Последнее свидание Фауста и Маргариты — одна из самых трагических и проникновенных страниц мировой поэзии.
Испившая все беспредельное унижение публичного позора и страдания от совершенных ею грехов, Маргарита лишилась рассудка. Простоволосая, босая, она поёт в заточении детские песенки и вздрагивает от каждого шороха. При появлении Фауста она не узнает его и съёживается на подстилке. Он в отчаянье слушает её безумные речи. Она лепечет что-то о загубленном младенце, умоляет не вести её под топор. Фауст бросается перед девушкой на колени, зовёт её по имени, разбивает её цепи. Наконец она сознает, что перед нею Друг. «Ушам поверить я не смею, где он? Скорей к нему на шею! Скорей, скорей к нему на грудь! Сквозь мрак темницы неутешный, сквозь пламя адской тьмы кромешной, и улюлюканье и вой…»
Она не верит своему счастью, тому, что спасена. Фауст лихорадочно торопит её покинуть темницу и бежать. Но Маргарита медлит, жалобно просит приласкать её, упрекает, что он отвык от неё, «разучился целоваться»… Фауст снова теребит её и заклинает поспешить. Тогда девушка вдруг начинает вспоминать о своих смертных грехах — и безыскусная простота её слов заставляет Фауста холодеть от ужасного предчувствия. «Усыпила я до смерти мать, дочь свою утопила в пруду. Бог думал её нам на счастье дать, а дал на беду». Прерывая возражения Фауста, Маргарита переходит к последнему завету. Он, её желанный, должен обязательно остаться в живых, чтобы выкопать «лопатой три ямы на склоне дня: для матери, для брата и третью для меня. Мою копай сторонкой, невдалеке клади и приложи ребёнка тесней к моей груди». Маргариту опять начинают преследовать образы погибших по её вине — ей мерещится дрожащий младенец, которого она утопила, сонная мать на пригорке… Она говорит Фаусту, что нет хуже участи, чем «шататься с совестью больной», и отказывается покинуть темницу. Фауст порывается остаться с нею, но девушка гонит его. Появившийся в дверях Мефистофель торопит Фауста. Они покидают тюрьму, оставляя Маргариту одну. Перед уходом Мефистофель бросает, что Маргарита осуждена на муки как грешница. Однако голос свыше поправляет его: «Спасена». Предпочтя мученическую смерть, Божий суд и искреннее раскаяние побегу, девушка спасла свою душу. Она отказалась от услуг дьявола.
В начале второй части мы застаём Фауста, забывшегося на зелёном лугу в тревожном сне. Летучие лесные духи дарят покой и забвение его истерзанной угрызениями совести душе. Через некоторое время он просыпается исцелённый, наблюдая восход солнца. Его первые слова обращены к ослепительному светилу. Теперь Фауст понимает, что несоразмерность цели возможностям человека может уничтожить, как солнце, если смотреть на него в упор. Ему милей образ радуги, «которая игрою семицветной изменчивость возводит в постоянство». Обретя новые силы в единении с прекрасной природой, герой продолжает восхождение по крутой спирали опыта.
На этот раз Мефистофель приводит Фауста к императорскому двору. В государстве, куда они попали, царит разлад по причине оскудения казны. Никто не знает, как поправить дело, кроме Мефистофеля, выдавшего себя за шута. Искуситель развивает план пополнения денежных запасов, который вскоре блестяще реализует. Он пускает в обращение ценные бумаги, залогом которых объявлено содержание земных недр. Дьявол уверяет, что в земле множество золота, которое рано или поздно будет найдено, и это покроет стоимость бумаг. Одураченное население охотно покупает акции, «и деньги потекли из кошелька к виноторговцу, в лавку мясника. Полмира запило, и у портного другая половина шьёт обновы». Понятно, что горькие плоды аферы рано или поздно скажутся, но пока при дворе царит эйфория, устраивается бал, а Фауст как один из чародеев пользуется невиданным почётом.
Мефистофель вручает ему волшебный ключ, дающий возможность проникнуть в мир языческих богов и героев. Фауст приводит на бал к императору Париса и Елену, олицетворяющих мужскую и женскую красоту. Когда Елена появляется в зале, некоторые из присутствующих дам делают в её адрес критические замечания. «Стройна, крупна. А голова — мала… Нога несоразмерно тяжела…» Однако Фауст всем существом чувствует, что перед ним заветный в своём совершенстве духовный и эстетический идеал. Слепящую красоту Елены он сравнивает с хлынувшим потоком сиянья. «Как мир мне дорог, как впервые полон, влекущ, доподлинен, неизглаголан!» Однако его стремление удержать Елену не даёт результата. Образ расплывается и исчезает, раздаётся взрыв, Фауст падает наземь.
