В 2004 году основные строительные работы были закончены, а двумя годами позже рядом с храмом появилось воинское захоронение. Дело в том, что одновременно с возведением храма поисковый отряд организации "Боевое братство" предпринял обследование района ельнинских боев. В результате были обнаружены останки 40 советских бойцов, погибших в октябре 1941 года. Чьи-то имена, благодаря солдатским медальонам, удалось узнать {а это, как правило, были простые двадцатилетние ребята); кто-то так и остался безымянным героем. В сентябре 2006 года в Спасском храме Спасо-Бородинского монастыря прошло отпевание девятнадцати солдат, отдавших свои жизни за Родину. По окончании службы траурная процессия двинулась к Ельне, где состоялось торжественное погребение русских воинов у новой Покровской церкви.
К Можайскому Лужецкому монастырю Покровский храм имеет самое прямое отношение. В выборе места для него в октябре 2002 года принимал непосредственное участие тогдашний настоятель обители игумен Борис (Петрухин). 19 июля 2007 года митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий своим указом преобразовал этот храм в подворье Можайской Лужецкой обители, назначив его настоятелем нынешнего настоятеля монастыря игумена Мефодия (Соколова).
Во время первого архиерейского богослужения в Лужецком монастыре после передачи его Церкви читался отрывок из Евангелия от Луки о воскрешении Спасителем сына наинской вдовы. Отрывок этот, удивительно созвучный возрождению обители, вспомнили и пятью годами позже - когда были обретены мощи прп. Ферапонта.
Можайский Лужецкий Ферапонтов монастырь был передан Церкви в 1994 году. 23 октября 1994 года здесь состоялось первое после многолетнего перерыва архиерейское богослужение. Оно прошло во Введенской церкви. В тот день на литургии читалось Евангелие о воскрешении сына наинской вдовы (Лк.7, 11 - 16). Ассоциация с возрождением монастыря напрашивалась сама собой - казалось, обитель воскресает к жизни, подобно тому как воскрес некогда юноша, сын вдовы из Наина. Миновало пять лет, и оказалось, что тот отрывок из Евангелия приложим и к обретению мощей преподобного Ферапонта. Такие вот "совпадения".
Торжественное празднование обретения святых мощей основателя обители состоялось 9 июня 1999 года, в день памяти преподобного. Богослужение, проходившее под открытым небом, возглавлял митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий. Помолиться возле обретенных мощей прп. Ферапонта приехало - несмотря на страшную жару - множество паломников. А месяцем спустя в Лужецком монастыре принимали Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия И. "Слава Богу, - сказал он, - что еще одна святыня обретена. К мощам преподобного Ферапонта, основателя Можайского Лужецкого монастыря, почивающим ныне в обители, будут притекать люди Божий, прося молитвенного предстательства и укрепления на своем жизненном пути у подвижника земли Русской".
За десять лет, прошедшие с момента обретения мощей прп. Ферапонта, его монастырь заметно похорошел. Те, кто бывал здесь в 1990-е годы, помнят запустение, царившее в стенах Лужецкой обители. Теперь территория ее благоустроена, отреставрированы храмы, ведется реставрация колокольни. Сейчас колокольня еще стоит в лесах, но уже скоро вытянется она к небу белой свечкой и будет видна издалека всем добрым людям. Отлиты и новые колокола для нее - взамен тех, которые сгинули в советские годы. Помимо ремонтно-восстановительных работ и молитвы, братия монастыря (пока очень немногочисленная) занята просветительской деятельностью и благотворительностью.
Восстановление Ферапонтова монастыря началось при игумене Борисе (Петрухине), а с 2005 года настоятелем обители является игумен Мефодий (Соколов). Сейчас монастырь уже очень известен в окрестностях Можайска, и редкий местный житель не побывал здесь хотя бы раз за последние несколько лет.