В это же время Сандро начал писать портреты, внося элемент психологической трактовки в обобщенные, меморативные образы, характерные для кватрочентистской традиции флорентийского портрета.
Итак, можно заключить, что к 1470 годам боттичеллевская манера живописи вполне определилась.
В дальнейшем творчество его обогатилось гуманистическими темами, заказы на воплощение которых он получал от членов семьи Медичи.
Наивысшего напряжения драматизм достигается в "Распятии" Боттичелли. Фигура распятого Христа доминирует над расположенным внизу городом, который похож на Флоренцию. Слева вверху изображен Бог-Отец, высылающий вперед сонм ангелов со щитами, на которых начертан крест, а с противоположной стороны - дьяволы, мечущие из черного облака горящие факелы. В нижней части композиции видна распростертая у подножия креста и в исступлении обнимающая его Мария Магдалина, направо от нее ангел, поражающий зверя с чертами льва, в то время как другой зверь, выскакивающий из-под плаща Магдалины, убегает прочь. Как в ряде других случаев с картинами Боттичелли, мнения исследователей расходятся в интерпретации этой религиозной аллегории, однако все единодушны в том, что вдохновлена она проповедью Савонаролы. Картина символизирует раскаявшуюся Флоренцию (Магдалина), спасаемую божественным вмешательством от нависшей над ней опасности. Такое содержание имеет соответствие в исторических событиях тех лет:
Боттичелли, кажется, исполнил здесь своего рода гражданскую миссию, приняв участие в жизни города своим искусством, сохранившим замечательную силу воздействия. Добавим, что влияние Савонаролы на позднее творчество художника, подчас отрицаемое учеными, особенно явно сказалось в выборе тем апокалиптического и пророческого плана, которые переведены им на язык аллегории, находящий себе параллель в сочинениях и проповедях доминиканского монаха из Феррары.
В основе боттичеллевской драмы, глубоко личной, наложившей печать на все его искусство, - полярность двух миров. С одной стороны, это сложившаяся в окружении Медичи гуманистическая культура с ее рыцарскими и языческими мотивами; с другой - реформаторский и аскетический дух Савонаролы, для которого христианство определяло не только его личную этику, но и принципы гражданской и политической жизни, так что деятельность этого «Христа, царя флорентийского» (надпись, которую приверженцы Савонаролы хотели сделать над входом в Палаццо делла Синьория) выступала полной противоположностью великолепному и тираническому правлению Медичи.
Другим ярким произведением Боттичелли является "Алтарь Сан Марко" ("Коронование Марии с ангелами, Евангелистом Иоанном и Святыми Августином, Иеронимом и Элигием"), написанный около 1488-1490 годов для принадлежащей ювелирам капеллы в церкви Сан Марко. Капелла была посвящена их покровителю Святому Элигию. Центральная часть алтаря отмечена архаическими чертами: фигуры ангелов и святых резко различаются по масштабу; фантастическая ниша, в которую заключена сцена коронования, контрастирует с более реалистической трактовкой пространственного окружения четырех главных персонажей. Вместе с тем в картинах пределлы немало живости в изображении Иоанна среди нагромождения каменных глыб на острове Патмое или Святого Августина в его почти пустынной келье, в лаконичном и напряженном Благовещении, в сцене покаяния Святого Иеронима в скалистой пещере, наконец, в энергичной фигуре Святого Элигия, чудесным образом выковывающего новую ногу лошади, и в необычности ракурса спешившегося всадника в развевающемся плаще. Белая лошадь в этом эпизоде - леонардовский мотив, обретающий, как и всякое заимствование Боттичелли у других художников, характер глубоко личной интерпретации. В картине заключена та напряженная экспрессия, которая заставляет формы сгибаться, приобретать резкие повороты, деформироваться.
Несмотря на широкую известность, которой произведение пользовалось сразу после своего завершения, его ждала нелегкая судьба и долгие годы скитаний. С алтаря в капелле церкви оно переместилось в Зал капитула монастыря Сан Марко, оттуда - в галерею Академии во Флоренции и далее, в 1919 году - в Уффици. Только по завершении его длительной реставрации, проведенной в лаборатории при Опифичио делле Пьетре Дуре в 1989 году, можно считать закончившимися топографические перемещения картины. Что касается реставрации, то она лишь отчасти устранила вред, нанесенный великолепному произведению многочисленными путешествиями из одного помещения в другое. Из-за них безвозвратно утрачено первоначальное обрамление алтаря, которое заменила резная рама, происходящая из ныне несуществующей церкви Баттилани. В реставрации картина нуждалась уже с 1830 года (когда она находилась в Академии и ее реставрировал Аччайи) и вплоть до 1921 года, когда ею занялся Фабрицио Лукарини, полностью переписавший зеленое одеяние ангела слева. Но несмотря на эти'работы отслаивание и выпадение красочного слоя продолжалось, что привело к последней, самой полной реставрации, которая, кажется, остановила процесс разрушения картины.
