В 1866 г. ярославский губернский статистический комитет получил от Главного управления указание, чтобы в его трудах более не помещались работы, подобные статье А.И. Трефолева "Странники", посвященной секте бегунов. Автор, хотя и направлял свою статью "не в пользу секты", но приводил выписки из дел следственной комиссии, на что "следовало бы спросить разрешения" . В 1874 г. Ф.В. Ливанову не было разрешено поместить вывеску на помещении редакции издания "Раскольники и острожники и любопытные процессы". Совет Главного управления мотивировал отказ тем, что "постоянное звание редактора изданий, на которые не было получено особого правительственного разрешения и которые появляются в свет в неопределенное время", Ф.В. Ливанову присвоено быть не может, а объявления о его изданиях, "как библиографические", должны подлежать цензуре московского комитета. Тогда же действительному статскому советнику П.И. Мельникову (известный русский писатель, публиковавший литературные произведения под псевдонимом "Анд. Печерский") было отказано в выпуске в свет его сочинения "Материалы истории хлыстовской и скопической ересей". Часть материалов Мельников уже опубликовал в специальном научном издании - "Чтениях в обществе истории и древностей российских", однако отдельные оттиски не были допущены "к обращению в публике". Признавая, что "таинственность прежних лет о раскольниках принесла больше вреда, чем пользы", цензура тем не менее отказалась дать раскольникам "полный свод их вероучения и предпринимавшихся против них правительством преследовательных мер". Ученые, занимавшиеся проблемами раскола, по мнению совета, всегда могли обратиться к научным изданиям, а широкое распространение подобных трудов, как предполагалось, могло иметь самые нежелательные последствия .
Специальные исторические издания по закону 6 апреля 1865 г., как правило, освобождались от предварительной цензуры. Однако это не означало отсутствия контроля. Напротив, в конфиденциальной инструкции министра внутренних дел цензорам столичных комитетов (от 25 августа 1865 г.) подчеркивалось, что бесцензурные публикации "подлежат более строгому рассмотрению". Однако их адресат - ученые-историки - позволял относительно свободно излагать историческую правду. Надо сказать, что круг вопросов, привлекавших пристальное внимание цензуры вне зависимости от социального статуса предполагаемого читателя, был одним и тем же. Но глубина, подробность и трактовка информации непосредственно зависели от адресата и цены издания. В литературе, рассчитанной на научную общественность, допускалось изложение исторических документов, фактов и обстоятельств "с излишней подробностью". Как правило, после цензурного просмотра издание выходило в свет, случаи запрещения (в основном это касалось острых политических публикаций) были редки. Иногда использовались сокращения, изменения текста с согласия автора или публикатора, чаще же делалось отеческое внушение: впредь не допускать подобного даже в таком специальном издании. Неоднократные отступления от цензурных правил могли повлечь за собой карательные меры.
Одним из старейших научных объединений в стране было Императорское общество истории и древностей российских при Московском университете. Его всегда отличала лояльность по отношению к властям, должность его вице-президента обычно занимал попечитель учебного округа. Самым крупным изданием общества являлись "Чтения в обществе истории и древностей российских" ("ЧОИДР"), которые, по мнению цензуры, находились "почти в привилегированном положении... в сравнении с частными издателями и журналистами", что, конечно же, не исключало неусыпного контроля. В рассматриваемый период "ЧОИДР" не подвергались судебным преследованиям. Но все же московский цензурный комитет неоднократно обращал внимание на содержание его публикаций, сообщал сведения о них в Главное управление, указывал председателю общества на необходимость более тщательно соблюдать существующие цензурные правила, а также следить за соответствием содержания "Чтений" специальным целям общества, на несовпадение статей с программой изданий общества и т.п.
