Селяни не мирилися з своїм важким соціально-економічним становищем. Найбільш поширеною формою протесту були втечі і повстання. Жителі Хмільника та навколишніх сіл брали участь у селянсько-козацьких повстаннях на чолі з Северином Наливайком (1594–1596 рр.) та Павляком (Павлом Бутом) 1637 року[20]. Про участь селян Кутів, Клітищ у інших повстаннях – Косинського, Сулими, Остреничі не відомо, хоча можна припускати, що в загонах цих ватажків також були селяни цих сіл.
В першій половині XVII ст. відбувається різке посилення феодально-кріпосного гніту на українських землях. Так званий період «Золотого спокою» після 1638 року дав шляхті впевненість у своїй силі. Панщина дуже часто сягала 4–5 днів на тиждень. Досить поширеним явищем серед магнатів була здача своїх земель у користування євреям-орендарям. Останні намагалися за період оренди вижати з маєтку максимум прибутку, доводячи панщину і повинності до межі неможливого. Продовжують загострюватися релігійні і національні стосунки, утиски православної віри існували повсюдно, незважаючи на офіційні гарантії 1632 р. Скасування так званою «Ординацією» значної частини козацьких привілеїв викликало як серед реєстрових, так і серед нереєстрових козаків гостре невдоволення. Всі групи населення України були невдоволені іноземним пануванням і чекали слушної нагоди скинути ярмо. Вона з’явилась 1648 р. під назвою – Визвольна революція під проводом Богдана Хмельницького.
Хто був власником Кутів і Клітища в роки Визвольної революції невідомо, можливо ті ж самі власники – Король і Клітинські. Про те, що відбувалося в період війни у селах невідомо, але те, що вони знаходились не осторонь боротьби не викликає сумніву.
Для організації народних мас Богдан хмельницький розсилає по Україні козацькі полки М. Кривоноса, Небаби, Нечая та інших. На Поділля рушив полковник Максим Кривоніс. В 20-х числах травня 1648 р. Кривоніс в районі Погребища ввійшов на подільську землю. Його прихід сприяв патріотичному піднесенню народних мас.
Після перемог на р. Жовті Води, біля м. Корсуня і на р. Пиляві увесь український народ піднявся проти ворогів ще з більшою силою. 15 червня 1649 р. в Хмільнику і в навколишніх селах побував зі своїми загонами Б. Хмельницький. Перед цим у Хмільницькому старостві був створений повстанський загін, приєднався до військ Б. Хмельницького. Підписання в серпні 1649 р. під Зборовом умов миру Б. Хмельницького з поляками важко вдарило по визвольній боротьбі, але народ з цим не змирився. За миром козацька територія складалась з Київського, Чернігівського і Брацлавського воєводств, на цій території влада належала виборним козацьким структурам. Польське військо не могло стояти в цих воєводствах, тут не мали права проживати католики та євреї. Цей мир не задовольнив обидві сторони і вони почали ладитись до нової боротьби.
10 лютого 1651 р. нападом на містечко Красне розпочалася знову українсько-польська війна. В квітні 1651 р. козацьке військо на чолі з Б. Хмельницьким прибуло на Поділля, під Хмільник. Звідси він повів військо проти головних королівських військ. На боці Хмельницького виступив кримський хан Іслам-Гірей. Бої між польським та українським військом розпочалися під Берестечком 18 червня. Відступ татарських загонів з поля бою обернувся для козаків і гетьмана трагедією. Король Ян Казимир розраховував остаточно підкорити Україну. Це принесло б відновлення гноблення. «Волимо головами полягти, ніж панам бути покірними. Хоч Хмельницький програв, ми можемо виграти!» – заявляли подільські селяни[21]. Між Дністром і Бугом розгорнувся потужний селянський рух, який очолив полковник Іван Богун. І. Богун і Й. Глух розпочали формування козацьких загонів на сході Брацлавщини, які згодом прибули до козацького табору під Білою Церквою.
Але після поразки під Берестечком становище козацького війська ускладнилось. Новий Білоцерківський договір обмежував козацьку територію лише Київським воєводством. На Брацлавщині розташувались польські окупаційні війська, поверталися старі власники земель. Народний опір козацькій сваволі наростав. Розпочалося масове залишення селянами і міщанами своїх домівок, і переселення їх на козацьку територію Київського воєводства і до Молдови. Козацько-польська війна ставала неминучою.
Хмельницький вирушив з своїм військом з-під Чигирина на Поділля. 22 травня 1652 р. перед польським табором під Батогом з’явились козацькі полки. Наступного дня поляків було вщент розбито. Блискуча перемога викликала масове повстання на Поділлі. Гетьман наказав полковнику О. Гоголю очистити його від польської шляхти[22]. В лютому 1653 року польсько-шляхетські хоругви почали нападати на Брацлавщину, а в середині березня в її північно-східні райони вторглося 8-тисячне військо під керівництвом С. Чарнецького та С. Маховського. Було знищено десятки сіл і міст (Погребище, Хмільник, Самгородок, Немирів, Прилуки). Лише після поразки, завданої ворогу під Монастирищем, вони поспішно залишили подільську землю[23]. У вересні 1953 р. Б. Хмельницький знову на Поділлі. Бої в листопаді цього ж року з поляками біля р. Жванчика завершились поверненням до Переяслава через Сатанів, Городок, Чигирин через нову зраду кримського хана. 8 січня 1654 р. у Переяславі було підписано політичний акт возз’єднання України з Московщиною. Цим завершено основні діяння Б. Хмельницького і царизм розпочав перетворення України в колонію.
