К 1853 году Брэди почти полностью перешел с дагеротипных на амбротипные фотографии, которые делались с помощью мокрых пластин, и стал все больше и больше полагаться на своих помощников при работе с камерой — нагрузка для его глаз была слишком велика. Он начал специализироваться также в производстве «империалов»: снимков головы, увеличенных до размера 17 на 20 дюймов, почти в натуральную величину, которые затем оттенялись или раскрашивались художниками, работавшими в его студии. Этот процесс делал фотографии дороже обычных портретов, сделанных масляной краской, которые можно было легко заказать до гражданской войны. Заказы богатых и влиятельных людей на «империалы» уравновешивались массовым производством «визитных карточек», повальное увлечение которыми приводило толпы заказчиков в две студии Брэди. В качестве еще одного источника доходов он и его помощники организовали школу фотографии.
В 1858 году Брэди пригласил Александра Гарднера и оплатил его приезд из Шотландии в Нью-Йорк. С той поры до 1863 года, когда Гарднер ушел от Брэди, чтобы в качестве свободного фотографа снимать гражданскую войну, эти два человека составляли идеальную рабочую группу. Гарднер, опытный фотограф, особенно в работе с мокрыми пластинами и в деле увеличения фотографий, наладил в студиях Брэди производство выразительных, тонко отретушированных и прибыльных монументальных портретов. В 1858 году Брэди сделал Гарднера управляющим своей вашингтонской студии. Дело Брэди процветало. В начале 1860 года он поменял адрес своей нью-йоркской студии в третий и последний раз.
После избрания Линкольна президентом США и начала войны Брэди потерял интерес к созданию галереи известных людей и твердо решил зафиксировать всю гражданскую войну на фотографиях. Его исторические снимки позволяли людям следить за военными действиями, быть свидетелями сцен реальных конфликтов и почувствовать разрушительную силу войны.
Брэди посетил Линкольна, который на листочке бумаги выписал «Пропуск Брэди», благословил его, но денег не дал и предупредил, что и в будущем не предвидится никаких средств для финансирования его планов. Брэди не нуждался в деньгах, когда война началась. Ко времени окончания войны он истратил свое состояние в размере 100 тысяч долларов и задолжал 25 тысяч долларов за фотоматериалы. Но в самом начале войны каждый, от рядового до генерала, должен был сфотографироваться и заказать десяток визитных карточек. Возле студий Брэди ежедневно выстраивались очереди. Производство дешевых и популярных тоновых фотографий Брэди отдал другим фотографам, которые делали буквально миллионы этих фотографий в армейских лагерях и на бивуаках.
Брэди взял с собой на войну своих лучших сотрудников, и к концу войны он финансировал двадцать групп, которые фотографировали практически все основные военные действия на каждом участке войны. У каждой группы имелся фургон с фотографическими принадлежностями, который солдаты называли фургоном «Что это?».
Первые военные снимки Брэди сделал сам, например, снимки разгрома у Бал Ран. Из этого сражения он вернулся со своим фургоном и с несколькими негативами, которые пресса высоко оценила как «надежные свидетельства». Они все были раскуплены для гравюр на дереве и литографных иллюстраций. И снова под каждой появившейся фотографией, теперь уже во время войны, стояла подпись «Фотография Брэди». Он создал первое агентство фотографических новостей.
Военное ведомство неожиданно поняло значение фотографий и прикомандировало Джорджа М. Барнарда к инженерным войскам для фотографирования военных укреплений и местности. Лучшие военные фотографии Барнарда были сделаны, когда он сопровождал генерала Шермана в его походе к морю.
Целеустремленность и презрение к опасности руководили Брэди: забившись в фургон, который был отличной мишенью для хороших стрелков, он готовил в полутьме стеклянные пластины для таких громоздких камер, как известные в то время стереоскопическая и видовая (8 на 10 дюймов). Не успевая снимать все происходившие бои, Брэди и его люди научились находить и снимать страшные натуралистические картины войны. Поля сражений, выглядевшие так, словно высыпали мусорную корзину с какими-то бумагами на тела распластанных, скорчившихся убитых, являли собой горькую картину, по которой легко можно было вообразить суть происходивших жестоких событий.
