным фронтом Данилова вынуждены были оставить позиции и с боями по бездорожью отходить на север, минуя Тобольск.