Существует мнение, что художник что-то зашифровал в своей картине и в частности в знаменитой улыбке Джоконды. Едва заметное движение губ и глаза вписываются в правильный круг, чего нет на картинах ни Рафаэля, ни Микеланджело, ни Боттичелли - других гениев Ренессанса. Фон у "Мадонн" - всего-то темная стена соответственно с одной и двумя прорезями окон. В этих картинах все ясно: мать с любовью смотрит на свое дитя.
Вероятно, что для Леонардо эта картина была наиболее сложным и удачным упражнением в использовании сфумато, а фон картины - результат его исследований в области геологии. Вне зависимости от того, был ли сюжет светским или религиозным, пейзаж, обнажающий "кости земли", постоянно встречается в творчестве Леонардо. Тайны Природы, постоянно мучившие великого Леонардо да Винчи, художник воплотил во взгляде Моны Лизы, всепроникающем, направленным как бы из глубины темной пещеры. В подтверждение этого - слова самого Леонардо: "Подчиняясь жадному своему влечению, желая увидеть великое множество разнообразных и странных форм, произведенных искусной природой, блуждая среди темных скал, я подошел ко входу в большую пещеру. На мгновение я остановился перед ней, пораженный… Я наклонился вперед, чтобы разглядеть, что происходит там, в глубине, но великая темнота мешала мне. Так пробыл я некоторое время. Внезапно во мне пробудилось два чувства: страх и желание; страх перед грозной и темной пещерой, желание увидеть, нет ли чего-то чудесного в ее глубине".
Размышления Леонардо о пространстве, линейной перспективе и выражении разнообразных эмоций в живописи вылились в создание фрески "Тайная вечеря", написанной в экспериментальной технике на дальней торцовой стене трапезной монастыря Санта Мария делле Грацие в Милане в 1495-1497 гг.
В связи с "Тайной вечерей" Вазари приводит в своем жизнеописании Леонардо забавный эпизод, прекрасно характеризующий манеру работы художника и его острый язык. Недовольный медлительностью Леонардо, приор монастыря настойчиво требовал от него, чтобы он скорее закончил свое произведение. "Ему казалось странным видеть, что Леонардо целую половину дня стоит погруженный в размышление. Он хотел, чтобы художник не выпускал кисти из рук, наподобие того, как не прекращают работу на огороде. Не ограничиваясь этим, он пожаловался герцогу и так стал донимать его, что тот был вынужден послать за Леонардо и в деликатной форме просить его взяться за работу, всячески давая при этом понять, что все это он делает по настоянию приора". Затеяв с герцогом разговор на общие художественные темы, Леонардо затем указал ему, что он близок к окончанию росписи и что ему остается написать лишь две головы - Христа и предателя Иуды. "Эту последнюю голову он хотел бы еще поискать, но в конце концов, если он не найдет ничего лучшего, он готов использовать голову этого самого приора, столь навязчивого и нескромного. Это замечание весьма рассмешило герцога, сказавшего ему, что он тысячу раз прав. Таким-то образом бедный смущенный приор продолжал подгонять работу на огороде и оставил в покое Леонардо, который закончил голову Иуды, оказавшуюся истинным воплощением предательства и бесчеловечности".
К миланской росписи Леонардо готовился тщательно и долго. Он выполнил множество набросков, в которых изучал позы и жесты отдельных фигур. "Тайная вечеря" привлекла его не своим догматическим содержанием, а возможностью развернуть перед зрителем большую человеческую драму, показать различные характеры, вскрыть душевный мир человека и точно и ясно обрисовать его переживания. Он воспринял "Тайную вечерю" как сцену предательства и поставил себе целью внести в это традиционное изображение то драматическое начало, благодаря которому оно приобрело бы совсем новое эмоциональное звучание.
Обдумывая замысел "Тайной вечери", Леонардо не только выполнял наброски, но и записывал свои мысли о действиях отдельных участников этой сцены: "Тот, который пил и поставил кубок на место, обращает голову к говорящему, другой соединяет пальцы обеих рук и с нахмуренными бровями взирает на своего сотоварища, другой показывает ладони рук, приподнимает плечи к ушам и выражает ртом удивление..." В записи не указаны имена апостолов, но Леонардо, по-видимому, ясно представлял себе действия каждого из них и место, которое каждый призван был занять в общей композиции. Уточняя в рисунках позы и жесты, он искал таких форм выражения, которые вовлекли бы все фигуры в единый водоворот страстей. Он хотел запечатлеть в образах апостолов живых людей, каждый из которых по-своему откликается на происходящее событие.
"Тайная вечеря" - самое зрелое и законченное произведение Леонардо. В этой росписи мастер избегает всего того, что могло бы затемнить основной ход изображенного им действия, он добивается редкой убедительности композиционного решения. В центре он помещает фигуру Христа, выделяя ее просветом двери. Апостолов он сознательно отодвигает от Христа, чтобы еще более акцентировать его место в композиции. Наконец, в этих же целях он заставляет сходиться все перспективные линии в точке, непосредственно расположенной над головой Христа. Учеников Леонардо разбивает на четыре симметрические группы, полные жизни и движения. Стол он делает небольшим, а трапезную - строгой и простой. Это дает ему возможность сосредоточить внимание зрителя на фигурах, обладающих огромной пластической силой. Во всех этих приемах сказывается глубокая целеустремленность творческого замысла, в котором все взвешено и учтено.
