Новые церкви, которые строились иноземными и русскими зодчими, расписывались и снабжались иконами большей частью русскими мастерами. Так, в 1481 году иконописцы Дионисий, поп Тимофей, Ярец и Коня, «написали деисус с праздники и пророки вельми чюден в новую церковь Пречистыя Богородицы соборные в Москве»; в 1488 году мастер Долмат иконописник подписывал церковь Сретения на посаде; в 1514-1515 годах новгородские, по-видимому, мастера украсили фресками Успенский собор в Москве. После большого Московского пожара, когда сгорели многие церкви, царь послал за иконами в другие города, вызвал новгородских и псковских иконописцев и велел им снять копии; псковские мастера отпросились домой, написали там копии с местных икон. Так, Москва и в области иконографии сконцентрировала в себе все, что тогда было лучшего на Руси — как художественные образцы, так и художественные силы. Московское иконное письмо в общем воспроизводило манеру и традиции старого русского искусства, развивавшегося под византийским влиянием. Но в XVI веке можно заметить в нем уже реалистические черты, навеянные западным, итальянским влиянием. Этот «фряжский» стиль, отличающийся стремлением к природе, обнаруживающий знакомство с анатомией человеческого тела, заметен в работах даже некоторых псковских мастеров (в картине «Во гробе плотски»), но в особенности во фресках Благовещенского собора, открытых в 1884 году академиком Фартусовым.
Кроме церковной живописи, в Москве в XVI веке развивается светская, палатная живопись эмблематического характера. Эмблематической живописью изукрашены были царские палаты — Грановитая, Золотая, Расправная, Ответная и т. п. Здесь между прочим изображены были День и Ночь, лица четырех Ветров, Любовь со Стрелком, олицетворения добродетелей — мужества, разума, целомудрия,правды — и противоположных им пороков, изображены ангелы Страха Божия, ангел, держащий Солнце, Господь в виде ангела, держащего зеркало и меч, и т. д. Наконец, необходимо отметить успехи живописи исторической, проявившиеся особенно в роскошных миниатюрах, которыми украшена Царственная книга.