Теперь герой одержим идеей найти прекрасную Елену. Его ждёт долгий путь через толщи эпох. Этот путь пролегает через его бывшую рабочую мастерскую, куда перенесёт его в забытьи Мефистофель. Мы вновь встретимся с усердным Вагнером, дожидающимся возвращения учителя. На сей раз учёный педант занят созданьем в колбе искусственного человека, твёрдо полагая, что «прежнее детей прижитье — для нас нелепость, сданная в архив». На глазах усмехающегося Мефистофеля из колбы рождается Гомункул, страдающий от двойственности собственной природы.
Когда наконец упорный Фауст разыщет прекрасную Елену и соединится с нею и у них родится ребёнок, отмеченный гениальностью — Гете вложил в его образ черты Байрона, — контраст между этим прекрасным плодом живой любви и несчастным Гомункулом выявится с особой силой. Однако прекрасный Эвфорион, сын Фауста и Елены, недолго проживёт на земле. Его манят борьба и вызов стихиям. «Я не зритель посторонний, а участник битв земных», — заявляет он родителям. Он уносится ввысь и исчезает, оставляя в воздухе светящийся след. Елена обнимает на прощанье Фауста и замечает: «На мне сбывается реченье старое, что счастье с красотой не уживается…» В руках у Фауста остаются лишь её одежды — телесное исчезает, словно знаменуя преходящий характер абсолютной красоты.
Мефистофель в семимильных сапогах возвращает героя из гармоничной языческой античности в родное средневековье. Он предлагает Фаусту различные варианты того, как добиться славы и признания, однако тот отвергает их и рассказывает о собственном плане. С воздуха он заметил большой кусок суши, которую ежегодно затопляет морской прилив, лишая землю плодородия, Фаустом владеет идея построить плотину, чтобы «любой ценою у пучины кусок земли отвоевать». Мефистофель, однако, возражает, что пока надо помочь их знакомому императору, который после обмана с ценными бумагами, пожив немного всласть, оказался перед угрозой потери трона. Фауст и Мефистофель возглавляют военную операцию против врагов императора и одерживают блестящую победу.
Теперь Фауст жаждет приступить к осуществлению своего заветного замысла, однако ему мешает пустяк. На месте будущей плотины стоит хижина старых бедняков — Филемона и Бавкиды. Упрямые старики не желают поменять своё жилище, хотя Фауст и предложил им другой кров. Он в раздражённом нетерпении просит дьявола помочь справиться с упрямцами. В результате несчастную чету — а вместе с ними и заглянувшего к ним гостя-странника — постигает безжалостная расправа. Мефистофель со стражниками убивают гостя, старики умирают от потрясения, а хижина занимается пламенем от случайной искры. Испытывая в очередной раз горечь от непоправимости случившегося, Фауст восклицает: «Я мену предлагал со мной, а не насилье, не разбой. За глухоту к моим словам проклятье вам, проклятье вам!»
Он испытывает усталость. Он снова стар и чувствует, что жизнь опять подходит к концу. Все его стремленья сосредоточены теперь в достижении мечты о плотине. Его ждёт ещё один удар — Фауст слепнет. Его объемлет ночная тьма. Однако он различает стук лопат, движение, голоса. Им овладевает неистовая радость и энергия — он понимает, что заветная цель уже брезжит. Герой начинает отдавать лихорадочные команды: «Вставайте на работу дружным скопом! Рассыпьтесь цепью, где я укажу. Кирки, лопаты, тачки землекопам! Выравнивайте вал по чертежу!»
Незрячему Фаусту невдомёк, что Мефистофель сыграл с ним коварную штуку. Вокруг Фауста копошатся в земле не строители, а лемуры, злые духи. По указке дьявола они роют Фаусту могилу. Герой между тем исполнен счастья. В душевном порыве он произносит последний свой монолог, где концентрирует обретённый на трагическом пути познания опыт. Теперь он понимает, что не власть, не богатство, не слава, даже не обладание самой прекрасной на земле женщиной дарует подлинно высший миг существования. Только общее деяние, одинаково нужное всем и осознанное каждым, может придать жизни высшую полноту. Так протягивается смысловой мост к открытию, сделанному Фаустом ещё до встречи с Мефистофелем: «В начале было дело». Он понимает, «лишь тот, кем бой за жизнь изведан, жизнь и свободу заслужил». Фауст произносит сокровенные слова о том, что он переживает свой высший миг и что «народ свободный на земле свободной» представляется ему такой грандиозной картиной, что он мог бы остановить это мгновение. Немедленно жизнь его прекращается. Он падает навзничь. Мефистофель предвкушает момент, когда по праву завладеет его душой. Но в последнюю минуту ангелы уносят душу Фауста прямо перед носом дьявола. Впервые Мефистофелю изменяет самообладание, он неистовствует и проклинает сам себя.
Душа Фауста спасена, а значит, его жизнь в конечном счёте оправдана. За гранью земного существования его душа встречается с душой Гретхен, которая становится его проводником в ином мире.
…Гете закончил «Фауста» перед самой смертью. «Образуясь, как облако», по словам писателя, этот замысел сопровождал его всю жизнь.