Пристальное внимание цензуры приковывали статьи, посвященные национальному вопросу ("Движение латышей и эстов в 1841 г.", "Донесение товарища министра внутренних дел Сенявина о положении в Ливонии в 1845 г.", "О необходимости уничтожения отдельных прав в губерниях, от Польши возвращенных, и изменении недостатков, противных государственному благоустройству", "Дело о приписке шлоцких евреев к Риге", "Записки графа Толя о военных действиях против поляков в 1831 г.", "Латыши, особливо в Ливонии, в исходе философского столетия", "Эстонец" и др.); внутренней политике, законодательству, чиновничеству ("О редакционном исправлении Свода законов", "Изображение нынешнего состояния России (1830 г.)", "О взятках, взяточниках и доносчиках", "К истории сожжения книг у нас", "О военном значении железных дорог и особенно их важности для России"); смутным периодам русской истории, щекотливым подробностям из жизни особ царской фамилии ("Описание Великого княжества русского Петра Петрея", "Заметка об одной могиле в посаде Учеже Костромской губернии", "Записки Штелина об императоре Петре III", "Краткая история княжны Таракановой", "Мысли по поводу события 25 мая 1867 года"); церкви, духовенству, сектам ("Материалы для истории Сибири", "Магазин Бишинга", "О секте Татариновой", "Можно ли достойному священнику, миновав монашество, произведену быть в епископа", "Краткое обозрение русских расколов, ересей и сект", "Раскольничий Апокалипсис", "О Филарете, митрополите московском, моя память").
Настоящий скандал разразился в 1873 г. в связи с напечатанием статьи "Трилогия на трилогию", посвященной университетскому вопросу. Статья была опубликована под псевдонимом "К. Муций Сцевола", который принадлежал, как теперь считается установленным, секретарю Общества истории и древностей российских, бывшему профессору Московского университета О.М. Бодянскому.
Публикация повлекла за собой довольно длительную разборку внутри общества, активное участие в которой приняли министры внутренних дел и народного просвещения, а также начальство учебного округа. Общество было обвинено в злоупотреблении званием "почтенного учреждения", "нарушении устава и приличия", опубликовании материалов слишком близкой истории и современных, что привело к смене его руководства.
Можно с уверенностью сказать, что прецедент со статьей "Трилогия на трилогию" стал поводом для неприкрытого контроля со стороны царской администрации не только за изданием, но и за деятельностью Общества истории и древностей российских. Дело дошло до обсуждения, а подчас и решения внутренних дел научного собрания попечителем учебного округа и министром народного просвещения. Предметом дебатов явились нарушения устава, научной организации, делопроизводственные недочеты, взаимные симпатии и антипатии членов общества и его чрезвычайные (а таких было проведено немало) заседания. Несмотря на отсутствие после 1876 г. в документах цензурного ведомства серьезных претензий к содержанию печатной продукции общества, контроль за его изданиями не ослабевал. Каждый из вновь избранных председателей особо уведомлялся министром через попечителя учебного округа об ответственности за содержание публикаций .
В отличие от "ЧОИДР", известный журнал П.И. Бартенева "Русский архив" с самого начала столкнулся с цензурными запретами. В 1863 г., несмотря на "исключительно библиографический характер означенного издания", не увидели свет "Отрывки из рассказов князя А.Н. Голицина", в 1864 г. - стихотворение А.В. Кольцова об Иване Грозном "Еще старая песня", в январе 1865 г. - "шуточное описание бракосочетания Карамзина". После принятия "Временных правил о печати" издание, как "чисто ученое", по прошению редактора-издателя было освобождено от предварительной цензуры . Однако издаваемый частным лицом "Русский архив" не был освобожден от внесения залога, обеспечивавшего штраф в случае цензурных нарушений. Интересны доводы Главного управления на этот счет. Необходимость залога объяснялась тем, что частный издатель не может предоставить достаточных гарантий ненарушения цензурных правил. Ссылки московского комитета цензуры на "ЧОИДР" не убедили управление, которое отметило, что и в издании общества были "уклонения от установленных правил". В качестве еще одного важного аргумента приводился тот факт, что в "Русском архиве" разбирались "по преимуществу материалы второй половины XVIII столетия, не всегда удобные к оглашению в современных изданиях". Указывалось, кроме того, на имевшие место цензурные нарекания, на то, что "принимаются для напечатания статьи, доставленные частными лицами, не имеющие специального характера, что также не может быть предоставлено усмотрению редактора".
Отношения П.И. Бартенева с цензурой складывались непросто. Его неоднократно вызывали в комитет, пугали наложением ареста, ему ставили "на вид" за помещение в журнале той или иной статьи, предлагали изъять из текста отдельные места, делали "категорические заявления", что статьи, подобные, например, "Извлечениям из записок Саблукова о временах императора Павла", "решительно не будут терпимы и будут подвергать редакцию законным преследованиям"]. Некоторые статьи изымались из журнала.