В марте 1962 года Воскресенский кафедральный собор получил официальный статус важного памятника культуры Японского государства.
8 сентября 1969 года из Америки в Токио прибыл известный богослов протопресвитер Александр Шмеман с целью проинформировать Японскую Церковь-Сестру о нормализации церковно-канонических отношений с Московским Патриархатом, в результате чего Православная Церковь в Америке получала статус Автокефальной. В связи с этим она должна была окончить окормление Японской Православной Церкви.
19 октября 1969 года собрался внеочередной Собор Японской Православной Церкви, чтобы выдвинуть ряд кандидатов для епископской хиротонии. Были предложены двое: священник церкви в Кагосима Василий Нагасима и диакон Серафим Сиглист. Так началась подготовка к обретению автономии.
2 ноября 1969 года состоялась хиротония Василия Нагасимы, нареченного при монашеском постриге Феодосием. Через несколько дней, 26 ноября, в "Николай-до" состоялась трехсторонняя встреча представителей Московского Патриархата, Православной Церкви в Америке и Японской Церкви, на которой был обсужден вопрос об автономном статусе Японской Православной Церкви.
2 апреля 1970 года делегация Японской Православной Церкви отправилась в Москву, где 10 апреля получила от Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия I Томос об автономии. Тогда же, 10 апреля, был причислен к лику святых святитель Николай, архиепископ Японский.
С 1970 года для укрепления духовных связей с Матерью-Церковью Японская Православная Церковь стала ежегодно направлять в Москву своих паломников.
В результате обретения Японской Церковью статуса Автономной образовались три епархии: Токийская архиепископия, епархия Западной Японии с центром в Киото и епархия Восточной Японии с центром в городе Сендай. 22 марта 1972 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Пимен благословил назначение епископа Феодосия (Нагасимы) архиепископом Токийским, Митрополитом всей Японии. Этим завершился процесс обретения Японской Православной Церковью самостоятельности. Воскресенский собор ("Николай-до") стал кафедральным собором Японской Автономной Православной Церкви. С этого времени начинается новая глава в его истории.
Митрополит Феодосий на Соборе, открывшемся 7 июля 1972 года, сказал: "Две стороны составляют основу церковной деятельности. Первая - это связь человека с Богом через богослужение, являющееся конкретным выражением Божией милости в спасении людей, следующих Его зову. Вторая - это связь человека с человеком, когда верующие, следующие Божиему гласу, объединяются крепкими узами любви. И эта любовь не ограничивается только внутрицерковными рамками, а выходит за пределы Церкви и проявляется естественным образом в конкретных делах служения обществу. Можно сказать, что Церковь по-настоящему действует тогда, когда ее активная работа проистекает из единого целого, образованного соединением этих двух сторон. Кроме того, такая деятельность Церкви привлекает к себе людей разных возрастных групп". Сказанное Митрополитом Феодосием на Соборе конкретизировалось в 1974 году принятием первого пятилетнего плана проповеднической деятельности "Перспективы активизации проповеди внутри Церкви". В 1979 году был принят второй пятилетний план "Создание системы по активизации проповеди вне Церкви" и наконец в 1984 году появилась программа на десятилетие "Конкретный вклад в общество. Становление Церкви, дающей осязаемые плоды". Эти планы стали основой повсеместной конкретной деятельности Церкви по расширению проповеди, воспитанию церковнослужителей, упрочению материальной базы и созданию внецерковных связей.
Следует отметить, что плановый характер деятельности Церкви является одной из особенностей японского православия.
На Соборе 1973 года за "Николай-до" был закреплен статус кафедрального храма. Приходы собора и пяти храмов Токио: Канда, Намбу, Сэйва, Тама и Сякудзии создали Объединенный церковный совет, в который вошли их представители. В Никольском доме для собраний, построенном на средства, собранные сестричеством, на месте деревянного Никольского храма прихожане после Литургии стали собираться на чаепитие, возродив, таким образом, обычай совместных трапез, введенный святителем Николаем Японским для братского общения христиан. В том же 1973 году, в апреле, при семинарии, которая стала официально называться "Токийская Православная Духовная семинария", открылись подготовительные курсы для поступающих. Преподавательский совет Токийской семинарии обновившей свою деятельность под руководством Предстоятеля Японской Церкви Митрополита Феодосия, состоял из японских протоиереев и иереев, получивших образование в американской Свято-Владимирской Духовной семинарии либо в той же Токийской. В руководстве для поступающих говорилось, что цель православной семинарии заключается в том, чтобы "воспитать сердце, любящее Бога, любящее людей и способное проповедовать как одному человеку, так и многим людям Царство Божие, завещанное Иисусом Христом, а также воспитать священнослужителей, способствующих развитию Японской Православной Церкви".
