Бело-сине-красный флаг, три полосы которого были перекрыты Андреевским крестом, и "шахматный" флаг с прямым синим крестом Пётр I присвоил столичному дворянству. Трёхцветный флаг с золотым орлом Пётр отдал Москве, которая стала первым городом России со своим флагом. Самый простой трёхполосный флаг царь перенёс на русский торговый флот, с надеждой на то, что он станет таким же сильным, как и военный.
20 января 1705 г. можно считать днём рождения будущего русского государственного флага. В этот день был издан указ о том, что русские морские и речные корабли должны иметь полосатый, без орла флаг "трёх колеров" — белого, синего и красного. Пётр никогда не менял порядок полос. Белая — почётная, "благородная и царствующая", всегда оставалась наверху, красная полоса была нижней.
В 1701 г. новый личный царский штандарт сменил бело-сине-красный "флаг царя Московского". На нём был изображён чёрный орёл на жёлтом фоне. Орёл как герб Российской империи имел три короны: две королевские и одну империальную с изображением святого Георгия с драконом. Царский штандарт символизировал императора и Российскую империю. Вплоть до 1917 г. его поднимали везде, где появлялся монарх. При подъёме на мачту корабля или над крепостью "знамени русского императора" ему полагался полный императорский салют.
Пётр I вместе с преобразованиями в стране обновил и государственную символику. В созданных им русских флагах были своеобразным образом зашифрованы основные идеи его правления. Бело-сине-красный флаг символизировал превращение России в сильную морскую державу. Золотой штандарт — это преобразование России в империю. А Российский гюйс с крестом и Андреевский флаг утверждали Россию как христианское государство.
Во время царствования Петра I триколор был и государственным, и боевым знаменем. Заслуга Петра состоит в том, что он впервые определил точное расположение трёх полос флага и всячески пытался повысить его популярность в народе. Даже наряд супруги царя Екатерины Алексеевны на церемонии её коронации 7 мая 1724 г. был выдержан в бело-сине-красных цветах.
При этом собственно государственного флага у России не было до середины XIX в. Бело-сине-красный флаг всё это время оставался коммерческим флагом.
В начале XIX в. в русской армии стали утверждаться цвета императорского штандарта и герба — чёрный и оранжевый, которые позднее вошли в цвета императорского флага.
На Большом государственном гербе 1800 г. были изображены два развевающихся жёлтых императорских штандарта с чёрными двуглавым и одноглавым орлами. Представители династии Романовых всё германское считали родственным. Александр I утвердил кокарду и офицерские шарфы черно-оранжево-белого цвета.
В большинстве европейских стран, наоборот, национальные цвета были определены. Русский национальный флаг знали лучше за рубежом, чем в самой России.
Когда эскадра Д.И. Сенявина вошла в Адриатику в 1806 г., черногорцы подняли бело-сине-красные знамёна антитурецкого восстания. В Париже в 1812 г. русские войска были встречены бело-сине-красными флагами, которые парижане считали русским. В Берлине же Александра I встретили чёрно-жёлто-белыми флагами. Постепенно это сочетание стало привычным и уважаемым в армии. Новые цвета потеснили петровские и стали обретать роль государственных, но в конечном итоге это не стало окончательным выбором. Бело-сине-красный флаг оставался исторической реликвией, часто связываемой с именем Петра I.
Во время войн вражеским знамёнам противопоставлялся не бело-сине-красный флаг или золотой императорский штандарт, а крестовые боевые знамёна и символ православия — восьмиконечный русский крест. Трёхцветный флаг не мог соперничать с Андреевским военно-морским, слава которого гремела по всем морям и даже океанам. Во время государственных праздников и коронаций всеобщую гордость и торжественность создавали не трёхцветные флаги, а фейерверки, салюты, колокольные звоны.
Роль государственных флагов в международной политической жизни постепенно становится всё более заметной. В Российской империи обычай вывешивания флагов был больше распространён на западе страны, чем на востоке: в Прибалтике и Польше флаги использовались шире, чем в Поволжье и Сибири. Но со второй половины XIX в. этот обычай стал проникать и на восток страны.
В августе 1856 г. при коронационном въезде Александра II в Москву фасады домов и балконы были украшены флагами национальных цветов. Таким образом, торговый флаг в XIX в. постепенно поднимался на уровень государственного. На протяжении второй половины XIX в. велись споры, какой же флаг считать национальным: бело-сине-красный или чёрно-жёлто-белый. Складывалась ситуация, когда великая держава, каковой являлась Россия, не имела своего государственного флага, а только герб и гимн. При заключении Парижского мирного договора 1856 г. был вывешен торговый флаг России.
