Донна фауна нижньої течії Дніпра від м. Запоріжжя до м. Нікополя (вище підтопу Каховського водосховища) входить до складу чотирьох типів біоценозів: псамморефильних, пелореофильних, літореофильних і фитореофельних; перші два являються пануючими. Біомасу фауни піщаних ґрунтів склали три групи тварин: олігохети, молюски і личинки тендипедид. Максимальна чисельність фауни піщаного дна – 2 280 екз/м, біомаса – 16,944 г./м2.
Спорудження Каховської греблі і утворення водосховища дуже позначилося на зміні якісного складу і численного розвитку даної фауни. Замість господарюючих псамморефильних біоценозів нижньої течії Дніпра почали формуватися доволі багаті пеле – (рео) – фільні та фіто – (рео) – фільнібіоценози водосховища.
Спорудження Каховської греблі вносить глибокі зміни в рибне господарство і рибну промисловість нижнього Дніпра як у відношенні якісного і кількісного складу промислових уловів, так і в організаційних рибоводних та риболовних закладах.
Розташована менш ніж у 100 км від гирла Дніпра, гребля зупиняє доступ до нерестовищ прохідних риб: оселедців, осетра, білуги і севрюги, а також в значній мірі й напівпрохідних риб: тарані, чехоні, ляща, судака й рибця (особливо перших двох). В цьому відношенні вплив Каховської греблі на і якій мірі не може ототожнюватися з впливом греблі Дніпрогесу, так як остання значно віддалена від Дніпровсько-Бугського лиману, який є місцем началу напівпрохідних риб, розташована вище основних нерестовищ перерахованих риб і не спричинила будь-якого помітного впливу на їх запаси.
Каховська гребля обумовлює перетворення значної частини нижнього.
Дніпра, на протязі 235 км, в величезне водосховище, ширина якою місцями досягає 20–23 км, а площа водної поверхні при нормальному підпірному горизонті на відмітці +15,0 становить 222000 га при об'ємі води 16,7 м. В маловодні роки річна витрата води водосховища виражається в зниженні рівня води з відміткою +15,0 до 10,5, що скорочує площу водного дзеркала до 150000 га, а об'єм води – до 6,5 км3.
Рибна продуктивність водойм визначається багатьма факторами; основними з них є умови розмноження риб та стан кормових ресурсів. Крім форми господарства (включаючи промисел) та флюктуацій, як зазначив Є.В. Боруцький (1961), одним з основних факторів, який визначає темп росту та кількість промислових риб, є забезпеченість поживою. Величина популяцій виду тим більша, чим більші кормові ресурси, які можуть бути використані видом.
Починаючи з 1958 р. умови для розмноження риб в Каховському водоймищі різко погіршилося. Скоротилася площа заростей вищої водної рослинності, в основному закінчилися процеси мінералізації затопленої лучної рослинності. Правда, рівень води в 1958 р. був надзвичайно великий (0,75 – 1,0 м вище рівня попередніх років), в результаті чого з'явилися нові затоплені площі, що сприяло кращому нерестові риб. Але разом з тим різкий підйом рівня води, що відбувався в період нересту (травень-червень), негативно відбивався на нормальній інкубації відкладеної ікри.
Каховське водоймище, як і багато інших, з третього року свого існування характеризується недостатністю нерестових площ для фітофільних риб та несприятливими умовами нересту через коливання рівня води. У зв'язку з цим треба було провести ряд меліоративних заходів, спрямованих на відтворення рибних запасів. Позитивне значення для формування іхтіофауни водоймища мали роботи Українського інституту рибного господарства.
Найбільшу потенціальну рибопродуктивність одержано для 1957 р. – 793,4 кг/га. Вона є характерною для удобрюваних ставків. Це цілком зрозуміло, бо в перші два роки ефект добрива від розкладання затопленої рослинності та вилугування грунтів у Каховському водоймищі був надзвичайно великий. У наступні два роки (1958–1959) потенціальна рибопродуктивність значно зменшилася: у 1958 р. вона становила 559,5 кг/га, а в 1959 р. – 301,3 кг/га. А промисловий лов риби у Каховському водоймищі почався в 1960 р. [4].
З утворенням Каховського водоймища почали відбуватися зміни в заростанні водоймищ нижньої течії Дніпра. Заростання Каховського водоймища відбувалося в два етапи. Перший етап – формування рослинності водоймища – зайняв період від початку затоплення до утворення водних заростей водоймища, і другий етап – період розвитку заростей водної рослинності в утвореному водоймищі.
Для першого етапу – періоду формування характерні наступні явища: відмирання наземної рослинності в результаті затоплення, вегетація раніше існуючої водної рослинності в умовах підвищення рівня в зв'язку з підтопленням, заселення водоймища водною рослинністю.
Відмирання наземної рослинності. Затоплення було негативним фактором в житті наземних рослин. Протяжність половоддя та висота полої води в низинах рік призвели до відбору незначної кількості видів, причому різні види реагували на затоплення неоднаково, що призвело до формування різноманітних рослинних угрупувань на різноманітних рівнях. При формуванні водоймища різноманітні рослинні угрупування та окремі види відмирали в різні терміни. Деревовидна та чагарникова рослинність не переносять тривалого затоплення, цим і пояснюється безлісся луків. Найбільш стійкі деякі види верб (Salix alba L., S. Amygdalina L), але і вони при затопленні водоймища відмерли у перші два роки. Рослинність високих та середніх луків, яка складалася з короткопойменних рослин, загинула в перший же вегетаційний сезон.
