Никоново богословие в этой «тяжбе», как известно, ему не помогло. Обвинение оставалось актуальным. Братия Нового Иерусалима и сподвижники Патриарха понимали, что оно было основным, и это подтверждает эпитафия на гробнице Святейшего, говорящая о том, что того, кто созидал храм во образ Иерусалимского Воскресенского, изгнал «от места сего» диавол.
Царь оказался не готов к тому, что предлагал Никон. Знамения и образы Константинополя, Иерусалима палестинского, Горнего Иерусалима не встречали возражений, пока сосредотачивались в Москве, в столице, где главенствовал царь. Строительство Нового Иерусалима под Москвой лишало самодержца сакрального значения царя Нового Иерусалима. И ведь многие признаки цезарепапизма уже можно увидеть, если внимательнее всмотреться в искусство того времени — чего стоит фреска Благовещенского собора Кремля, где Алексей Михайлович изображен с крыльями и подписан как «Ангел Церкви»! До петровской эпохи оставалось совсем немного.
Архитектурный ансамбль Ново-Иерусалимского монастыря входит в золотой фонд русского зодчества. Это замечательный пример русского барокко, стиля декоративной роскоши, тем более удивительный, что связана обитель с именем Патриарха Никона, боровшегося со «светским обмирщением».
Главные ворота обители с надвратной церковью построены чуть позже стен, закончены к 1697 году. Сами ворота имеют три пролета. Каждая арка носит свое название: центральная — Красные врата, справа — Въездные врата, а в левой находится ход наверх, в надвратную Входоиерусалимскую церковь. Между арками существует сквозной проход, в котором когда-то были устроены две часовни и иконная лавка. Сейчас этого нет, впрочем, и центральная арка — Красные (они же Святые) врата — ныне, как правило, закрыта, посетители входят через боковые. Нет сейчас и массивных железных створ с изображением Спасителя, едущего на ослике в окружении жен-мироносиц (Вход Господень в Иерусалим), на которые когда-то эти врата закрывались — все было сметено XX веком.
Надвратная церковь весьма симметрична. Четверик над Святыми вратами окружен полукруглыми выступами, образующими основание храма. Два ряда окон, идущих по четверику, украшены вертикальными барочными наличниками. Оконца выше, по восьмерику, значительно проще. Два верхних глухих восьмерика малы и почти не декорированы, если не считать за декор небольшие колонки. Увенчан храм удивительно пропорциональной граненой луковкой. Внутри храм светлый и прекрасно ориентирован в высоту. Пятиярусный резной иконостас, бывший здесь раньше, ныне утрачен.
Деревянные стены и башни в Новом Иерусалиме стали заменять каменными в 1690 году, закончив работу четыре года спустя. Прежде ограждение монастыря и башни были деревянными. Башен, как и ныне, насчитывалось восемь, были они шатровыми и стояли просто: четыре по углам, еще четыре — по сторонам света. Главный вход устроили, конечно, в восточной стене, с деревянной же надвратной церковью, южная и западная башни были проездными, а северная скрывала в себе колодец.
Хотя к тому времени монастырские укрепления повсюду стали носить скорее символическое значение, Яков Бухвостов, знаменитый зодчий, которому поручили каменное строительство в Новом Иерусалиме, возвел новые стены и башни по всем правилам фортификационного искусства эпохи. Монастырь превратился в неприступную крепость. Высокая (10 м) и мощная (трехметровой толщины) стена внутри монастыря ритмически расчленена высокими арками. Башен, как и в прежней ограде, восемь, однако форма ограды изменилась, приняв форму несимметричного многоугольника.
Башни получили свои имена в XVIII веке, отчасти усвоив названия ворот в Иерусалиме. Внутри они имеют два этажа: нижний использовался для хозяйственных нужд, а в верхнем, с арочными оконцами, располагались монашеские кельи. Несмотря на схожесть (примерно одинаковой высоты и завершаются подобными шатрами сложной формы), меж собой башни разнятся: есть круглые, есть восьмигранные, а есть восьмигранные с круглым верхом. По второму ярусу стены внутри монастыря идет галерея, огражденная парапетом. Раньше в праздничные дни по ней обходили обитель с крестным ходом.
Собор Воскресения Христова построен по образцу храма Гроба Господня в Иерусалиме и представляет собой весьма сложное сооружение. По сути, это целый комплекс соединенных между собой построек. Вокруг четырехстольного крестово-купольного одноглавого храма, составляющего основной объем здания, с запада расположена ротонда с большим шатром (18 м), а с востока пристроена подземная церковь Константина и Елены. Собственно, этот ансамбль является доминантой монастырского комплекса. Это своеобразно воплощенное в камне «кредо» Никона, гимн идее симфонической гармонии власти церковной (Воскресший Спас) и царской (Константин и Елена). То, что храм Константина и Елены «убран» под землю, взрастая оттуда и сливаясь своими куполами с собором в едином ансамбле, — вполне прозрачное указание на то, какими должны быть отношения властей церковных и светских. Внутреннее убранство обоих храмов продолжает и уточняет это «высказывание».