Указом Александра II в 1858 г. был введён флаг, состоящий из чёрной, оранжевой (жёлтой или золотой) и белой полос, восходящих к цветам герба и к армейской линии государственной символики. Разработчиком флага был Б. Кёне, поклонник немецкой геральдики. Объяснение выбора такого флага содержится в тексте указа:
"Описание Высочайше утверждённого рисунка расположения гербовых цветов Империи на знамёнах, флагах и других предметах, употребляемых для украшения при торжественных случаях. Расположение сих цветов горизонтальное, верхняя полоса чёрная, средняя жёлтая (или золотая), а нижняя белая (или серебряная). Первые полосы соответствуют чёрному государственному орлу в жёлтом или золотом поле и кокарда из сих двух цветов была основана Императором Павлом I, между тем как знамёна и другие украшения из сих цветов употреблялись уже во время Императрицы Анны Иоанновны. Нижняя полоса белая или серебряная соответствует кокарде Петра Великого и Императрицы Екатерины И; Император же Александр II, после взятия Парижа в 1814 г., соединил правильную гербовую кокарду с древнею Петра Великого, которая соответствует белому или серебряному всаднику (святому Георгию) в Московском гербе".
Принятие черно-оранжево-белого государственного флага оказалось неудачным. Во-первых, он противопоставлялся торговому флагу, который не был отменён, а, во-вторых, его ориентация на германскую символику ослабила влияние России среди славянских народов. К тому же новый флаг выглядел тяжеловесно: верхняя чёрная полоса подавляла две нижние.
Официально установленный флаг населению был известен ещё меньше, чем бело-сине-красный, который народ видел на ярмарках и выставках. К тому же его нередко вешали белой, а не чёрной полосой вверх. Многие вообще не воспринимали этот флаг и называли его "будка" — по окраске караульных будок.
Внутри страны были строгие правила вывешивания обоих флагов. В торжественных случаях чёрно-жёлто-белые флаги можно было поднимать над правительственными учреждениями, а бело-сине-красные — на гражданских судах и частных постройках. К тому же бело-сине-красных цветов были флаги речных пароходств, таможни, судов, ведомства путей сообщения.
С 1870—1880 гг. в России осознали значение государственных флагов. Их стали выставлять при пуске новых заводов, железных дорог. Бело-сине-красный флаг стал украшением в городах и деревнях во время праздников. Этими флагами был окружён памятник Пушкину в Москве на Тверском бульваре в день рождения поэта 6 июня 1880 г. На Всероссийской художественно-промышленной выставке в Москве в 1882 г. павильоны были украшены как чёрно-жёлто-белым цветом, так и бело-сине-красным. Дороги, по которым проезжал император днём, украшались флагами, а ночью — кострами и иллюминацией. Как официально государственный, чёрно-жёлто-белый флаг просуществовал только 25 лет.
Вопрос о флаге был официально решён Александром III. Его правление было национальным по духу.
В апреле 1883 г. перед коронацией Александр III отдал предпочтение старому петровскому "торговому" флагу, а не чёрно-жёлто-белому. В мае 1883 г. он "Повелением о флагах для украшения зданий в торжественных случаях" распорядился использовать исключительно "русский флаг, состоящий из трёх полос, верхней — белого, средней — синего, нижней — красного цветов".
В свою очередь, чёрно-жёлто-белое знамя стало считаться династическим. Эти цвета по-прежнему оставались господствующими в ряде армейских полков. Чёрно-оранжевая Георгиевская лента на ордене также осталась неизменной. Медали в память 300-летия Дома Романовых подвешивались на романовских ленточках, и ни одна награда не подвешивалась на ленточках бело-сине-красного цвета.
Но новый флаг, утверждённый императором как государственный символ, не получил в обществе никакого отклика, в отличие от Франции и Германии, где смена флагов вызвала отчаянное общественное сопротивление.
К вопросу о национальных цветах в России возвращались ещё не раз. В марте 1896 г. при Министерстве юстиции стало работать Особое совещание под председательством адмирала К.Н. Посьета. Оно должно было окончательно решить вопрос о том, какой флаг следует признать "народным", т. е. "национально-государственным". Традиции Петра I и русского флота победили. Совещание посчитало, что не немецкая геральдика, а народные цвета должны лежать в основе флага Российской империи. После нескольких заседаний было принято окончательное постановление о том, что "народным" для всей империи, включая Финляндию, по праву должен считаться бело-сине-красный флаг. Бело-жёлто-чёрные цвета взяли себе монархисты. А флаг этих цветов получил имя "романовского династического".