Однако, из-за отсутствия свободного доступа публики в здание гимназии, музей дальше там работать не смог и уже 15 октября 1865 года возникает проект строительства здания музея.
В конце 1865 года Статистический комитет с фондами музея, библиотекой и читальней перешел в частный дом, где оставался до 1871 года.
В 1867 году в Уфимскую губернию прибывает новый губернатор С.П. Ушаков и именно ему, по свидетельству А.А. Пеккера, пришла в голову мысль воспользоваться одноэтажным каменным зданием на торговой площади (бывшей губвахты) для размещения в этом здании музея.
Так музей получил собственное здание, второй этаж которого был отстроен в 1872 году, но из-за долгов за строительство отдавался до 1886 года под наем. Только в год 300-летия города Уфы музей смог создать постоянную экспозицию и открыться для широкой публики.
Какие же экспонаты собирались и экспонировались тогда в музее. В 1865 году в музей была передана из Палаты Государственных имуществ коллекция в количестве 417 номеров, в которой были представлены: образцы хлебных и огородных растений; образцы почв; образцы льна, пеньки, поскани и красильных веществ; образцы древесных пород и изделия из дерева; образцы сукна, холста, пряжи; модели различных сельскохозяйственных и охотничьих орудий и машин. В 1867 в музей поступила коллекция минеральных продуктов и материалов (второй экземпляр), которая по распоряжению Министерства Внутренних дел, собиралась для музея при Санкт-Петербургском Строительном училище. В 1872 году дублетная коллекция предметов поступила в музей, которая собиралась для Московской Политехнической выставки. В течение 1864-65 гг. Музей приобрел многочисленные коллекции по горнозаводской промышленности. В 1870 году была передана коллекция из 324 номеров минералов и окаменелостей со складов музея Санкт-Петербургского Горного Института. Прислана была палеонтологическая коллекция из 113 номеров, коллекция добываемого в Миасском округе золота, самородок в два золотника 6 долей. Арендаторами Илецких промыслов Деевым и Дюковым и инженером Богачевым переданы в музей образцы продуктов Илецкого соляного промысла.
Археологический отдел музея состоял из предметов, добытых из могил и курганов, относящихся к эпохе бронзы, которые производил горный инженер, член Статистического комитета, заведующий Миасскими приисками полковник Романовский. Много времени исследованием местонахождения курганов и раскопками их занимался член Статистического комитета Р. Игнатьев.
В 1874 году Мензелинское полицейское управление передало клад, найденный близ деревни Дербедень в лесу при расчистке пашни. Он состоял из орудий труда эпохи бронзы. В 1890 году доставлена целая кольчуга, найденная в земле башкиром деревни Тулебаевой.
Интересные находки приходили из разных мест. Так, в 1878 году помещик Новиков передал в музей 50 отдельных золотых и серебряных вещей, найденных при раскопках на его даче в 2-х верстах от Уфы. В самом городе, около Семинарской горы, в склепе, при рытье камня были найдены на костях огромные янтарные ожерелья с бусинами величиной от яблока до грецкого ореха. Одна бусина, величиной с яблоко, приобретена и прислана в дар музею от имени бывшего губернатора С.П. Ушакова. На даче Базилевского, в 10-ти верстах от Уфы, найден бронзовый серп одного фасона и материала с серпами, присланными из Мензелинска. В Бирском уезде найдены: бронзовый наконечник копья; две большие пуговицы бронзовые и того же материала большой набалдашник: все это добыто из курганов по берегу реки Белой близ города Бирска. На берегу реки Камы, на даче в деревне Сакловой найден железный топор каменного века.
В 1880 году по просьбе Статистического комитета городская дума разрешила возле здания музея разбить сквер для посадки деревьев разных пород, растущих в Уфимской губернии. Некоторые из этих деревьев сохранились и по сей день.
В 1884 году музей становится самостоятельным юридическим лицом со своим Уставом, не зависящим от Статистического комитета - Уфимским губернским музеем.
Проект Устава Уфимского губернского музея написан секретарем статистического комитета - казначеем, статским советником А.Н. Гурвичем. Музей переходит под юрисдикцию Управления Государственным имуществом Уфимской губернии.
В 1886 году город Уфа торжественно отмечает свое 300-летие. Губернский музей праздник встретил обновлением экспозиций.
Большую помощь в работе над обновлением экспозиции музею оказывал коллежский регистратор, известный башкирский ученый и поэт Мухаметсалим Ишмухаметович Уметбаев.
Во время первой мировой войны в Уфимской губернии имелся большой контингент войск, готовых в любое время вступить на защиту Российской империи. В патриотическом воспитании Российских солдат использовался метод ознакомления с историей края через местные музеи. Так, Уфимский губернский музей 27 января 1913 года поселил личный состав 190 пехотного Очаковского полка под руководством офицеров в количестве 357 человек.
