При жизни Федора Борису удавалось добиться повиновения от высшей знати, но после смерти царя бояре перестали скрывать неприязнь к временщику. Аристократия и слышать не хотела о передаче ему короны. Развернулась борьба за престол, претендентами в которой были и Шуйские, и Мстиславский, и Романовы. Эта борьба расколола Боярскую думу. Борис был вынужден покинуть Кремль и укрыться в Новодевичьем монастыре, оставив в качестве доверенного лица патриарха Иова. Однако Иов не обладал качествами необходимыми для защиты интересов Бориса, а бегство Годунова свидетельствовало о его поражении на первом этапе избирательной борьбы.
17 февраля истекло время траура по Федору, и Москва приступила к выборам нового царя. Иов собрал совещание сторонников Бориса, которое приняло решение о его избрании. Оппозиция тоже не теряла времени и после длительных прений обратилась к народу с воззванием присягнуть думе. Отказавшись признать права Бориса на престол, бояре никак не могли преодолеть собственные разногласия – это обессилило думу. В ходе борьбы наступил критический момент. Решение Земского собора об избрании Бориса не могло считаться законным, потому что не было признано Боярской думой, но и предложение думы об учреждении боярского правительства тоже не прошло. Вопрос о престолонаследии был перенесен из думных палат на площадь. В ход пускали все возможные средства – от агитации до подкупа.
Расторопнее оказался Земский собор. 20 февраля ему удалось организовать шествие в Новодевичий монастырь. Борис, выслушав моления о принятии престола, отвечал отказом и, кроме того, распустил слух о своем уходе в монастырь. Настроение в столице стало меняться. Патриарх и члены собора постарались использовать наметившийся успех и с удвоенной силой взялись за подготовку новой манифестации. Церковь пустила в ход весь свой авторитет. Борис наконец смог пожать плоды многодневных усилий. Он великодушно согласился принять корону и, не теряя времени, Иов повел правителя в ближайший монастырь и нарек его на царство. 26 февраля Борис возвратился в Москву. Но он не мог принять венец без присяги боярской думы, а знать не спешила с выражением верноподданнических чувств. Это вынудило правителя вторично удалиться из столицы в Новодевичий монастырь. Но неудача не смутила Бориса, число его сторонников росло.
В течение марта Борис оставался в монастыре, боясь спровоцировать оппозицию на открытое выступление, и лишь изредка приезжая в Москву. Чтобы облегчить ему возвращение в Кремль, его приверженцы организовали третье по счету шествие в Новодевичий монастырь. Присяга Боярской думы была заменена приказом постриженной царицы Ирины, и 1 апреля Годунов во второй раз торжественно въехал в Москву. Однако здесь снова активизировалась оппозиция во главе с Богданом Бельским. Она решила посадить на трон крещеного татарского хана Симеона. Это грозило разрушить все старания Бориса. Он не осмелился на санкции против думы, но постарался помешать ей под предлогом опасности татарского вторжения и возглавил Серпуховский поход, который стал решающий этапом избрания Бориса.
Иов готовился к возвращению правителя. 1 сентября было организовано четвертое шествие в Новодевичий монастырь. Борис согласился царствовать. Два дня спустя Годунов короновался в Успенском соборе Кремля.
Борису Годунову удалось преодолеть многовековое господство боярской аристократии и традиции. Избегнув кровопролития и найдя опору в дворянской массе и среди столичного населения, Борис сломил сопротивление знати и стал первым «выборным» царем.