Айвазовский наравне с солдатами принял участие в деле при Субаши, высадившись в рядах атакующих на берег. «Все мое вооружение состояло из пистолета и портфеля с бумагою и рисовальными принадлежностями», - вспоминал художник. Корабли «Колхида» и «Силистрия», на которых плавал Айвазовский, прославились через несколько лет во время Крымской войны.
Став художником Главного Морского штаба, Айвазовский получил первый официальный заказ – исполнить виды Кронштадта, Ревеля, Петербурга со стороны моря, крепостей Свеаборг и Гангут.
Художник и раньше с увлечением писал виды приморских городов. Его альбомы полны топографически точных и художественно выразительных зарисовок всех многочисленных портовых городов, где ему приходилось бывать. Эти рисунки служили затем той памятной книжкой, которой пользовался художник при работе над большими холстами. Подобные заказы на исполнение видов приморских городов и российских портов Айвазовский получал неоднократно. В серию таких картин входили и виды Севастополя, Одессы, Николаева, Керчи.
С особым удовольствие он писал Севастопольский рейд с красавцами кораблями, торжественно входящими в бухту. Их четкие легкие силуэты, красивый ажурный рисунок мачт воспроизведены в картине с абсолютной точностью, что вовсе не делает картину скучным чертежом. Изображая Одессу со стороны моря, художник написал ее освещенной лунным светом, и картина наполнилась поэтическим настроением. Так, казалось бы, сухой официальный заказ под рукой мастера преобразился в художественное произведение.
Когда же Айвазовский начал писать серию картин из истории великих морских сражений российского флота, начиная с баталий Петра, то фантазия художника, мастерство живописца соединились с совершенным знанием истории сражений и с точностью воспроизведения на холсте всех особенностей корабельной оснастки и «поведения» кораблей во время боя. С высоким художественным мастерством и чутьем Айвазовский реконструировал морские баталии XVIII века: Гангутское сражение, знаменитый бой в Хиосском проливе и сражение при Чесме, состоявшееся в июне 1770 года. Победа при Чесме – одна из самых славных страниц истории российского флота времен русско-турецкой войны 1768-1774 годов. Турецкий флот, запертый русскими кораблями в Чесменской бухте при неравном соотношении сил, был полностью разбит. Адмирал Г. А. Спиридрнов доносил: « Флот остановили, разбили, разломали, сожгли, на небо пустили, потопили, в пепел пустили».
Воссоздание в полотнах стихии сражения, когда рвутся ядра, соединяются воедино день и ночь, кажется, горят не только корабли, но вода и небо, вызывало в самом художнике накал чувств. Интерес к изображению событий, выходящих за пределы обыденного, состояние природы во время бурь и штормов – это проявление романтического восприятия мира, природы.
Среди морских баталий есть у Айвазовского картина, решенная для этого жанра совершенно необычно. Бриг «Меркурий» после победы над двумя турецкими судами встречается с русской эскадрой. Художник воспроизвел события русско-турецкой войны 1828-1829 годов. Он изобразил не сам бой, а момент, когда израненный, с пробитыми парусами, не сдавшийся российский корабль, вынудивший неприятельские корабли отступить, идет навстречу русской эскадре. В таком решении батального эпизода передана высокая поэзия непоказного героизма и воинского мужества.
Прямая причастность Айвазовского к судьбам российского флота особенно ярко проявилась во время крымской войны. Но по долгу службы, но по зову сердца художник несколько раз ездил в сражающийся, а затем и осажденный город. Славную победу русского флота над турецким запечатлел Айвазовский в картине Севастопольский бой. Несколько недель он прожил в Севастополе, собирая необходимый материал для картины, и сделал два ее варианта.
Он не только наблюдал и делал заметки в альбомах, чтобы на их основе создать картины, прославляющие героизм защитников Севастополя. Написал картины о «севастопольской страде», он привез их в осажденный город и открыл выставку, которая много способствовала поднятию духа солдат, сражающихся на бастионах. Один из защитников Севастополя, мичман Иванов, писал родным из осажденного города: «Сегодня второй день, как Айвазовский открыл выставку своих картин… перед этими картинами постоянно куча народа, в особенности из офицеров. Первая картина представляет начало Синопского сражения. Картина чрезвычайно верно сделана, - это сказал Нахимов, герой Синопа». Молодой офицер, писавший это письмо, погиб, защищая Севастополь.
Также погибли при обороне города старые добрые друзья художника адмиралы Корнилов и Нахимов, а российские парусные корабли, отслужив свою службу, погрузились во влажную могилу Корабельной бухты, преградив флоту неприятеля вход на рейд Севастополя. Тысячи матросов остались на окровавленной севастопольской земле. Картина Осада Севастополя, как огромная панорама, включает в себя все пространство осажденного города.
