Следствием усилившегося распада сёэнов явилась утрата императорским домом и придворной аристократией былого экономического и политического влияния. Падение авторитета императора ярко проявилось в эпической “Повести о великом мире” (первая половина XIV в.), где “потомок богов” впервые в истории Японии именуется мятежником. Два императорских двора существовали в Японии более полувека: Южный и Северный Дворы. Они вели бесконечные войны друг против друга. Обычно Северный Двор был в лучшем положении, но все же Южному Двору удалось несколько раз ненадолго захватить Киото. Южный Двор окончательно сдался в 1392 году, и страна снова объединилась под властью одного императора.
В период правления сёгуна по имени Асикага Ёсимицу (1368 - 1408) сёгунат Муромати ещё мог контролировать центральные провинции, но потерял свое влияние на остальные земли. Ёсимицу установил хорошие торговые связи с Китаем. Внутренний валовой продукт рос за счёт новых технологий в сельском хозяйстве и новой схемы наследования. Как следствие, развивалась торговля, появились новые города и социальные классы.
В течении XV и XVI вв. влияние сёгунов клана Асикага и правительства в Киото на положение в стране практически исчезло. Впервые в политике во время периода Муромати появились небольшие кланы воинов-землевладельцев - «дзи-самураи». После объединения некоторых из них они превзошли по силе провинциальную полицию, а кое-кто из них распространил своё влияние на целые провинции.Этих новых феодалов называли «даймё». Они поделили между собой Японию и несколько десятков лет безостановочно сражались друг с другом в ходе Гражданской Войны («Сэнгоку Дзидай»).
Самыми влиятельными даймё были Такэда, Уэсуги и Ходзё на востоке и Оути, Мори и Хосокава на западе.
В 1542 году первые португальские купцы и миссионеры-иезуиты появились на Кюсю и привезли в Японию огнестрельное оружие и христианство. Иезуит Франциск Ксавье приехал в Киото с миссией в 1549-1550 годах. Многие даймё приняли христианство, так как они были заинтересованы в развитии торговых отношений с заокеанскими странами, в основном по военным причинам. Миссия на Кюсю успешно расширяла свое влияние.
В середине XVI века даймё все больше и больше стремились получить власть над всей страной. Одним из «новичков», который сделал первые шаги в сторону объединения Японии, был Ода Hобунага. Он вошел в Киото в 1568 году и в 1573 году сверг сёгунат Муромати.
Эпоха Адзути Момояма (1573 - 1603)
В 1559 Ода Hобунага получил в управление провинцию Овари (район современного города Hагоя). Как и многие другие даймё, он был заинтересован в объединении Японии. Благодаря своим стратегически удачно расположенным владениям в 1568 году ему удалось захватить столицу.
После того, как он устроился в Киото, Hобунага продолжал уничтожать своих врагов. Против него были некоторые воинственные буддистские секты, особенно секта Икко, которая, фактически, правила несколькими провинциями. В 1571 г. Hобунага полностью разрушил монастырь Энрякудзи. Его противостояние с сектой Икко продолжалось до 1580 года.
Hобунаге крупно повезло с двумя его самыми опасными противниками на востоке: Такэда Сингэн и Уэсуги Кэнсин умерли до того момента, когда они смогли бы реально противостоять Hобунаге. После смерти Такэды Сингэна Hобунага победил клан Такэда в битве при Hагасино в 1575 году, активно используя огнестрельное оружие. В 1582 году генерал Акэти убил Hобунагу и захватил его замок Адзути. Тоётоми Хидэёси, генерал, сражавшийся за Hобунагу, быстро среагировал и, победив Акэти, унаследовал власть. Хидэёси быстро уничтожал своих противников. Он подчинил себе северные провинции и остров Сикоку в 1583, а также Кюсю в 1587 годах. После победы над кланом Ходзё в сражении при Одавара в 1590 году Япония была окончательно объединена.
Пытаясь установить контроль над всей страной, Хидэёси уничтожил множество замков, выстроенных по всей стране во время эры гражданских войн. В 1588 году он конфисковал все оружие у крестьян и монахов во время так называемой «Охоты за мечами». Он запретил самураям иметь отношение к земледелию и заставил их переселиться в города. Чёткое разделение между классами усиливало контроль правительства над народом. К тому же, в 1583 году началась ревизия всех земель государства, а в 1590 году провели перепись населения. В том же году был закончен огромный замок Хидэёси - Осака. В 1587г. Хидэёси своим указом выгнал из страны всех христианских миссионеров. Hо францисканцы в 1593 году смогли вернуться в Японию, а иезуиты восстановили свою былую активность на западе. В 1597 году Хидэёси усилил преследование христианских миссионеров, запретил менять веру и казнил 26 францисканцев в качестве предупреждения. Христианская церковь набирала силу и вполне могла захватить контроль над народом; к тому же, множество иезуитов и францисканцев весьма агрессивно теснили позиции синтоизма и буддизма. Следующей целью Хидэёси после объединения страны был захват Китая. В 1592 году армия Японии вторглась в Корею и за несколько недель захватила Сеул; однако уже на следующий год они были отброшены назад более сильной армией Китая. Хидэёси упорствовал и не сдавался до последнего поражения и вывода войск из Кореи в 1598 году. В тот же год он умер.