Независимо от обстоятельств, решительность Брэди никогда не иссякала — он упорно продолжал регистрировать величайший конфликт нации. В его студиях в Нью-Йорке в его отсутствие продолжали делать портреты приезжавших знаменитостей, и доход от этой деятельности помогал Брэди создавать фотографии войны. Он и его товарищи сделали тысячи печальных и проникновенных документов. Поход Гранта на Ричмонд продолжался девять месяцев. Фотографы были там все это время, часто рискуя при бомбардировках ради одного снимка. Брэди приехал в Ричмонд сразу после его сдачи. Он посетил генерала Роберта Е. Ли, которого он фотографировал в Вашингтоне, и уговорил руководителя конфедеративной армии сфотографироваться со своим сыном и помощником полковником Тэйлором позади дома Ли на улице Франклина. Это одна из величайших исторических фотографий Брэди.
В Вашингтоне возвращавшиеся армии вновь выстраивались в очереди у студий Брэди, чтобы сфотографироваться и сравнить свои возмужавшие на войне лица с гордыми лицами молодости, которые Брэди запечатлел в дни, когда они примеряли военную форму.
Возбуждение послевоенного периода в Вашингтоне и Нью-Йорке угасло, и дела у Брэди замерли. Его жена Джулия была больна, он был разорен. Люди хотели забыть войну, и военные фотографии не находили сбыта. Чтобы оплатить счета на фотоматериалы, Брэди выпустил подборку дубликатов своих военных негативов, продал нью-йоркскую студию и земельный участок, которым он владел.
Военный департамент в июле 1874 года оплатил счет Брэди за пользование хранилищем на сумму 2840 долларов, а взамен получил большое количество фотографических негативов съемок войны, а также фотографии известных людей. Генерал Бенжамин Ф. Батлер запросил военный департамент о праве собственности на это имущество. Он и генерал Джеймс А. Гарфилд (позднее ставший президентом) оценили коллекцию в 150 тысяч долларов и добились того, что 25 тысяч долларов были выплачены Мэтью Б. Брэди 15 апреля 1875 года. Сколько было в этой коллекции? В течение двадцати двух лет никто не удосужился выяснить это, а за истекшее время неизвестное количество стеклянных пластин было разбито, непоправимо поцарапано или потеряно. В первом каталоге 1897 года сообщалось, что имеется 6000 пластин все еще в хорошем состоянии.
Третья большая часть негативов, коллекция Брэди — Хэнди, была приобретена библиотекой Конгресса за 25 000 долларов, и эта сумма выплачена двум дочерям Левина К. Брэди, двоюродного племянника Брэди. Хэнди приехал в Нью-Йорк в 1866 году двенадцатилетним мальчишкой в поисках работы, и через два года Брэди сделал из него прекрасного портретного фотографа. Хэнди имел студию в Вашингтоне и продолжал дело Брэди, создавая портреты известных в то время людей.
После смерти своей жены Брэди поселился у племянника. Однажды в 1895 году Брэди, почти слепой, попал под автомобиль. Он поправился и поехал в Нью-Йорк, где собирался открыть выставку своих военных фотографий, но 15 января 1896 года, за две недели до открытия выставки, умер.
Мэтью Б. Брэди похоронен на Арлингтонском кладбище вместе с героями гражданской войны, которых он фотографировал и которых народ видит такими, какими они были, в основном благодаря одному человеку, чьей самой почетной медалью была одна строчка — «Фотография Брэди».
Один действительно одаренный фотограф, снимавший Пионеров Запада, был Тимоти X. О'Салливэн, который вместе с Брэди был в Геттисберге и Ричмонде и который целых три года смотрел на несчастья сквозь матовое стекло. Он выжил, но даже сам Брэди не смог заманить его обратно в мудрую атмосферу студии. Хотя он и родился в Нью-Йорке, знаменитости и города больше его не привлекали.
Он стремился к продолжению приключений со своей камерой на неисследованных землях, в неизвестных местах. В 1867 году правительство организовало геологическое исследование сороковой параллели под руководством Кларенса Кинга О'Салливэн был официальным фотографом в течение трех лет экспедиции. Он фотографировал величественные виды природы у водопадов, озер, рек, горные хребты высоких Скалистых гор, спускался в глубокие шахты, чтобы сделать там снимки с помощью вспышек магния. Эти снимки производили огромное впечатление на тех, кто видел их в иллюстрированной прессе.