Память и боль об этих событиях и утрата никогда не покидала художника. На склоне жизни, в 1983 году, он написал картину Малахов курган и на обороте ее сделал надпись: «Место, где смертельно был ранен Корнилов». Годом раньше создал полотно-воспоминание Корабль «Мария» во время шторма. Это был флагманский корабль адмирала Нахимова, на котором он командовал Синопским сражением.
События русско-турецкой войны 1877-1878 годов также не миновали Айвазовского. Он внимательно следил за военными событиями, откликаясь на них своим творчеством. В его мастерской вновь возникали картины о сражениях русского и турецкого флотов, воспроизводившие живописную хронику событий. Одна из них изображала теперь уже не парусный корабль, но пароход – «Великий князь Константин» на Сухумском рейде во время минной атаки. Командовал кораблем молодой капитан С. О. Макаров, который обессмертил свое имя во время русско-японской войны уже в начале XX столетия. Военные действия на море подошли вплотную к Феодосии, и художник с семьей вынужден был уехать из города. Его феодосийский дом, как солдат получил настоящее ранение. Два снаряда попали в него, разрушив часть фасада и разбив в гостиной мраморные бюсты Айвазовского и Пушкина.
После окончания Балканской войны Айвазовский редко обращался к батальному жанру. Времена парусного флота миновали. На смену искусно сработанным кораблям, которые воображением художника воспринимались как неотъемлемая и прекрасная часть вольной морской стихии, пришел броненосный флот, обитый металлом, с дымящими пароходными трубами. Это была новая эстетика, которую призваны были воспевать художники следующих поколений. На картинах Айвазовского по-прежнему сливались воедино с морем гордые и прекрасные парусники. Не батальная, но также посвященная славной истории российского флота картина Ледяные горы исполнена в память о русской экспедиции к берегам Антарктиды, предпринятой в 1819-1820 годах. Два парусных шлюпа «Восток» и «Мирный» совершили беспримерный по трудности переход к берегам ледяного континента, подтвердив его существование. Об этой экспедиции Айвазовский слышал от адмирала М. П. Лазарева, с которым его связывала многолетняя служба. А в те далекие годы молодой капитан командовал шлюпом «Мирный».
Дружба Айвазовского с российским морским флотом не прерывалась в течение всей жизни художника. Моряки платили ему ответной искренней любовью. Не однажды по их приглашению он принимал участие в самых разных плаваниях. Специально для него в мирное время с корабельных пушек стреляли ядрами, чтобы художник мог наблюдать, как рикошетом они летят по глади воды. Отмечая в Феодосии в 1846 году десятилетие своего творчества, Айвазовский в качестве дара к юбилею принял визит неожиданно пришедших в Феодосию военных кораблей. Во главе флотилии шел флагманский корабль российского флота «Двенадцать апостолов», руководимый адмиралом Корниловым. Корабли салютовали художнику Главного Морского штаба.
Вполной зрелости своего таланта, когда каждая его картина, появлявшаяся на выставке, встречалась с одобрительным интересом, а под час и с энтузиазмом, когда художник едва успевал выполнять заказы на новые и новые произведения, когда он был обласкан вниманием зрителей, художественной критики и самого императора, Айвазовский неожиданно для окружающих принял решение оставить Петербург и навсегда поселиться в родной Феодосии.
После завершения осенью 1845 года плавания с адмиралом Литке Айвазовский обратился в Главный Морской штаб и Академию художеств с просьбой продлить ему пребывание в Крыму для окончания начатых картин с видами черноморских портов, а также сюжетов из путешествия к берегам Малой Азии и Турции и получил разрешение остаться в Крыму до мая месяца. Но у художника уже созрело решение о строительстве дома и мастерской с тем, чтобы основным местом его жизни оставалась Феодосия. Ему всегда бывало удобно здесь работать. Он и раньше пользовался любым поводом, чтобы не торопиться из родных мест в Петербург.
Нестор Кукольник, всегда живо реагировавший в своей газете на появление новых произведений Айвазовского, писавший о его успехах за границей или о новых путешествиях неутомимого художника, сообщал читателям о том, что Айвазовский начал строить в Феодосии небольшую виллу. «Не верится, что он хочет там остаться, но … край, где природа тепла и роскошна, где волнуется одно из самых картинных морей, - такой край, без сомнения, может служить лучшей академией для художников по части морской и пейзажной живописи», - объяснял Кукольник своим читателям решение художника.