В семинарию принимаются лица, решившие посвятить себя служению Японской Православной Церкви, как правило, имеющие законченное высшее образование. С согласия преподавательского совета в семинарию могут быть приняты лица, окончившие только школу высшей ступени, но в этом случае они обязаны получить университетское образование заочно.
Обучение в семинарии - три года плюс подготовительный курс с апреля по июль, который проходят все поступающие, независимо от полученного образования. На подготовительном курсе изучаются Ветхий Завет, Новый Завет, история Церкви, православный катехизис, литургика, церковное пение. По окончании курса сдается экзамен по этим предметам, письменно и устно. Затем преподавательский совет, учитывая успеваемость, образ жизни, проявления характера, решает, подходит ли данный молодой человек для православного служения, и рекомендует его для дальнейшей учебы.
Семинаристы с отличными успехами, проявившие себя положительно, могут быть рекомендованы преподавательским советом для продолжения учебы в Греции, Америке или России. В настоящее время в Токийской Православной Духовной семинарии обучаются четверо студентов: двое - в первом классе и двое - во втором.
Для оставшихся жить в Японии русских семей был создан Русский клуб. (Пушкинская школа для русских детей закрылась в конце 1950-х годов в связи с массовым отъездом русских людей.) С ноября 1974 года стал ежемесячно выходить печатный орган собора "Новости "Николай-до"".
Закрепление за "Николай-до" статуса кафедрального храма и образование Объединенного церковного совета привело к созданию Управления делами Токийской архиепископии и решению самой насущной проблемы - материального обеспечения священнослужителей: им было установлено определенное жалование и предоставлено медицинское страхование.
Проповедь - главная задача Японской Православной Церкви. Для решения ее в декабре 1974 года Митрополит Феодосий созвал в Воскресенском соборе конференцию священнослужителей, по решению которой были образованы четыре комиссии: по изучению миссионерства, Поместных Православных Церквей, догматов Церкви и комиссия по просвещению верующих. В феврале и марте 1975 года прошли заседания "круглого стола", посвященные проповеднической деятельности, с участием не только священнослужителей, но и прихожан, высказавших свои мнения относительно развития Церкви и проповеди.
Большим событием в жизни Японской Православной Церкви явилось строительство у южной стороны "Николай-до" часовни в память Апостола Японии архиепископа Николая, решение о чем было принято на Соборе в июле 1977 года. 19 марта 1978 года священники, приехавшие со всех концов страны для участия в конференции на тему "Будущее проповеди", совершили освящение часовни. В том же году, 21 мая, в "Николай-до" состоялся праздник в память причисления к лику святых архиепископа Николая с участием представителей Русской Православной Церкви. На праздник собралось более восьмисот христиан. Митрополит Феодосий выступил с речью, подчеркнув, что причисление к лику святых архиепископа Николая Японского и дарование автономии Японской Православной Церкви - глубоко взаимосвязанные события. "Тем самым высоко оценивается и вновь подчеркивается великое дело архиепископа Николая, стремившегося к японизации православной веры. Православными всего мира признается самостоятельность Японской Церкви, добавившей к ряду святых и своего святого, признается истинность веры Японской Церкви, передаваемой ее верующими из поколения в поколение".
Таким образом, часовня святого равноапостольного Николая стала символом самостоятельности Японской Православной Церкви.
Возобновилась установленная при Владыке Николае практика открытого доступа в Воскресенский собор желающих осмотреть его. Со вторника по субботу с 13 до 16 часов дежурные, назначенные специально для этого сестричеством, знакомят посетителей с храмом.
16-18 мая 1980 года в Воскресенском соборе торжественно отмечалось 10-летие автономии Японской Православной Церкви с участием представителей Московского Патриархата и Православной Церкви в Америке. К празднику была приурочена конференция священнослужителей и верующих, собравшихся со всех концов Японии. Выступивший на ее открытии Митрополит Феодосий подчеркнул, что празднование - не просто торжество в честь юбилея автономии, а прекрасная возможность убедиться в том, действительно ли за десять лет удалось создать настоящую самостоятельную Церковь, выполняющую свое главное предназначение - проповедь православного учения.