Після Переяславської угоди козацько-польська війна продовжується далі, але час її піднесення уже пройшов. Московські війська хоча і влили свіжу кров у козацьке військо, але воно уже не те, що в 1648 р. чи в 1651 р. Смерть Б. Хмельницького в 1657 році розпочала міжусобиці між новим гетьманом І. Виговським і козацькою старшиною. В 1659 р. під Хмільником, де перебував І. Виговський відбулась битва боярина Василія Борисовича Шереметьєва з Виговським. Наслідком її були великі пожарища і руйнування, народ масово залишав всі поселення в цілому Хмільницькому старостві[24]. Подальші міжусобиці не сприяли політичному об’єднанню України. ЇЇ роздирали і свої, і чужі. Те ж саме робилося і на Поділлі.
Укладений на початку 1667 р. між Московщиною і Річчю Посполитою Андрусівський мир передбачав перехід під владу Польщі Правобережної України за винятком Києва. Договір сприяв тому, що влітку 1667 р. татарська орда завдала великих збитків усьому Поділлю під час сумісних походів з гетьманом Правобережжя П. Дорошенком проти Польщі. З іншого боку подоляни потерпають від Польщі, її гетьманів та маршалків.
Підписаний в 1672 р. Бучацький договір передавав територію Поділля у володіння турків. В цьому ж році Хмільник на 27 років захопили турки. Однак подоляни не примирилися з новим завоюванням, хоча воно відбувалося і з патріотичних міркувань під егідою Дорошенка. Вони розпочали важливу і довготривалу боротьбу за визволення. Народні маси починали втрачати довіру в Дорошенка і його політику, домагаючись російської протекції. Значна частина селян, міщан і козаків Брацлавщини переселялася на Лівобережжя. Кили в лютому на Правобережжі з’явилися московські і козацькі полки під проводом Г. Ромодановського і І. Самойловича, то на початку вересня на вірність Москві присягли в Корсуні брацлавський, кальницький і подільський полки. Міста і села Брацлавщини також присягли на вірність московському уряду. Незважаючи на прихід сил з Лівобережжя всі міста між Бугом і Дністром були захоплені і знищені турками. Військові дії між поляками на чолі з королем Я. Собацьким і турками завершилися підписанн[25]ям і жовтні 1676 році Журавненського договору, який передбачив залишення за Туреччиною Поділля. У 1681 році між Московщиною, Портою і Кримським ханством було укладено умови Бахчисарайського договору за яким землі між Бугом і Дніпром мали залишатися незаселеними. Іван Луканов, мандруючи до Палестини через ці землі писав: «И походом в степь глубокую и быть там ше тужное жествие печально и уныливо дальше во видие ни града ни села. Пустыня велика и зверей ништожество». Найбільш жорстокої окупації від турецької агресії зазнали міста Хмільник, Бар, Менджибіж[26]. Тому можна припустити з цих відомостей, як було на території сіл Кути і Клітища.
Польща не вважала себе зв’язаною щодо Правобережної України ніяким договором і почала наново її заселювати. Ян Собеський, розпочавши в 1683 р. нову війну з турками почував потребу у козацькому війську і заходився наново колонізувати «свої» землі. По давньому звичаю країну поділено на полки, на чолі яких поставили полковників, які й почали закликати людей на нові поселення, які здебільшого будувалися на руїнах колишніх поселень. Поселенці посунули звідусіль – Волині, Полісся, Лівобережжя, і за короткий час Правобережна Україна почала оживати. Але, як тільки край залюднився, польські пани почали пред’являти претензії на свої давно втрачені маєтки. Та люди і не думали коритися панам. Брацлавський полковник А. Абозин, що отримав право керувати поселенням від Сейму у 1685 р., підтримував селянські протести. Селяни хотіли працювати і спокійно жити, і намагання колишніх панів захопити відроджені землі викликали у селян активний опір.
Весною 1686 р. між Москвою і Варшавою було укладено «вічний мир», що передбачав залишення за Річчю Посполитою Правобережної України, її мало відійти також, у разі визволення від турків, Поділля. Селяни після 1685 р. мали здавати повинності у продуктах. Товарообміну майже не було, гроші на Брацлавщині стають рідкістю. У 1689 р. між Портою і Польщею був підписаний Карловицький договір. Польща згідно нього отримувала Правобережжя, включаючи і Поділля. Цього ж року турки покидають Хмільник і він стає центром староства в Речі Посполитій.
На землі звільнені турками помалу повертається життя, почалася колонізація Польщею «нових» земель Поділля, що було схоже на колонізацію пустині. Приходила наново та сама українська людність з Лівобережжя, Волині, Галичини, Полісся, вертались утікачі і заселяли знову колишні міста, містечка, селища і села. Але розташовуючись на старих попелищах, народ шукав вільного життя, вільної праці, та слідом за ним йшли польські пани й знову починали заводити своє панське право. Через це знову починалася боротьба, виступала нова козаччина, і край не міг діждатися мирного спокійного життя. Само собою розуміється, що при таких обставинах важко було розвиватися культурі і освіті. Все, що зведено за старих часів і під час коротких років затишку, знесено, культурне українське життя пересунулося за Дніпро до Гетьманщини, де були сприятливіші умови для його розвитку.