Основной задачей, которую поставил себе Леонардо в "Тайной вечере", была реалистическая передача сложнейших психических реакций на слова Христа: "Один из вас предаст меня". Давая в образах апостолов законченные человеческие характеры и темпераменты, Леонардо заставляет каждого из них по-своему реагировать на произнесенные Христом слова. Именно эта тонкая психологическая дифференциация, основанная на разнообразии лиц и жестов, и поражала более всего современников Леонардо, особенно при сопоставлении его росписи с более ранними флорентийскими изображениями на эту же тему кисти Тадео Гадди, Андреа дель Кастаньо, Козимо Росселли и Доменико Гирландайо. У всех этих мастеров апостолы сидят спокойно, наподобие статистов, за столом, оставаясь совершенно безучастными ко всему происходящему. Не имея в своем арсенале достаточно сильных средств для психологической характеристики Иуды, предшественники Леонардо выделяли его из общей группы апостолов и располагали в виде совершенно изолированной фигуры перед столом. Тем самым Иуда искусственно противопоставлялся всему собранию как изгой и злодей. Леонардо смело ломает эту традицию. Его художественный язык достаточно богат, чтобы не прибегать к подобным, чисто внешним эффектам. Он объединяет Иуду в одну группу со всеми прочими апостолами, но придает ему такие черты, которые позволяют внимательному зрителю сразу же опознать его среди двенадцати учеников Христа.
Каждого из учеников Леонардо трактует индивидуально. Подобно брошенному в воду камню, порождающему все более расходящиеся по поверхности круги, слова Христа, упавшие среди мертвой тишины, вызывают величайшее движение в собрании, за минуту до того пребывавшем в состоянии полного покоя. Особенно импульсивно откликаются на слова Христа те три апостола, которые сидят по его левую руку. Они образуют неразрывную группу, проникнутую единой волей и единым движением. Молодой Филипп вскочил с места, обращаясь с недоуменным вопросом к Христу, Иаков старший в возмущении развел руками и откинулся несколько назад, Фома поднял руку вверх, как бы стремясь отдать себе отчет в происходящем. Группа, расположенная по другую сторону Христа, проникнута совершенно иным духом. Отделенная от центральной фигуры значительным интервалом, она отличается несравненно большей сдержанностью жестов. Представленный в резком повороте Иуда судорожно сжимает кошель со сребрениками и со страхом смотрит на Христа; его затененный, уродливый, грубый профиль контрастно противопоставлен ярко освещенному, прекрасному лицу Иоанна, безвольно опустившего голову на плечо и спокойно сложившего руки на столе. Между Иудой и Иоанном вклинивается голова Петра; наклонившись к Иоанну и опершись левой рукой о его плечо, он что-то шепчет ему на ухо, в то время как его правая рука решительно схватилась за меч, которым он хочет защитить своего учителя. Сидящие около Петра три других апостола повернуты в профиль. Пристально смотря на Христа, они как бы вопрошают его о виновнике предательства. На противоположном конце стола представлена последняя группа из трех фигур. Вытянувший по направлению к Христу руки Матфей с возмущением обращается к пожилому Фаддею, как бы желая получить от него разъяснение всего происходящего. Однако недоуменный жест последнего ясно показывает, что и тот остается в неведении.
Далеко не случайно Леонардо изобразил обе крайние фигуры, сидящие по краям стола, в чистом профиле. Они замыкают с обеих сторон идущее от центра движение, выполняя здесь ту же роль, которая принадлежала в "Поклонении волхвов" фигурам старика и юноши, поставленных у самых краев картины. Но если психологические средства выражения у Леонардо не поднимались в этом произведении ранней флорентийской эпохи выше традиционного уровня, то в "Тайной вечере" они достигают такого совершенства и глубины, равных которым напрасно было бы искать во всем итальянском искусстве XV века. И это прекрасно понимали современники мастера, воспринявшие "Тайную вечерю" Леонардо как новое слово в искусстве.
Метод росписи масляными красками оказался очень недолговечным. Уже через два года Леонардо пришёл в ужас, видя своё произведение так сильно изменившимся. А через десять лет он вместе с учениками пробует произвести первые реставрационные работы. Всего в течение 300 лет было сделано восемь реставраций. В связи с этими попытками на роспись были неоднократно нанесены новые слои красок, значительно исказившие оригинал. К тому же, к началу XX века, ноги Иисуса Христа оказались полностью стёрты, так как постоянно открывающаяся дверь столовой соприкасалась как раз с этим местом. Дверь прорубили монахи для прохода в столовую, но поскольку это было сделано в 1600-ых годах, то она является исторической дырой и замуровать её нет никакой возможности.