В 1723 году церковь перестроили и освятили во имя прп. Ферапонта. Ге-рард Фридрих Миллер, побывавший в Можайске в 1778 году, записал о ней: "Хоть и небольшая, но весьма красивая круглая... каменная церковь во имя св. Ферапонта".
В 1928 году Ферапонтовский храм разобрали. На его месте (вероятно, при этом использовались фундамент и стены храма) устроили производственное помещение. Сейчас фундамент церкви расчищен, и можно попытаться представить себе, как выглядела она когда-то. Есть, между прочим, мнение, что до всех переделок XVIII-XIX веков она имела немало общих черт с церковью прп. Мартиниана в Ферапонтовой Белозерском монастыре. Мартиниановская церковь вполне могла строиться по образцу Ферапонтовской.
Длинное двухэтажное здание, известное сегодня как "келейный корпус", состоит на самом деле из трех "фрагментов", возведенных в разное время. В 1681 году построили каменные братские кельи (центральная часть нынешнего корпуса), затем в 1692 году к ним добавили настоятельский корпус, а в 1814 году с другой стороны братских келий появился казначейский корпус. В начале XX века, согласно записи, сделанной архимандритом Геронтием (Кургановским), келейный корпус выглядел так: "Против фасада главного собора, на западной стороне, протянулся во всю ширину монастыря каменный одноэтажный корпус братских келий, к нему тесно примыкают по обоим концам его двухэтажные флигеля". В советские годы корпус претерпел значительные переделки, в "позднесоветское время" здесь находились квартиры.
Ограда Лужецкого монастыря оставалась деревянной вплоть до 1680 года, когда начали возводить вокруг обители каменную стену. Сначала стена была покрыта тесом и имела четыре круглые башни по углам. Пятую башню, квадратную, возвели в 1768 году. К XVIII веку относится строительство и шестой башни. Она была, как и наиболее старые башни ограды, круглой.
В 1757 году стену вокруг монастыря отремонтировали, ибо она, как пишет архимандрит Дионисий (Виноградов), "пришла в такую ветхость, что часть ее в одном месте развалилась и заменена деревянным забором, а башни стояли без крыш, весьма ветхи, все расседались".
Далее архимандрит Дионисий указывает, что в 1780 году "часть ограды (25 погонных саженей) от Святых ворот к востоку переделана вновь, и три башни покрыты вновь, а въезжие ворота перенесены с западной стены на восточную, причем проезд к ним по монастырю мимо соборной церкви проложен по бывшему кладбищу". И далее: "При въезжих воротах находятся две каменные палатки: одна для рабочих, устроенная около 1784 года, по перенесении же сих ворот из северного конца западной стены в середину стены восточной, другая устроена около 1803 года и назначена была собственно для заседаний Можайского Духовного правления, продолжавшихся до 1826 года, а с того времени палатка сия остается порожнею, занимаемою иногда временными мастерами при производстве работ по монастырю".
Ремонтам и незначительным переделкам стена подвергалась и на протяжении всего XIX века. Значительный ущерб нанесли монастырской ограде (да и многим другим зданиям) французы, стоявшие в Лужецком монастыре в 1812 году.220 пробоин для орудий, сделанных ими в стене, "залатали" только к 1882 году.
В 1812 году иноки Можайского Лужецкого монастыря вместе со всем русским народом перенесли тяжелейшие испытания, заслужив слова признательности от главнокомандующего Михаила Илларионовича Кутузова.
18 августа 1812 года монастырь был объявлен на осадном положении. Около этого времени лужецкие насельники передали 2000 рублей на лечение раненых русских воинов, за что казначей иеромонах Иоасаф, управлявший тогда монастырем (настоятель архимандрит Евгений находился при митрополите Московском Платоне), получил благодарственное письмо от генерала Левицкого, который передавал "признательность главнокомандующего всеми армиями его светлости князя Голенищева-Кутузова". В начале 20-х чисел августа положение продолжало ухудшаться, и 23 августа инокам предложили оставить монастырь. Казначей воспротивился, но был вразумлен генералом Левицким: "За сие, - отчитывался он позже, - на меня с гневом кричал и приказал ехать в монастырь и убирать все драгоценности и со святых образов все серебряные оклады снимать, также с престолов все святые антиминсы взять..." 25 августа снабженная проездными документами братия, "по отслужении Божественной литургии и о победе молебна", отправилась в Москву. Многие при этом рыдали. Далее ее путь лежал в Толгский монастырь близ Ярославля.
