Через шесть лет после революции в России, в 1923 году, великое землетрясение Канто сильно повредило собор и произвело колоссальные разрушения в Миссии. Однако намного хуже материальных разрушений было постепенное угасание духовной жизни в Миссии, по выражению одного верующего, "собор стал грустным". Произошло это еще до землетрясения, в силу вышеуказанных экономических причин. Итак, 1 сентября 1923 года страшное бедствие обрушилось на кафедральный собор Воскресения Христова. Обратимся к записям архиепископа Сергия (Тихомирова), приехавшего в Японию в 1908 году и ставшего преемником архиепископа Николая на посту главы Японской Православной Церкви.
"Утро 1 сентября 1923 года не предвещало ничего особенного. Время до обеда... В эти часы приходил ко мне по делу молодой катехизатор Яков Ямагути и, вероятно желая сказать мне приятное, сказал по-японски: "Давно не было землетрясения, прекрасно", - на что я ему шутя ответил: "Наоборот, худо; если теперь и тряхнет, то уже сильно, и, кто знает, не тряхнет ли и сегодня". А нужно заметить, что в Токио небольшие толчки и неразрушительные землетрясения бывают часто. В 1923 же году их не было с ранней весны. И это обстоятельство многих беспокоило. <...> 11 часов 58 минут 44 секунды... Я стою у стула в столовой и читаю газету. Затрясло... Продолжаю читать газету. Однако начало качать так, как я не испытывал ни разу с 1908 года. Стоять на ногах было трудно...". Далее архиепископ Сергий описывает, как он спустился во двор Миссии, где все было скрыто облаком пыли. Когда пыльное облако рассеялось, то его взору предстала картина повреждений. "С крыш всех миссийских домов спала вниз черепица, трубы или сломаны и лежат уже внизу на земле, или сломаны, но еще стоят на крышах, на своих местах... Начался второй удар. Земля колебалась, как волны в море. Дома тряслись, как легкие ящики. Черепица продолжала лететь вниз. Чугунный забор Миссии раскачивало в стороны на аршин. Шум бьющихся друг о друга телефонных, телеграфных и электрических проводов. Бледные лица собравшихся. Слезы на глазах. Жуткая картина".
Сорокаметровая колокольня переломилась и упала шпилем на купол собора, пробив его. Раздался колокольный звон, и надломленная колокольня, треснув в сводах окон, громадными столбами, с колоколами языками вверх развалилась, разрушив ризницу, завалив кирпичами западный вход в собор, всегда открытый для обозрения публики. Крест с купола лежал у юго-западного угла собора.
Пожар, спутник землетрясений, не мог не случиться, потому что в 12 часов дня, когда затрясло Токио, в городе не было ни одного дома, где не горела бы плита на кухне, приготовляя обед. 2 сентября, на второй день землетрясения (колебания почвы происходили в течение нескольких дней по много раз в день), Миссия представляла собой догорающее пепелище: сгорели дотла оба миссийских дома, семинария, женское училище, три деревянных дома служащих Миссии.
Сгорел и собор. Архиепископ Сергий свидетельствовал: "Я вошел в него северными дверями; западные двери и паперть были завалены развалинами колокольни. Уже ни дыму, ни чада. Вот догорает над южной дверью рама иконы. Во всем соборе не осталось ни вершка несгоревшего дерева. А было его много: восьмивершковые балки, везде вершковые полы, дощатые обшивки сводов потолка и купола, деревянные полы и лестницы на колокольню, деревянный трехъярусный иконостас. Деревянный шпиль. В таком величественном соборе и столько горючего материала! Как будто нарочито были собраны подтопки! Железные каркасы купола от жары размякли и обвалились внутрь собора. Колокола расплавились полностью. Металлическая и серебряная утварь вся или расплавилась, или сильно повреждена. Облачения, митры - все сгорело. Велик ли убыток? Колоссальный! Но "колоссальность" потери нужно измерять не стоимостью вещей, а тем, что все это 30 лет, с 1892 года, выпрашивалось, собиралось, тщательно хранилось; что все сгоревшее - "жертвы", "сердца" добрых благодетелей. И вдруг в один вечер - не осталось ничего. <...> Все я потерял: иконы, книги, труды, одежду, дома, библиотеку, школу, собор... Но не потерял одного - веры в Бога. <...> Много продумал я в эти минуты и решил: вперед, свои силы и труды, пока хранит меня Бог, - только для Бога, для ближних; только для проповеди, для возрождения... и материального, и прежде всего - духовного".
20 октября 1923 года состоялся экстренный Собор Японской Православной Церкви, постановивший возрождать Токийский Воскресенский собор. Речь шла не просто о восстановлении здания собора. Архиепископ Сергий обратился к собравшимся священнослужителям и представителям верующих с вопросом: так ли уж необходимо поднимать из руин собор, на что потребуются колоссальные расходы? В то время только в одном Токио был десяток церквей, и христиане, кроме больших праздников, редко посещали кафедральный собор. В ответ на эти слова Владыки православные японцы решили, что возрожденный собор станет центром церковной жизни, что возрождение собора станет не просто реставрацией разрушенного здания, а возрождением самой Церкви как Тела Христова.
