Правила особо ограничивали свободу деятельности уже провинившихся изданий, получивших третье предостережение, обязывая после их возобновления не позднее 11 часов вечера накануне выхода в свет очередного номера представлять его в цензуру. Редакторы должны были, по требованию министра, сообщать имена авторов статей, а цензоры получили право приостанавливать издания без возбуждения судебного преследования. Все это значительно усложняло деятельность печати, ограничив редакторов в выборе сотрудников и корреспондентов, сузив возможности оперативной публикации информации, что определяло популярность и жизнеспособность изданий. Распространение правил на все издания, арендуемые у правительственных и учебных учреждений, не могло не отразиться на положении отечественной научной литературы. Перечисление наказаний за проступки печати (в круг которых входили денежные взыскания, аресты, тюремное заключение за "печатание без просмотра цензуры, за открытие и содержание тайно типографий, литографий и металлографий, за хранение и продажу книг, запрещенных цензурой", и т.п.) вошло в такой важный законодательный документ, как "Уложение о наказаниях уголовных и исправительных" (1885). Еще одним шагом, ужесточившим условия существования отечественной печати, стало расширение в 1888 г. круга изданий, подпадавших под предварительную цензуру.
В целом цензурная практика второй половины XIX в. вобрала в себя и старые запретительные нормы, и новые, отвечавшие обстоятельствам и веяниям времени разрешения и запреты. В отношении исторической литературы это проявилось в строго дифференцированном (в зависимости от социального, возрастного и образовательного уровня предполагаемого читателя) подходе к цензурованию. Не пропуская в свет ничего явно "предосудительного", цензура все же предоставляла возможности для развития исторической науки. В контексте русской культуры XIX в. цензуру следует рассматривать не только как регламентирующую, контролирующую и охранительную, но и как некую стимулирующую силу. Она заставляла оттачивать печатное слово, которое приобретало особую емкость, глубину подтекста. Научная мысль сумела успешно обходить препоны и рогатки цензуры, сохранив и даже приумножив глубину и оригинальность.
Главным критерием при определении рамок допустимой "гласности" было почтительное отношение к власти, прежде всего верховной, в лице императорской фамилии. Предметом особого внимания являлись династические связи, права на престол, законность рождения, государственная деятельность, образ жизни и личные связи покойных царей, причем важное значение придавалось тому, насколько давно происходили описываемые события и шла ли речь о прямых предках царствующего императора. В 1866 г., например, московский цензурный комитет получил строгий выговор Главного управления в связи с выходом в свет труда С.С. Урусова "Очерки восточной войны 1854-1855 г.", в котором содержалась "резкая и неприличная характеристика личности и действий" императора Николая I. Оправдываясь, цензурный комитет сетовал на отсутствие "ограничительного законоположения о скончавшихся особах Августейшего дома". Совет Главного управления запретил распространение книги и уведомил московского обер-полицмейстера о наложении на нее ареста. Через месяц рассматривался проект обвинительного заключения о книге, мотивы которого - "дерзкое осуждение... личных качеств и всего царствования Августейшего родителя ныне царствующего государя императора". На основании ст. 1001 уголовного законодательства (1866) издание было уничтожено .
В 1867 г. внимание цензуры привлекла книга Д.Л. Мордовцева "Самозванцы и понизовая вольница". Утверждалось, что ее автор "косвенными намеками" обозначил противоречия между "провозглашениями" и деяниями Екатерины II ("благие намерения только на словах, а на деле существовали во всех слоях, начиная с высших, неурядицы, распутство, воровство и разбой"). Вышедший без предварительной цензуры первый том сочинения Д.Л. Мордовцева не дал "достаточных поводов для судебного преследования", но Главное управление предложило столичному цензурному комитету обратить особое внимание на второй том, причем сделать это "до выпуска его в свет" .
