В 1529—1530 годах, при царе Василии III, итальянский зодчий Алевиз Новый возвел в северо-восточной части Кремля (близ Спасских ворот) собор Вознесенского девичьего монастыря в честь Вознесения Господня — на месте прежнего, заложенного еще святой Евфросинией Московской — вдовой Дмитрия Донского (до пострига — великая княгиня Евдокия Дмитриевна).
Первый храм стали строить в мае 1407 года, но при жизни преподобной Евфросинии успели сделать немного, и дело продолжила ее невестка — великая княгиня Софья Витовтовна. Однако пожар 1415 года уничтожил стены и своды возводимого храма, и через 50 лет великая княгиня Мария Ярославна, супруга великого князя Василия Темного, хотела разобрать и заново построить Вознесенский храм. Однако некто Василий Ермолин придумал с мастерами-каменщиками обгорелые стены обложить новым кирпичом, своды храма, сломавши, возвести новые. И когда это было сделано, современники очень дивились сему, не видя ничего подобного в строительном деле. (Вознесенский храм впоследствии еще несколько раз подвергался пожарам, но каждый раз восстанавливался; окончательно он был возобновлен в 1721 году.)
Преподобная Евфросиния вела подвижническую жизнь, построила еще несколько церквей и монастырей и скончалась 7 июля 1407 года. Оплаканная сыновьями своими, боярами и всем народом, она была погребена на месте, заранее приготовленном ею самой — внутри еще строившегося храма Вознесения. Преподобная Евфросиния удостоилась прославления и после своей кончины: много раз видели, что у ее гроба сама собой возгоралась незажженная свеча, что являлось доказательством святости погребенной. Таким образом, в первой трети XV века в Кремле было две усыпальницы: Архангельский собор — для государей и Вознесенский — для их близких родственников. И до 1731 года Вознесенский собор оставался некрополем всех княгинь, цариц и царевен.
В Вознесенском соборе покоится и Мария Борисовна, дочь тверского князя Бориса Александровича. Она была обручена с московским князем Иваном III, когда ему было всего 7 лет. Через это обручение родители их, бывшие до того времени заклятыми врагами, заключили союз против вероломных действий князя Дмитрия Шемяки, стремившегося овладеть Московским княжеством в ущерб законному великому князю московскому Василию. По отзывам «Русского летописца», Мария Борисовна была смиренной и доброй, но недолго она могла утешать своими добродетелями Ивана III. Прожив в супружестве 5 лет, великая княгиня внезапно скончалась в апреле 1467 года. Великого князя в Москве тогда не было, и усопшую со всеми почестями погребли в Вознесенском соборе митрополит Филипп I и мать Ивана III, великая княгиня Мария Ярославна. Последняя по кончине своей была погребена рядом — в юго-западном углу храма.
Направо от южных ворот первой располагалась гробница великой княгини Евдокии Лукиановны, второй супруги царя и великого князя Михаила Федоровича, скончавшейся в августе 1645 года. Через год на ее надгробие был сделан драгоценный бархатный покров и Поставлена золотая братина, принадлежавшая ей при жизни. В следующей гробнице похоронена великая княгиня Мария Ильинична — первая супруга царя и великого князя Алексея Михайловича. Она скончалась 3 марта 1669 года в возрасте 44 лет. В течение трех лет по ее кончине государь и супруг ее пожертвовал в монастырь две печатные книги бесед святого Иоанна Златоуста с надписью на них и устроил над надгробием великой княгини бархатный покров, а также подарил в монастырь серебряное золоченое блюдо.
В третьей могиле у южных ворот покоилась Наталья Кирилловна Нарышкина, вторая супруга царя Алексея Михайловича и мать Петра I. В середине января 1694 года она почувствовала первые признаки предсмертной болезни и 20 числа призвала к себе патриарха Адриана с духовенством, приобщилась Святых Тайн, освятилась елеем и благословила обоих царей, Ивана и Петра. В следующие три дня государыня повелела отдать все свои царские одеяния в церкви, сокровища разделить между бедными, а накануне кончины своей (24 января) упросила царей сложить казенные долги и отпустить узников.
Петр I был глубоко опечален кончиной матери, велика была скорбь и всего народа православного, лишившегося в лице Натальи Кирилловны своей благодетельницы. Когда гроб с ее телом вынесли из царского дома, великое множество людей всякого звания бросилось к нему со слезами, и погребальное шествие с трудом могло двигаться среди рыдающей толпы к Вознесенскому собору.
Великие князья и государи российские много жертвовали в Вознесенский собор, и в его ризнице постепенно скапливались большие сокровища. Но в 1812 году французы, не пощадившие кремлевские дворцы и соборы, многое растащили и из Вознесенского собора. Правда, некоторые реликвии и вещи из утвари храма и ризницы уцелели благодаря игуменье Трифене, которая перевезла их в Вологду.
В 1822 году стараниями игуменьи Афанасии и на добровольные пожертвования над мощами преподобной Евфроси-нии была устроена бронзовая высеребренная чеканная рака с сенью над ней. Через 50 лет мать-игуменья Сергия устроила более благолепную раку с балдахином для мощей преподобной Евфросинии, тогда же был украшен драгоценными камнями и золотом и киот у ее гробовой иконы.