Як показали спостереження в поймі в період половоддя, підвищення рівня затримує розвиток водної рослинності. Спостереження Д.О. Свиренко [8] на озері Леніна в період затоплення показали, що водна рослинність відмерла в перший же рік підтоплення, хоч частина її вегетатувала в перший рік і загинула тільки на другий рік затоплення.
Спостереження, проведені на ряді побудованих водоймищ (Магнітогорське, Іваньковське, Шошенське, Рибінське та ін.), в тому числі і на Каховському, озері Леніна, показали, що заселення мілководних ділянок водною рослинністю відбувалося дуже швидко. Водна рослинністьз'явилася вже в перше літо після наповнення водоймища, особливо інтенсивно заростали впадаючі в нього мілководні затоки та балки. Та і на основному плесі водоймища, в його мілководних ділянках, особливо біля островів, водяна рослинність з'явилася вже в перший рік. В складі рослинності головну роль грали занурені рослини і серед них в першу чергу – звичайні для Дніпра види: рдести (пронизанолистний, гребінчатий, різнолистний, кучерявий, блискучий), роголистник занурений, уруть колосиста, гречка зеленоводна та інші.
Напівзанурені водні рослини в перший рік з'явилися на багатьох ділянках водоймища, але в його заростанні вони відіграли меншу роль. З напівзанурених з'явилися сусак зонтиковидний, очерет озерний, тростник, кілька видів рогози, стрілолист звичайний та інші [5].
Головним фактором, який визначає розповсюдження вищої водної рослинності в водоймищах уповільненого стоку, є глибина. На основі вивчення заростання великого числа озер і водоймищ Г.І. Долгов [4] приймає максимальну глибину зони заростання в водоймищах в 2 м. Заростання за межами вказаних кордонів, на глибину 3–4 м, носить випадковий характер, розповсюджуючись лише клинами та невеликими ділянками.
На основі даних по заростанню Каховського водоймища встановлено, що головну роль тут зіграли підводін рослини, звичайні для Дніпра: рдести, роголистники, уруть, підводні форми стрілолиста і сусака, а також напівзанурені рослини. Рослини з плаваючим листям розвинулися в деяких місцях як залишки існуючої водної рослинності.
Побудова Каховської греблі різко зменшила витрати Дніпра і сумарний стік нижче греблі. В середній по водності рік стік нижче греблі падає в квітні, в травні, в червні, і тільки в серпні зарегульований стік дорівнює незарегульованому стоку в цім місці. З побудовою греблі різко зменшилися весняні розливи на Дніпрі нижче греблі.
Як виявили спостереження по впливу половоддя на розвиток рослинності в заплаві, половоддя чинить затримуючий вплив на хід вегетації.В один і той же рік в залежності від висоти води на різних водоймах одні і ті ж види раніше починали вегетацію, в яких рівень і тривалість половоддя була меншою. Таким чином, зниження половоддя у зв'язку з побудовою Каховського водоймища зробило благотворну дію на розвиток рослинності. Збільшення зростання водоймища рослинністю значно погіршує його рибогосподарське значення [6].
Каховське водоймище, одне з найбільших не лише в Україні, а і в колишньому СРСР, має велике значення в рибопромисловості країни. У найближчі роки завдяки цілому ряду рибоводно-меліоративних заходів вилов риби в ньому повинен досягти до 100 тис. ц.
Проте у робітників рибної промисловості викликають тривогу випадки загибелі риби (сазана, ляща, судака та ін.), що мали місце у водоймищі. Так, у 1956 р. загибель риби була помічена на ділянці в 20 км від с. Велика Знаменна до с. Ушколка по східному березі середньої ділянки водоймища, від с. Гаврилівка до с. Мигове по західному березі та в інших місцях. Риба гинула від замору – відсутності достатньої кількості розчиненого у воді кисню.
В серпні 1960 р- в поверхневих шарах у зв'язку з цвітінням (при інтенсивному фотосинтезу) в штильову погоду спостерігалося перенасичення води киснем до 200% і більше. В придонних шарах у зв'язку з вживанням кисню на окислення органічних речовин свіжозалитої землі, орних угідь і рослинного покрову його вміст знижувався. Так, у серпні в поверхневих шарах вміст кисню коливався від 5 до 12 мг/л (65–135% насиченості), а в придонних – від 4 до 7 мг/л (40–75%).
Найбільш сприятливий кисневий режим спостерігався в верхній ділянці водосховища (на колишніх плавнях). В середній ділянці водосховища в придонних шарах вміст кисню не перевищував 60–65% насиченості, а на ділянці біля греблі – 45–50% (в поверхневих шарах коливалося від 80 до 105% насиченості).
Восени 1956 р. у зв'язку з інтенсивною вітровою діяльністю, вміст кисню став рівномірним по всій товщі води і майже на всіх ділянках водоймища досягав 75–85% насиченості [25, 26].