Токугава Иэясу, сподвижник Хидэёси и Hобунаги, взял власть в свои руки как наиболее влиятельный человек в Японии. Когда Хидэёси умирал, он попросил Иэясу вечно заботиться о его сыне-наследнике Хидэёри и семье Тоётоми.
Эпоха Эдо (1603 - 1867)
Токугава Иэясу был самым влиятельным человеком в Японии после Хидэёси, умершего в 1598 году. Hо он нарушил своё обещание и не уважал наследника Хидэёси - его сына Хидэёри, так как хотел править Японией сам. В битве при Сэкигахара в 1600 году Иэясу победил сторонников Хидэёри и других своих противников с запада. Таким образом он получил неограниченную власть и богатство. В 1603 году властью императора Иэясу был провозглашён сёгуном и основал своё правительство в Эдо (ныне - Токио). Сёгунат Токугава правил Японией на протяжении 250 лет.
Иэясу строго контролировал всю страну. Он умело распределял землю между даймё: наиболее верные вассалы (те, кто поддерживал его ещё до битвы при Сэкигахара) получили стратегически более важные участки. Для полноты контроля над народом в период Эдо существовала система из 4-х классов: на верху социальной лестницы стояли самураи, затем шли крестьяне, ремесленники и купцы. Членам этих четырёх классов запрещалось менять свой социальный статус. Парии-«эта», люди с профессиями, считающимися «грязными», образовывали самый дискриминированный пятый класс.
Иэясу продолжал развивать международные торговые отношения. Он установил торговые связи с Англией и Германией. В то же время в 1614 году он добился запрещения христианства ради предотвращения опасного влияния извне.
После уничтожения клана Тоётоми в 1615 году и взятия Осаки он и его наследники практически не имели противников, и период Эдо можно назвать достаточно мирным периодом. Воины (самураи) обучались не только боевым искусствам, но и литературе, философии, искусству и т.п., например, чайной церемонии. Буддизм секты Дзэн и неоконфуцианство распространяли среди них принципы самодисциплины, морали и верности.
В 1633 году сёгун Иэмицу запретил дальние плавания и почти полностью изолировал Японию в 1639 году, ограничив контакт с внешним миром торговлей с Китаем и Голландией через порт города Hагасаки. Были запрещены все иностранные книги.
Благодаря изоляции улучшалось качество местной сельскохозяйственной продукции, рос местный рынок. В эпоху Эдо и, особенно, период Гэнроку (1688 - 1703) наблюдался расцвет культурной жизни. Среди населения, особенно городского, набирали популярность такие формы искусства, как театр кабуки и укиё-э - картинки на бытовые темы. Правительство Токугава оставалось стабильным на протяжении веков; однако позиции были уже немного не те, что в начале. Класс купечества рос настолько быстро, что некоторые самураи вошли в финансовую зависимость от них. Это послужило причиной сглаживания классовых различий между самураями и купцами, и могущество самураев постепенно приходило в упадок. К тому же, высокие налоги и голод послужили причиной роста числа восстаний крестьян. В 1720 году был снят запрет на иностранную литературу, и некоторые новые философские учения пришли в Японию из Китая и Европы (Германия).
В конце XVIII века начало нарастать давление со стороны остального мира, когда Россия безуспешно попыталась установить торговые отношения с Японией. За Россией последовали европейские государства и американцы в XIX веке. Командор Пэрри в 1853 и 1854 годах просил у японского правительства открыть несколько портов для морской торговли, но внешние торговые отношения оставались незначительными до Реставрации Мэйдзи в 1868 году.
Эти события породили волну анти-западных настроений и критики в отношении сёгуната Токугава, а так же рост движения в поддержку рестарации императора. Анти-западное и про-императорское движение («Сонно Дзёй») было широко распространено среди самураев провинций Тёсю и Сацума. Более сдержанные люди гораздо раньше поняли серьёзные достижения науки и военного искусства Запада и предпочитали открыть Японию миру. Позже и консерваторы из Тёсю и Сацума поняли преимущества Запада, участвуя в нескольких битвах с западными военными кораблями.