В дальнейшем Павло-Обнорский монастырь стал одним из самых значительных оплотов Православия на Русском Севере. С мнением его настоятелей считались - подписи игуменов Павло-Обнорских стоят под важнейшими государственными документами того времени, Славился монастырь и сугубой строгостью устава. В разное время в Павло-Обнорской обители подвизались такие подвижники, как прп. Лонгин Коряжемский и Адриан Монзенский, а также старец Пафнутий, будущий митрополит Сарский и Подонский.
Первый каменный храм монастыря, в честь Живоначаяльной Троицы, строился в 1505-16 годах. Над иконостасом для него работал знаменитый иконописец Дионисий Московский, чье творчество теснейшим образом связано с обителями Северной Фиваиды. Из всего иконостаса до нас дошли всего четыре иконы - "Спас в силах" (находится в Третьяковской галерее), "Распятие" (там же), "Уверение Фомы" (в Русском музее) и "Успение Богородицы" (в Вологодском музее). Да и сам Троицкий собор не сохранился до наших дней - в 1936 году его безжалостно разрушили, несмотря даже на то, что он являлся одним из самых старых каменных храмов на Вологодчине. Вскоре после завершения Троицкого собора в обители возвели еще две каменных церкви.
Павло-Обнорский монастырь пользовался особенным почитанием у московских великих князей. В 1529 году здесь побывал Василий III с женой (Еленой Глинской), а в 1545 году - его сын Иван. Благодаря вкладам великих князей монастырь смог сравнительно быстро отправиться после разграбления его казанскими татарами, дошедшими до этих мест в 1538 году.
В XVIII столетии Павло-Обнорский монастырь, как и многие другие обители, пережил период длительного упадка. Подкосил его, помимо всего прочего, большой пожар, случившийся в 1764 году. Ремонт пострадавших в пожаре зданий был закончен лишь в 1766 году.
Возрождение монастыря связано с деятельностью игумена Иоасафа (Тихонова), бывшего его настоятелем в 1861-77 годах. При нем была устроена хорошая дорога к обители, возведен странноприимный дом, отремонтированы монастырские здания, выстроена внушительная ограда.
Летом 1909 года Павло-Обнорский монастырь вновь горел. Помимо прочих ценностей, в огне погибла серебряная рака, изготовленная попечением игумена Иоасафа для мощей преподобного Павла. Средства на восстановление древней обители после пожара собирали по всей России. В частности, новую раку для мощей прп. Павла пожертвовал Николай II.
В 1924 году монастырь закрыли, а в следующие годы были разрушены ограда, Троицкий собор, колокольня. Только в 1994 году здесь начала возрождаться монашеская жизнь. Теперь одна из старейших северных обителей существует как подворье Спасо-Прилуцкого монастыря.
Не так много времени прошло с того дня, когда в стенах Спасо-Прилуцкого монастыря возобновилась монашеская жизнь. Но это время - уже история. Хотя пока еще - новейшая.
Возвращение Спасо-Прилуцкого ШГ^ монастыря Русской Православной ГШ Церкви началось в 1990 году. Еще |_| в июне 1990 года, на праздник Сретения иконы прп. Димитрия, духовенство и жители Вологды совершили первый после долгого перерыва крестный ход до Лазаревского кладбищенского храма. В том же году Церкви передали надвратную Вознесенскую церковь обители, в 1991 году при Спасо-Прилуцком монастыре была организована монашеская община. Наконец, в 1992 году весь монастырь вернули Церкви. Знаменательно, что второе рождение обители произошло в год, когда отмечалось 600-летие преставления преподобного Димитрия Прилуцкого (к молитвенному заступничеству которого, кстати, вологжане прибегали и в годы советских гонений на веру).13-14августа 1992 года Спасо-Прилуцкий монастырь посетил Святейший Патриарх Алексий II. Он совершил Божественную литургию в нижнем храме Спасского собора и возглавил крестный ход вокруг обители.
За минувшие шестнадцать с половиной лет проделана большая работа по восстановлению монастыря.
По счастью, архитектурный ансамбль Спасо-Прилуцкой обители сохранился полностью. В середине XX века даже была проведена реставрация некоторых зданий, однако поскольку использование храмов в богослужебных (как тогда говорили, "культовых") целях не предполагалось, то и реставрировали их соответствующим образом.
Сейчас в храмах устроены новые иконостасы, отремонтирована кровля на стенах и башнях, реставрируется подворье монастыря в Вологде - храм во имя прп. Димитрия Прилуцкого на Наволоке. Церковь эта была построена в середине XVII века - но преданию, на том самом месте, где останавливался прп. Димитрий по приходе в Вологду.
В Прилуцком монастыре поддерживается традиция монастырских церковных служб: каждый день здесь совершается полный круг богослужения согласно древнему чину, Молитва - главное делание монашествующих, но и иные дела братия не упускает: в обители есть несколько мастерских, с помощью которых она обеспечивает свои (и не только свои) нужды. В частности, работает свечная мастерская, где изготавливаются свечи как для самого монастыря, так и для других храмов Вологодской епархии. Действуют столярная, швейная, иконописно-реставрационная мастерские.
С 1994 года в Спасо-Прилуцком монастыре проходят занятия ставленнического отделения Вологодского православного духовного училища. Более половины нынешних священнослужителей Вологодчины - выпускники здешнего училища и, соответственно, связаны с Прилуцким монастырем, где прошли годы их учения.
Настоятелем Спасо-Прилуцкого монастыря является архиепископ Вологодский и Великоустюжский Максимилиан (Лазаренко), а повседневной жизнью обители руководит наместник - игумен Дионисий (Воздвиженский).
Ежегодно Спасо-Прилуцкий монастырь посещает множество паломников. Как правило, в программах паломнических бюро предусмотрено лишь краткое ознакомление со святынями обители, однако те, кто хочет задержаться в монастыре подольше, могут остановиться - по благословению игумена - в странноприимном доме.