Церковь святых равноапостольных Константина и Елены, внешне «шумная», даже затмевающая своим многоглавием Воскресенский собор, в сравнении с ней очень аскетичный, внутри лаконична и скромна: строгая лестница ведет вниз, само помещение церкви небольшое. А собор, наоборот, оказывается слеплен из множества храмов-приделов, в которых даже сейчас, когда действующие можно пересчитать по пальцам, вполне легко запутаться (а что было раньше? И что было бы, если б число их, как планировал Никон, было доведено до числа дней в году?).
Для входящих в обитель через Святые врата должна становиться понятна идея Никона: царская, светская власть — власть зримая, земная; власть же церковная за ней не видна, но без нее дальше — пустота. А единство светского и духовного подчеркивается шатром, который сообщает всему комплексу вес и объем и придает «высказыванию в камне» новый смысл: тело — душа — дух. Ведь, если вдуматься: что такое этот шатер, кроме света и воздуха? Он даже не поименован никак: шатер и шатер. Глава его прячется за главой Воскресенского собора, появляясь в первый момент как эффект раздвоения зрения. И за куполами его не видно — но именно световое пятно, им создаваемое, придает особое звучание ансамблю. То, что ближе к входящему (Константино-Еленинская церковь), — тело. Растет из земли, которой наполовину скрыто, и за собой имеет подразумеваемое (Воскресенский собор)— душу. А когда созерцатель привыкнет различать и то, и другое — он обнаружит нечто третье (шатер), незримо и неназываемо присутствующее; будто бы второй купол собора, покоящийся на столпе света.
Соловецкий монастырь в 2001 году обращался в Комиссию по канонизации с ходатайством о причислении Патриарха Никона к лику Соловецких святых, однако Комиссия сочла, что значение его превосходит рамки местного почитания и следует рассматривать вопрос об общецерковном прославлении.
Тогда после смерти Алексея Михайловича (1676) на российском престоле воцарился Феодор Алексеевич, почитавшая Никона царевна Татьяна Михайловна стала просить за Патриарха. Похожие челобитные слали иноки Воскресенской обители. Но провезли из Ярославля в царской карете, оказалось оно, несмотря на жару, «невредимо отнюдь от вони злосмраднын» и не подвержено тлению. По просьбе царя Феодора Алексеевича останки Святейшего были погребены по патриаршему чину; длилось погребение главное — архимандрит Герман завершил начатое Никоном возведение Воскресенского собора. Освятил собор 18 января 1685 года Патриарх Иоаким.
В соборе в приделе Иоанна Предтечи и упокоился Святейший Патриарх. Над дверьми придела высекли надпись, шло время, прежде чем Святейшему было позволено вернуться. Однако уже в 1678 году попечением царя и его тетушки возобновляется строительство Нового Иерусалима.
И вот в 1681 году Никону сообщили об окончании ссылки. Совершенно больной возвращался он в любимую обитель, сопровождаемый по всему пути множеством народа. И 17 августа 1681 года на пристани у Толгского Введенского монастыря близ Ярославля, «в добром исповедании, благодаря Бога о всем, яко страдании течение свое соверши, с миром успе, душу свою в руце Богу предаде...». Схоронили его 26 августа в Новом Иерусалиме, в присутствии царской семьи, множества священников и мирян. За десять дней, что тело больше десяти часов. Обращало на себя внимание поведение царя, который читал «Апостол» и пел вместе с хором.
Поскольку Патриарх Иоаким ни за что не хотел поминать покойного Никона Патриархом, царь разослал сообщения от своего имени всем четырем Вселенским Патриархам, и год спустя были получены послания о «прощении» Никона и причтении его к первосвятителям Московским; за богослужением разрешено было поминать его как Святейшего Патриарха.
Постриженник Никона архимандрит Герман составил две стихотворные эпитафии Патриарху, в которых впервые сформулировал, что «царь Феодор Алексеевич искупил вину отца, полон потому, как сам Алексей Михайлович пред гробом преподобного Филиппа признал вину за Ивана Грозного. Но сообщающую, вполне в духе «архитектурного богословия» самого Никона, что, как в палестинском Иерусалиме под святой Голгофой находится греческая церковь Иоанна Предтечи, а в ней гроб Мелхиседека, первого архиерея Иерусалимского, так и на месте этом — гроб архиерея Никона, Патриарха Московского».