26 августа произошла кровопролитная Бородинская битва. Спустя три дня Наполеон ночевал в Можайске, после чего двинулся дальше, оставив в городе маршала Жюно с Вестфальским корпусом. Более полутора месяцев в монастыре квартировали около четырех тысяч неприятельских солдат с 220 пушками, для которых французы пробили отверстия в монастырской ограде. С постройками оккупанты не церемонились - в церкви преподобного Ферапонта они устроили столярку, а во Введенском храме молотили рожь (в нижнем его этаже у них была конюшня).17 октября французы бежали из Можайска, подготовив обитель к уничтожению: по всем помещениям они разбросали мешки с порохом и подожгли соборный храм Рождества Пресвятой Богородицы. Спас положение монастырский служитель Иван Матвеев - сбежав из французского плена, он первым делом явился в монастырь и вынес все мешки с порохом в безопасное место. Вернувшаяся 10 ноября в обитель братия застала ее в удручающем виде. Особенно пострадал Богородице-Рождественский собор - цитируем донесение казначея иеромонаха Иосафа епископу Дмитровскому Августину от 12 ноября 1812 года: "Внутри иконостас сожжен, не осталось ничего, даже стенное писание и щекатурка обвалилась; наверху большая глава с кумполом и вся крыша, по причине деревянных стропил, сгорели; паперть сгорела; стулья и мебель все перебито, переломано и разграблено; ризница разбита и, что в ней оставалось - которые ризы и прочая мелкая посуда медная и оловянная и каменная, - все разграблено и унесено; также монастырские дела письменные все изорваны, по нужникам и в навозе валяются; книгохранительница вся изорвана..."
И монахи засучили рукава. Уже 13 ноября 1812 года совершилось первое богослужение в приведенном в порядок Введенском храме.
Шесть дней, которые в октябре 1941 года выстояла под Можайском 32-я стрелковая дивизия под командованием полковника Виктора Полосухина, спасли Москву, судьба которой тогда висела на волоске.
40-километровую линию обороны под Можайском (в нее входило и знаменитое Бородинское поле) заняла спешно переброшенная с Дальнего Востока 32-я стрелковая дивизия, усиленная дополнительными подразделениями. Командовал ею полковник Виктор Иванович Полосухин. Ему была поставлена задача на три дня задержать фашистские войска, рвавшиеся к Москве.10 октября 1941 года дивизия выгрузилась из вагонов в Можайске, а уже спустя два дня, 12 октября, боевые машины 10-й танковой дивизии немцев, а также моторизованная пехота 40-го корпуса и эсэсовской дивизии "Райх", попытались с ходу взломать оборонительные порядки наших войск. И встретили ожесточенное сопротивление на всем Можайском участке обороны, занимаемом полосухинской дивизией.
На 125-м километре Минского шоссе, близ деревни Ельни, появившиеся на противоположном пригорке фашистские танки, первыми вошедшие в соприкосновение с 32-й дивизией, были встречены шквальным артиллерийским огнем из так называемых "долговременных огневых точек" (дотов), в которых разместились пушки 17-го стрелкового полка.
Танки противника шли как на параде, с открытыми люками, явно не ожидая серьезной схватки. За что и поплатились. Один из тогдашних советских дотов сохранился до наших дней - это дот сержанта И. Харинцева, чей артиллерийский расчет, в который, помимо командира, входили бойцы В. Кравцов и С. Забелин, уже в первой стычке с немцами 12 октября подбил три вражеских танка, в следующие дни доведя победный счет до шести.
Потери немцев оказались столь велики, что некоторые полки им позже пришлось расформировать. Ни у Ельни, ни на Бородинском поле, где тоже разгорелись ожесточенные бои, фашисты так и не прошли - 18 октября они прорвали оборону на другом участке фронта и все-таки захватили Можайск. После этого сильно поредевшая дивизия Полосухина, дабы не оказаться в мешке, отступила. Эти шесть дней, вырванные у немцев, значили многое - противник явно выдыхался и спустя короткое время был окончательно остановлен на линии "Кубинка – Наро-Фоминск". В декабре с нее началось наступление наших войск, и фашистов отбросили от столицы. Москва была спасена.
Эта история получила удивительное продолжение в самом начале XXI века. На месте страшных боев, рядом с дотом сержанта Харинцева, в 2002 году решили возвести храм в честь Покрова 11ре-святой Богородицы. На высотке, которая прекрасно видна с шумной Минской трассы. И снова, как и в случае со Спасо-Бородинским монастырем, инициатива исходила от женщины-подвижницы - профессора Московского государственного университета прикладной биотехнологии Тамары Викторовны Чижиковой. Позже она признавалась, что сама не понимала, как ей удалось собрать деньги на строительство. "Это не я строила, - говорила Тамара Викторовна, - это моими руками строил Бог. Я благодарна Господу за то, что Он вразумил меня..."
Спроектировал новую церковь-памятник ("под колоколы", в русском стиле) архитектор Д.С. Соколов из архитектурно-художественных мастерских московского Данилова монастыря. А автором мозаичных икон, которые вскоре украсят храм, стала Ольга Дремина. На них изображены святитель Николай Мирликийский, святой благоверный князь Александр Невский и великомученик Георгий Победоносец. Для Ольги Дреминой это была не "проходная" работа: предки молодой художницы, князья Вадбольские, сражались в 1812 году на Бородинском поле, а ее дед, Владимир Владимирович Вадбольский, ушедший летом 1941 года 18-летним юношей добровольцем на фронт, получил боевое крещение именно в битве под Москвой.