Следует отметить, что охранительное ведомство не чуждалось заботы о качестве печатной продукции. Так, в 1874 г. в петербургский цензурный комитет поступила рукопись Лебедева "Император Павел и его царство", автор которой попытался "опровергнуть ложное мнение о характере царствования императора Павла I". Цензурное ведомство обратило внимание на "резкие отзывы о характере Петра III", "неудовольствие, высказанное гр. Н.И. Паниным" по отношению к Екатерине II, упоминание об обещании Екатерины "уступить престол Павлу I", замечания "об угрюмом и недоверчивом характере Павла Петровича" и др. Подобные утверждения, допустимые, как считалось, в специальном историческом сборнике, не должны были появиться в подцензурном издании. Кроме того, крайне низко были оценены научные и литературные достоинства труда, грешившего "весьма поверхностным изложением". В заключении Главного управления книга была названа "бездарной компиляцией" из специальных бесцензурных изданий, что стало одним из мотивов ее запрещения .
Важным аспектом политики по отношению к исторической литературе являлось цензурование трудов, посвященных зарубежной истории, особенно событиям и фактам, которые могли нарушить общественное спокойствие. Пристальное внимание властей привлекали публикации о французской революции 1789-1794 гг. В 1866 г. Главное управление рассматривало вопрос о первой части издания Е.О. Лихачевой и А.И. Сувориной "История французской революции Минье". Книга не была арестована и не подверглась судебному преследованию только потому, что авторы были названы "самыми умеренными восхвалителями революции". Однако политическая репутация издательниц, а также "пропаганда, скрывающаяся под формою перевода", вызвали дебаты в цензурном ведомстве. Совет Главного управления предложил столичному цензурному комитету на будущее время "при появлении книг, исполненных революционных тенденций, под какой бы то ни было формою, приступать немедленно к решительным, на основании закона 6 апреля 1865 г. действиям". Книга стала поводом для появления циркуляра, по которому все распоряжения иностранной цензуры должны были сохранять "свою обязательную силу и для переводов с обращающихся в России иностранных сочинений". В то же время разрешение иностранной цензуры на распространение в России книги на иностранном языке не заключало в себе "изъятия от ответственности за содержание оной в случае перевода на русский язык". Особо обращалось внимание на публикации, "не имеющие безусловно ученого характера и заключающие в себе, хотя бы и не совсем очевидное, революционное направление". Высшее цензурное руководство предлагало комитетам "иметь постоянно в виду вопрос о неудобствах перевода" подобных сочинений на русский язык.
Издание еще одного перевода труда о французской революции - "Истории французской революции" Т. Карлейля (т. 1 "Бастилия", под редакцией И. Ляпидевского), - представившего "рельефную картину революционной эпохи во Франции", порицавшего "принцип монархической власти" и содержавшего "насмешки" над королями Людовиком XV и Людовиком XVI, повлекло за собой выговор высшей инстанции в адрес московского цензурного комитета. Московский комитет, признав книгу подлежащей судебному преследованию, тем не менее промедлил с наложением ареста, мотивируя это тем, что окончательное заключение следует давать "о целом сочинении в том виде, как оно будет издано", а не о томе первом. Главное же управление распорядилось начать судебное преследование, а комитету поставило "на вид" за неоперативность ареста.
В 1870 г. было возбуждено судебное преследование против перевода книги Артура Бута "Биография и деятельность Роберта Оуэна, основателя социализма в Англии". Причем члены Главного управления высказали мнение, что цензурные комитеты должны "избегать входить в подобных случаях в соглашение с издателями касательно исключения из их изданий наиболее преступных мест, дабы чрез то не ослаблять способов администрации печати преследовать вредные ее явления" . Именно по поводу этой книги в январе 1871 г. между общей и иностранной цензурой произошло выяснение отношений. Совет Главного управления постановил "отменить дозволение или недозволение к переводу иностранных сочинений иностранной цензурой", а цензор петербургского комитета, разрешивший книгу в "английском оригинале к обращению в публике и переводу", получил выговор.
Проблемы религии и нравственности, как весьма важные с точки зрения общественного спокойствия, тоже находились в ведении цензуры. Как предполагалось, исторические публикации были призваны, опираясь на традиции и каноны православия, поддерживать уважение к устоям общества. Прерогативой духовной цензуры являлась церковная богослужебная, житийная и т.п. литература, а также тексты религиозного содержания из сочинений светского характера. В массе исторической литературы по данной тематике наибольшее опасение обычно вызывали статьи и книги, описывающие деятельность различных религиозных сект, участие в них известных исторических лиц, языческие и другие неправославные обряды и празднества, всяческие отступления от православных канонов.