Сила воздействия этой живописи в значительной мере обусловлена трактовкой небесного видения, насыщенного религиозно-символическими мотивами с апокалиптической окраской. Они навеяны проповедями Савонаролы во Флоренции, которые вскоре привели к политическому перевороту, закончившемуся изгнанием Медичи в 1494 году. Иоанн, автор Евангелия, Посланий и Апокалипсиса, изображенный с поднятой вверх раскрытой книгой (с пустыми страницами, ибо он еще ждет слов Откровения), выступает в композиции фигурой, посредующей между созерцателями видения (Августином, Иеронимом, Элигием) и фантастическим коловращением ангелов вокруг радужной арки из херувимом и серафимов, окаймляющей сцену Коронования Марии. Явление ангелов на фоне золотых лучей, в ослепительном сиянии, среди дождя роз и земной пейзаж с его скалами и пустынным лугом, на котором стоят святые, кажется, подчеркивают контраст между фантасмагорической притягательной небесной реальностью и тяготами мира материального.
Превосходная реставрация позволяет оценить значимость в творчестве Боттичелли алтаря Сан Марко, который знаменует переход от более реалистических и рациональных изобразительных решений, характерных для живописи кватроченто, к последним произведениям художника.
Лоренцо Великолепный заказал Сандро написать четыре эпизода из новеллы о Настаджо дельи Онести, включенной в "Декамерон" Боккаччо. Сюжет ее, одновременно жестокий и рыцарственный, был сродни придворной культуре, сложившейся в медичейском кругу. Поводом для заказа картин послужило бракосочетание племянника Лореццо Джаноццо Пуччи с Лук-рецией Бини. Все четыре картины находились в семье Пуччи до середины XIX века, пока не наступил неблагоприятный период для сохранения в Италии национального художественного наследия, в особенности кватрочеитистской живописи. Теперь они разделены между музеем Прадо в Мадриде (первые три эпизода) и коллекцией Уотни в Лондоне (четвертый эпизод).
Замысел картин полностью принадлежит Боттичелли, хотя в соответствии с практикой художественных мастерских того времени, выполнение значительной части заказа он доверил своим помощникам. В первых трех эпизодах различима рука Бартоломео ди Джованни, а в последнем - Якопо Селлайо, близко следовавших манере Сандро. Особое впечатление производит передача пространственного окружения, будь то эпизод, происходящий в роще ниний в Равенне, или сцена пира по случаю свадьбы Настаджо со своей строптивой невестой, дочерью Паоло Граверсари.
Как обычно у Боттичелли, композиции соединяют драматизм содержания и элегантность его трактовки (стройные фигуры, грациозные движения), воплощая действие на грани реальности и фантазии, в которое вносит свой акцент эмалевая чистота цвета в передаче элементов архитектуры и природы.
Две самые знаменитые картины Боттичелли, так называемая "Примавера" (Весна) и "Рождение Венеры", заказаны Медичи и воплощают в себе культурную атмосферу, возникшую в медическом кругу. Историки искусства единодушно датируют эти работы 1477-1478 годами. Картины написаны для Джованни и Лоренцо ди Пьерфранческо - сыновей брата Пьеро «Подагрика».
Эта картина связана с классической поэзией. Но наряду с реминисценциями римской культуры в замысле боттичеллевских композиций должны были отразиться идеи Фичино, нашедшие свое поэтическое воплощение у Полициано. Присутствие Венеры символизирует здесь не чувственную любовь в ее языческом понимании, но выступает гуманистическим идеалом любви духовной, «того сознательного или полуосознанного устремления души ввысь, которое очищает все в своем движении» (Шастель).
Следовательно, образы "Весны" носят космологически-духовный характер. Оплодотворяющий Зефир соединяется с Флорой, порождая Примаверу, Весну -символ живительных сил Природы (В литературе о Боттичелли распространена и другая трактовка трёх перечисленных персонажей: считается, что здесь представлены Зефир, нимфа Хлорис и богиня цветения Флора, рожденная в союзе Хлорис с Земфиром). Венера в центре композиции (над ней Амур с завязанными глазами) -отождествляется с Humanitas - комплексом духовных свойств человека, проявления которых олицетворяют три Грации; устремивший взгляд вверх Меркурий рассеивает своим кадуцеем облака. В боттичеллевской трактовке миф обретает особую выразительность, идиллическая сцена возникает на фоне густо сплетенных ветвями апельсиновых деревьев, следующих единому гармоническому ритму, который создается линейными очертаниями драпировок, фигур, движением танца, постепенно затихая в созерцательном жесте Меркурия. Фигуры отчетливо вырисовываются на фоне темной листвы, напоминая шпалеру. Некоторые ученые видят в этом приеме возвращение к готической фантазии, однако речь скорее идет о решении художником раннего Ренессанса задачи свободного размещения человеческих фигур в открытом пространстве.