Это решение возрождать собор Воскресения Христова, принятое японцами, многие из которых потеряли все из-за великого землетрясения Канто, красноречиво свидетельствует о глубоком укоренении Православия в Японии.
К 14 декабря 1929 года ремонт и реконструкция Воскресенского собора были закончены, и Японская Православная Церковь получила возможность торжественно совершить его освящение. Собор после реконструкции представлял собой величественное здание в виде креста правильной формы с неширокими крыльями. Высота его от пола до купола составила 26 метров. Электричества в соборе не было, потому что, по выражению Владыки Сергия, "душа любит молиться в полусвете лампадок и ликовать с восковой свечкой в руках".
12, 13, 14 декабря 1929 года в Токио со всех концов Японии стали прибывать православные христиане. В то время в Японской Церкви служили 36 иереев, 6 диаконов, 27 катехизаторов - всего 69 человек (до революции 1917 года одних катехизаторов было до 120 человек, хотя иереев больше 36 не бывало).
Накануне освящения, 14 декабря 1929 года, была совершена всенощная, которую ровно в 6 часов вечера возвестил звон колокола. Владыка Сергий писал: "В общем, около 145 пудов гармонично подобранных колоколов извещали всему Токио: "У 'Николая' - торжество!" И все радовались. И язычники радовались: "опять раздался звон 'Николая' "".
На всенощной все богомольцы, около тысячи человек (собор вечером не был наполнен), стояли, как на Пасху, с зажженными свечами. Пели два хора. Напевы были все русские, но переложены на японские слова. По окончании службы архиепископ Сергий, обращаясь к молившимся, по-японски приветствовал их: "Христос воскресе!" - и все ответили: "Воистину воскресе!". А на второй его привет: "Братья, сестры, силою Христовою и наш собор воскресе!" - раздалось: "Воистину собор воскресе!"
В воскресенье, 15 декабря 1929 года, состоялось освящение возрожденного собора, затем на новоосвященном престоле была совершена Божественная литургия, по окончании которой по традиции для всех собравшихся устроили угощение.
В тот же день, ближе к вечеру, состоялось торжественное собрание, на котором с приветственным словом к примерно 2000 собравшихся обратился архиепископ Сергий. Приведем выдержки из его речи, определившей задачи деятельности Японской Православной Церкви на будущее. Владыка говорил: "Осуществилось то, о чем страшно было и во сне мечтать! Мы опять имеем собор: Господу, Благодателю нашему, слава. Господь внушил Церкви нашей в октябре 1923 года твердую решимость восстановить Собор. Ему - слава... Сказал я: чудо совершил Бог. Ибо кто из нас мог бы и подумать, что мы, малая и юная Японская Церковь, можем сделать то, что сделали? Но Премудрый Архитектор усмотрел новый чудный материал для постройки собора - не гальку, не песок, не цемент, а крепкую, как скала, веру юной Церкви, непоколебимую ее надежду на помощь Божию и поразительно широкую, жертвенную любовь юной Церкви. Это они - вера, и надежда, и любовь - и все три в атмосфере святого мира строили собор... Братья и сестры! С верою в помощь Божию, с надеждою на конечный успех, в атмосфере жертвенной любви все до единого поднимемся на строение живого собора православных душ. Это наша первая задача. Центром этой великой работы да будет Воскресенский собор".
Таким образом, восстановленный из руин "Николай-до" можно было бы назвать и "храмом Сергия" - "Сергий-до". Были прочитаны адреса министра народного просвещения (заместителем), губернатора Токио (заместителем), мэра Токио (заместителем) и председателя Комиссии по восстановлению Токио после землетрясения и пожара Накагава Нодзому (лично). Он, бывший губернатор Осаки, прибыл на праздник храмоосвящения как православный христианин, в то время единственный из "больших людей" Японии принадлежавший к Японской Православной Церкви.
В собор, украшенный прекрасными копиями произведений Васнецова и Нестерова, вошла частица русской души, и для русских людей, заброшенных судьбой в Японию в лихолетье, восстановление его явилось вторым Светлым Воскресением.
К вечеру дня храмоосвящения из Москвы пришла поздравительная телеграмма за подписью митрополита Сергия с Синодом (в то время митрополит Сергий (Страгородский), проработавший шесть лет в Японии помощником архиепископа Николая, был заместителем Местоблюстителя Патриаршего престола). Церковь-Матерь, Русская Православная Церковь радовалась и молилась за рожденную ею юную Церковь Японскую.
По поводу этой телеграммы необходимо отметить следующее. Рожденная Русской Церковью Церковь Японская, существующая в стране, где государство и религия разделены, восприняла от Апостола Японии архиепископа Николая православное христианство только как "чистое, правое учение Христа", без всякого политического привкуса и, как писал архиепископ Сергий, "без всяких прилагательных: греческое, русское, монархическое и т. п. Церковь Японская верила и верит: "источник ее чистого Православия, и только его, есть теперь Московская Патриархия и иерархи, ее возглавляющие"".