Леонардо в Мілані цілком міг виступати, як представник високої Флорентійської культури. Тут він доводить, що натхнення, шаленство душі складає глибоку спонукальну причину всякого дослідження і практичного досвіду, що простір є не абстрактно-геометричною структурою, а реальною даністю інтуїції* і досвіду. Простір, таким чином, виступає у вигляді атмосфери, оскільки всі предмети представляються нам забарвленою атмосферою. Те, що Леонардо назве «повітряною перспективою», є не що інше, як міра відстані залежна від щільності і забарвлення того, що відокремлює нас від предметів шару повітря. От чому всі вони представляються нам як би злегка завуальованими, з розмитими контурами. У цій м'якості, легкості, невловимому злитті світла і тіні полягає прекрасне, яке, по думці Леонардо, не володіє постійною формою, а породжується натхненням, внутрішньою схильністю до дослідження і пізнання, прагненням до гармонії з природою, а тому залежить не тільки від місця, часу і умов освітлення, але і від настрою людської душі. Чотири фігури «Мадонни в скелях» не відрізняються визначеністю жестів, точністю рухів: ангел вказує, немовля Христос пішов в себе, немов відгороджуючись від чужого йому простору, Хреститель нахилився вперед, поза і усмішка Богоматері повні сумного передчуття, немов вона вже знає або передбачає уготовану сину долю. Мабуть головний в цих образах – внутрішній стан, глибокі душевні рухи. Саме тому вони ще в печері, хоч і на її порозі.
До теми Мадонна з немовлям із святою Ганною Леонардо вже звертався в міланський період творчості, коли виконав картон із зображенням цих фігур (нині в Національній галереї, Лондон), який, проте, ніколи не був переведений в живопис. Картина, яку ми розглядаємо, не є його версією або повторенням: композиційна структура її самостійна, а концептуальний зміст відмінний від втіленого в картоні. На тлі ланцюга гір, що виникають з туманних випаровувань, як би поступово надаючи форму хаосу первинного творіння. Вимальовувалася пірамідальна група Святої Ганни, Марії і немовляти Христа, який тягне до себе ягня, символ майбутньої жертовної міси. Ледь помітна усмішка, що грає на лицях персонажів виражає загальну налаштованість композиції. У ній є прекрасні шматки живопису, проте вони слабко пов’язані між собою і далекі від емоційного. Характерну леонардовску трактовку руху, що сплітає окремі елементи в групову побудову – задум, що безумовно новаторський, такий, що вплинув на подальших художників, - ми знаходимо в жесті Мадонни, що закликає до себе немовляти, в той час як той тягнеться убік, прагнучи грати з ягням.
Цей незавершений твір виконаний Леонардо в співпраці з його учнями в період перебування у Флоренції в 1508 році. Воно було замовлено для вівтаря церкви Сантіссима Аннунциат. Разом з манускриптами і іншими роботами майстра, картина перейшла після його смерті до Франческо Мельци. У 1629-1630 роках, під час війни з Мантуєю вона була знайдена французами в Казале Монферрато. В 1810 році картина експонувалася в паризькому музеї. Відомі численні репліки, написані як художниками кола Леонардо, так і майстрами, далекими від його школи (наприклад, нідерландськими). Використана Леонардо композиція знайшла віддзеркалення в творчості живописців, близьких йому за часом: Мадонна Рафаеля і Святе сімейство (або Тондо Доні) Мікеланджело, які дотримуються схеми побудови, що лежить в основі даної картини. Це показує, з яким інтересом відносилися сучасники до творів, створених Леонардо.
Отже, Леонардо да Вінчі, як і всі митці епохи Відродження звертався до образу Богоматері. Його приваблювала тема прекрасної молодої матері з дитиною, про це свідчать його численні малюнки. У майстра важко знайти абсолютно співпадаючі один з одним інтерпретації жіночої або дитячої фігури. Леонардо обирає чисто людські ситуації, детально аналізуючи супутні їм психологічні і фізіологічні мотиви, він відшукує високі виразні можливості в сюжеті Мадонна з немовлям.
