В экспозиции Музея выставлены надгробия, статуи (среди них обращает на себя внимание статуя из известняка, изображающая богиню Фортуну-Немезиду), скульптурные портреты, фрагменты античных стенных росписей, алтарная картина Симфоруса из святилища бога Митры и мозаика из дворца Адриана, найденная во время раскопок на острове, в районе судостроительного завода. На музейной территории античных руин имеются еще две мозаики, одна из которых изображает «Наказание Дирки», другая — сцену борьбы в палестре.
В результате начатых в 1880 году раскопок Аквинка были открыты руины античного города, консервация которого ведется Музеем и сейчас. Закончилась консервация больших терм, городского рынка, святилища форума, здания суда и так называемого «большого жилого дома», а в настоящее время реставрируется амфитеатр гражданского поселения Аквинка. Кроме экспозиции аквинкского музея и музея-руин, есть многочисленные небольшие выставки в других местах раскопок памятников римской эпохи. На площади 15 Марта выставлены памятники пештского каструма Контр-Аквинка, в том числе остатки пограничного укрепления, в Музее Таборвароша показано римское строительное искусство, в Музее-терме на площади Флориан выставлены предметы античной гигиены и медицины, в Музее на улице Медьфа — памятники религии. Кроме этих выставок, в распоряжении публики находятся руины двух римских амфитеатров.
Отдел Средневековья занимается собиранием и хранением памятников истории венгерской столицы со времени прихода венгров до конца эпохи турецкого владычества. Коллекция состоит главным образом из археологического материала, произведений средневекового искусства и исторических документов из средневековых Буды, Пешта, Обуды и окружающих их крепостных поселений.
Самым важным материалом коллекции являются памятники каменной резьбы, керамические изделия и домашняя утварь. Среди них наибольшее значение имеет материал из Буды, главным образом из дворца Будайской крепости, а также церковных и жилых зданий. Рядом с этими памятниками достойное место занимают памятники церкви Белвароша, монастыря ордена св. Павла в Будасентлёринце и дворца в Неки. О времени турецкого владычества дают представление архитектурные фрагменты из мечетей, турецких бань и дворца паши.
Наиболее значительные средневековые памятники и самое большое их количество было найдено во время реставраций на территории будайского королевского дворца. Архитектурный материал включает более 1000 памятников готики и ренессанса. По этим архитектурным элементам (капителям, фрагментам колонн, обрамлениям окон и порталам, замковым камням, обломкам сводов, карнизам, фризам, декоративным украшениям и фрагментам росписей) можно проследить различные этапы строительства дворца от ранней готики до ренессанса. Прекраснейшими памятниками являются найденный на территории дворца замковый камень в форме женской головы и бронзовый рукомойник XII века. Коллекция печных изразцов, несмотря на свою фрагментарность, дает представление еще об одной стороне искусства строителей дворца.
Образ жизни населения средневекового дворца характеризуют предметы быта и орудия производства, различные типы оружия, кухонная утварь, фрагменты стеклянных и гончарных изделий.
Самым богатым является материал эпохи Возрождения, свидетельствующий о блеске и роскоши дворца Матяша Корвина. Во времена Матяша будайский королевский дворец стал объектом широко развернувшегося строительства. Именно здесь впервые в Венгрии зародился стиль Возрождения и отсюда распространился по всей стране. К сожалению, ренессансные залы дворца не сохранились, дошли лишь фрагменты ренессансной архитектуры, хранящие следы высокого мастерства итальянских архитекторов. Наряду с архитектурными памятниками свидетельством правоты турецких записей, в которых будайский дворец Матяша называется «Дворцом золотых яблок», являются предметы быта, сосуды, венецианское стекло, изразцы, замки и украшения.
Материал периода господства в Пеште и Буде турок ограничивается предметами быта и оружием (большое количество восточной керамики и бронзовой посуды, фрагменты оружия и т. п.). Памятников архитектуры в этой части коллекции мало. Интерес представляют характерные турецкие надгробия с завершением, имеющим форму тюрбана.
Материал Средневековья и Возрождения выставлен в двух постоянных экспозициях Музея. Одна из них размещается в обнаруженных и реставрированных средневековых помещениях дворца по принципу экспозиции «интерьера» и носит название «Средневековый королевский дворец». Другая является частью экспозиции истории Будапешта «Тысячелетие венгерской столицы».
Самая ценная реконструированная часть Будайской крепости — нижняя часовня, построенная в середине XIV века, по всей вероятности, мастером Яношем, дворцовым строителем матери Лайоша Великого.
Во второй половине XV века верхняя часть часовни была перестроена и стала местом хранения мощей св. Яноша Щедрого, чьим именем и была названа. Стены этой древней часовни сохранились примерно до высоты 6 м, на этой же высоте была надстроена часть барочного дворца Марии Терезии. Реконструированный большой готический зал — самое крупное помещение дворца. В нем размещены ценные экземпляры средневекового искусства, среди них — рельефные портреты Матяша и его супруги, Беатрисы, выполненные из белого мрамора Кристофором Романо.
В реконструированных средневековых залах дворца размещены материалы, характеризующие жизнь города в средние века. В залах с коробовым сводом находятся предметы военного снаряжения и оружие, предметы тюремного обихода и кухонная утварь; в нижнем этаже большого готического зала — надгробия, в верхней экспозиции выставлены сокровища, в королевском подвале демонстрируются орудия средневековой архитектуры и строительной техники, орудия труда. В отдельном зале выставлен материал эпохи Возрождения. Во внутренних двориках, расположенных среди крепостных стен, строители реконструировали средневековые парки. Материал истории средних веков демонстрируется также в башне Магдалины на площади Капистрано. У подножья холма Рожадомб находится склеп дервиша Гюль-бабы, в котором экспонируются атрибуты мусульманской церкви.
Отдел новой и новейшей истории занимается сбором и хранением исторических памятников с 1686 года (времени освобождения от турецкого владычества) до наших дней.
Ядро коллекций отдела составляет собрание гравюр с изображениями города, насчитывающее более 1000 листов. Основанием его послужила коллекция гравюр Энеа Лафранкони, подаренная Будапешту. С этих пор коллекция пополняется всеми сколько-нибудь значительными гравюрами с изображением города. Близкой ей по характеру является коллекция рисунков и гравюр, изображающих не только Будапешт, но и портреты людей, а также события жизни города, моды и т. п. Коллекция живописи, скульптуры и медальерного искусства состоит из произведений искусства, связанных с историей Будапешта, личностью художника или местом и событием, связанным с Будапештом.
Городские краеведческие секции занимаются коллекционированием исторических памятников и различного характера документации. Часть исторических памятников отражает жизнь трех городов: Пешта, Буды и Обуды. Богатый материал — сундуки, гербы, эмблемы, предметы быта и украшения — характеризует историю ремесленных цехов. Ценными памятниками материальной культуры являются орудия обудайских виноделов; винные прессы, утварь, необходимая для обработки винограда и хранения вина. Не менее ценным является исторический материал других ремесел, игравших важную роль в истории Буды, Пешта и Обуды, например орудия производства каретников, бондарей, веревочников, ювелиров и печатников. Имеются также памятники, непосредственно связанные с историей города, например предметы обстановки бывших ратуш, различных городских корпораций, обществ и советов.
Значительной частью исторических памятников города являются памятники истории промышленности, в первую очередь машины, части машин и документы. Музей прежде всего собирает такие памятники истории промышленности, которые сыграли известную роль в жизни столицы Венгрии, например прокатный стан Мехварта, первый трансформатор Дери, Блати и Зиперновски и карбюратор Чонки.