В период Октябрьского переворота 1917 года и гражданской войны интеллигенция города Уфы при содействии музейного активиста Черданцева А.А., а также активиста музейного дела З. Шакирова, и многих других сохранили для будущих поколений экспонаты музея.
9 июня 1919 года красноармейцы 25 дивизии, под командованием В.И. Чапаева, освободили Уфу от белогвардейцев, и в городе устанавливается Советская власть. С этого времени и надолго, музейные залы становятся кузницей идеологического воспитания подрастающего поколения по канонам марксизма - ленинизма под непосредственным руководством Народного комиссариата просвещения автономной Башкирской Республики и Российской Федерации.
Однако по идейным соображениям большевики не могли и не хотели пользоваться музеем, созданным буржуями - эксплуататорами - возникла острая необходимость создавать свои большевистские музеи.
Так, используя фондовые коллекции Уфимского губернского музея, в 1919-1921 годы была предпринята попытка организации историко-социального музея Народов Востока в здании гостиницы "Метрополь" (ныне Госкоммолодежи ул. Ленина, 4). Однако из-за отсутствия финансов и отрицательного отношения Центральной комиссии по музеям в Москве вышеназванный музей не был открыт.
В 1920 году, используя в основном фонды Уфимского губернского музея, открывается Художественный музей, в который только книг и различных экспонатов передается свыше одной тысячи экземпляров.
В 1922 году организуется Научное общество по изучению Башкирии - Академический центр, в дальнейшем - Общество по изучению Башкирии. Базовым учреждением центра стал Башкирский центральный краевой музей. В 1923 году музей участвует во Всероссийской выставке в Москве.
В октябре 1926 года Башкирский центральный краевой музей перешел в более приспособленное и обширное помещение по улице Октябрьской Революции, 10, в котором оставался до декабря 1989 года и течение 63 лет хранил, экспонировал и успешно вел просветительскую работу среди населения.
В 1927 году Общество по изучению Башкирии совместно с Наркоматом просвещения и Башкирским центральным краевым музеем проводят первый съезд краеведов республики.
В 1928 году научные сотрудники музея участвуют в лингвистско-фольклорной экспедиции в Тамьян-Катаевский и Зилаирский кантоны республики, организованной Академией наук СССР под руководством академика Дмитриева.
В декабре 1930 года в Москве проводится первый Всероссийский музейный съезд, который закрепил представление о музее как политико-просветительном учреждении в первую очередь. Массовая просветительная работа музеев признавалась подчиняющей себе все остальные задачи.
Музейная экспозиция стала рассматриваться только как основа для массово-политической работы. Музеям предлагалось немедленно приступить к реэкспозиции и в предельно сжатые сроки создать новую марксистскую экспозицию.
В городе Истре был открыт опытно-показательный краеведческий музей, куда и был направлен для ознакомления с опытом работы научный сотрудник Башкирского Центрального краевого музея.
1933 году в музее проводится коренная перестройка всей экспозиции на основе единой структуры, установленной директивой Наркомата просвещения РСФСР "О реэкспозиции музеев" от 17.01.33г. Экспозиция должна была состоять из трех экспозиционных отделов: природы, истории, социалистического строительства. Особое внимание в 30-е годы было обращено на развитие музейной сети в национальных районах.
20 августа 1933г. Президиум ВЦИК принял постановление "О состоянии и задачах музейного строительства в АССР и АО", где отмечалось несоответствие отдельных помещений музеев Башкирии, что нарушало Постановление ВЦИК и СИК РСФСР от 30 июля 1930г. "О порядке перевода музеев из занимаемых ими помещений в другие помещения".
Кровавый 1937 год не обошел стороной и Башкирский центральный краевой музей. Директор музея Абзанов Ш.С. был репрессирован и расстрелян. Причина - "перестроил экспозицию музея в таком порядке, что легкая и местная промышленность была показана прежде тяжелой промышленности республики. Этим он хотел пропагандировать антипартийные идеи - антииндустриализацию страны". Абзанов Ш.С. реабилитирован в 1957г.
Великая Отечественная война 1941-1945 годов нанесла непоправимый урон нашему музею. Из-за тяжелейших условий работы тыла, нехватки помещений для эвакуированных организаций, музейная экспозиция была демонтирована и вынесена для хранения в старый сарай, где и пролежала до 1944 года. Там она частично сгнила, частично пропала. Музей в годы войны потерял половину своей фондовой коллекции.
В послевоенное время музей активно проводит просветительную работу среди населения, научные сотрудники выезжают в археологические, этнографические экспедиции. Расширяется сеть музеев в республики.