В 1929—1930 годы Вознесенский монастырь снесли, а на его месте построили школу курсантов им. ВЦИК (ныне — один из корпусов бывшего Президиума Верховного Совета СССР). Благодаря стараниям комиссии, созданной архитекторами В.К. Клейном и Н.Н. Померанцевым, саркофаги не были уничтожены, и их перенесли в подвал южной пристройки Архангельского собора (Судную палату). Более того, во время переноса их вскрыли и исследовали. При вскрытии саркофага Софьи Палеолог ученые обнаружили ее останки, завернутые в саван из итальянской камки, сделанный куколем (то есть углом на голове). На белокаменной крышке сохранилась надпись в технике граффити, состоящая только из одного слова — Софья.
Софья (Зоя) Палеолог после гибели Византийской империи воспитывалась при дворе римского папы. В 1469 году римской престол предложил великому князю московскому Ивану III заключить с ней брак, имея при этом в виду далеко идущие планы — окатоличить Русь и привлечь ее к военному союзу против грозной опасности с Востока. Переговоры продолжались долго и только в 1471 году привели к желанному результату. После длительного путешествия через всю Европу Зоя Палеолог 12 ноября 1472 года прибыла в Москву, где в тот же день состоялось ее венчание с великим князем.
Долгая жизнь греческой царевны на новой родине была богата событиями, и одной из главных проблем был возникший в конце 1490-х годов вопрос о престолонаследии, так как у великого князя от первого брака с тверской царевной Марией Борисовной был сын, что не раз приводило к осложнениям отношений между супругами.
Великая княгиня умерла в 1503 году, считается, что в возрасте 60лет, так как точная дата ее рождения неизвестна.
Софью Палеолог погребли в юго-западном углу Вознесенского храма. Над ее могилой не было надгробного памятника с резной плитой и надписью, так как она со всех сторон была окружена надгробиями соседних захоронений. Саркофаг ее был сделан с полукруглым изголовьем и мягкими плечиками. Как и в большинстве саркофагов данного некрополя, в головной части погребального сооружения Софьи Палеолог сделано специальное возвышение в форме ступеньки высотой 3 сантиметра. Снаружи гроб тщательно отделан, но на поверхностях внутренних стенок и на дне саркофага видны следы работы теслом.
Гробница Софьи Палеолог вскрывалась еще и в 1984 году. И в этот раз исследователи обнаружили только несколько мелких обрывков ее савана: другие остатки погребальных одежд великой княгини не сохранились. На лобной части черепа Софьи Палеолог была найдена также только часть волосника (сетчатой шапочки, в которую укладывались волосы), который по своей конструкции несколько отличался от традиционных головных уборов того времени.
Великие княгини, царицы и царевны погребались в основном в простой светской одежде, в монашеском облачении — единицы. Из цариц только Мария Долгорукова (первая жена царя Михаила Федоровича Романова) похоронена в парчовом платье. В саркофагах также отсутствовали какие-либо украшения, в том числе и кресты. Лишь у одной из сестер Петра I на пальце было золотое кольцо.
При вскрытии захоронения Марфы Собакиной (третьей жены Ивана Грозного) (Ученые предполагают, что ее, видимо, отравили сразу же после свадьбы) был обнаружен удивительный биологический феномен. Она лежала в гробу как живая и не была тронута тлением. Специалисты считают, что неизвестное ядовитое вещество, которым отравили новобрачную, со временем забальзамировало ее тело.
В настоящее время и мужские и женские захоронения русских князей, княгинь, царей, цариц и царевен находятся вместе — в Архангельском соборе. Исключение составляет только Соломония — первая жена царя Василия III, дочь Ю.К. Сабурова, потомка выходца из татарской Орды Мурзы-Чета.
После 21 года супружества они не имели детей. Великий князь и княгиня жертвовали вклады во многие монастыри, ездили на поклонение святым местам, применяли «чары и ворожбу», раздавали милостыни, но ничего не помогало. И тогда Василий III решился на развод, а Соломонию под именем Софьи постригли в монахини в московском Рождественском монастыре и сослали в Каргополь. Однако к ней шло очень много паломников, после чего решено было отправить ее в Суздаль — в Покровский женский монастырь.
Великий князь женился во второй раз — на Елене Глинской, и через 3 года у них родился сын Иоанн — будущий Иван IV Грозный. Таким образом, считается, что главной причиной пострига Соломонии была бездетность царицы, однако, по известной в научном мире «Легенде о принце Георгии», ее постригли, когда она была уже беременной.
Из Суздаля по всей стране расползались слухи, что ссыльная Соломония родила сына Георгия, и из документов известно, что это не было выдумкой. Чтобы обезопасить сына, Соломония будто бы отдала его на воспитание верным людям, а сама распустила слух о смерти младенца. Было инсценировано даже его погребение, когда с подобающими обрядами была захоронена деревянная кукла.