Останньою і незавершеною роботою першого Флорентійського періоду є «Поклоніння волхвів». Сюжет цей найчастіше з'являється в Флорентійському живописі кватроченто. Звернувшись до нього в 1481-1482 pp. Леонардо висловлює своє відношення до всієї попередньої традиції, що бере початоквід Лоренцо Монако і що знайшла незадовго до того свій вираз у Боттічеллі, який відмовляється від сакрального характеру сцени, що зображається, і перетворює її на привід для прославляння сімейства і вченого двору Медічи. Леонардо явно має на увазі цю картину що звеличила релігійний пієтизм неоплатонічного придворного кола і трактує її тему в символічному, а не в історичному або казковому ключі.
Композиції Поклоніння волхвів передувала важка підготовча робота. Річ ця дивовижна у багатьох відношеннях, зокрема, тим, що здається переповненим цілим натовпом персонажів, і враження це підсилює фантастичний контраст між фігурами в світлому і групами, майже зовсім затемненими, - контраст, що не в останню чергу створюється неспокійною чарівністю незавершеності. Етапи роботи над композицією можна відновити по малюнках майстра, що дійшли до нас. Але якщо, з однієї сторони, вони показують, що, розширюючи традиційну концепцію Поклоніння волхвів, Леонардо незабаром відмовився від докладного трактування священного події, приділяючи більше уваги зображенню людського натовпу, то, з іншої, картину з Уффіци не можна розглядати як простий результат послідовності нарисів. Швидше, вона є плодом інтересу двадцятидев'ятирічного живописця до навколишнього світу і здійснення нимпевних формальних завдань. Дійсно, вже тоді Леонардо вивчає людські фізіономії, від зморшкуватих облич людей похилого віку до чистих профілів підлітків; він займається спостереженням над будовою людського тіла і його анатомією, і з цією метою замальовує фігуру П'єро Барончеллі; звертається до аналізу людських відчуттів і їх прояву в міміці, жестах, позах, характері драпіровок. Крім того, художник вивчає тварин, їх рухи і виразні можливості, рослини, з їх здатністю відображати всі відчуття і форми життя. Нарешті, Леонардо захоплюють власне наукові спостереження спрага пізнати людину і все те, що нею невпинно створюється.
Проте особливо важливе значення в цій роботі надається передачі руху. У майстерні Верроккіо це складало один з головних елементів навчання і відображало тенденцію до експресивності, що виявилася на цьому етапі розвитку Флорентійського живопису. Услід за успішним вирішенням проблеми правильної передачі співвідношення фігур з простором, увагу привертає трактування руху. Воно займає художників, починаючи з Кастаньо – покоління, перехідне від першої до другої половини кватроченто. Але в той час, як у них ця розробка виразних можливостей мистецтва носила достатньо зовнішній характер, для Леонардо вона стала істотною частиною його образотворчої системи. Рух лежить не тільки в основі життя, але є також інструментом передачі душевного стану. На думку Леонардо, «фігура не буде гідна похвали, якщо не виражає пристрастей душі за допомогою руху». Оскільки виразна мова майстра базується саме на даній передумові, а Поклоніння волхвів перше її втілення – як наслідок цього, в його творчості заглиблюється концепція руху, розповсюджуючись на всі елементи живопису, включаючи «сфумато».
«Знімаючи контури фігури, і моделюючи її лише за допомогою світла і тіні, він прагне відчутно передати цілісність світу проявів, пронизаного прихованими енергіями» (Маріноні). Можливо, окремі композиційні елементи цього дивовижного твору більш безпосередньо і вільно виражені у якому-небудь з підготовчих малюнків. Але в загальній композиції навколо Марії і її сина постає людство мисляче, схвильоване, благоговіюче, благаюче – цілий калейдоскоп ефектів і пристрастей, символізуючи все внутрішнє життя людини, його жагу пізнання. До цього жоден витвір мистецтва не був здатний втілити такий піднесений зміст. Поклоніння волхвів стало виразом найзначимішої людської події і першою картиною Леонардо да Вінчі, що набула справді універсального масштабу.
Картина була замовлена Леонардо в 1481 році і призначалася для прикраси вівтаря церкви Сан Донато Ськопенто, що знаходилася поблизу Флоренції з боку Порту а Сан П'єро Гаттоліно (в даний час Порту Романа). Художник, проте, не закінчив цей твір, залишивши його у Флоренції при своєму від'їзді до Мілана в 1482 році.