Организация разведения по линиям может быть условно разделена на три основных этапа: закладка линии; ведение линии; осуществление межлинейных кроссов.
I. Закладка линии всегда начинается с выбора родоначальника, так называемого быка-лидера, чьи племенные качества необходимо закрепить в потомстве. Новая линия может быть заложена как в самом начале создания породы, так и в процессе ее совершенствования. И в том и в другом случае должен быть выявлен или путем определенной комбинации подбора и отбора получен родоначальник линии, который не только сам обладал бы комплексом желательных качеств, но и устойчиво передавал их потомству. Такое свойство животных в отечественной зоотехнической литературе получило название препотентности.
II. На втором этапе, когда родоначальник линии уже определен, основная задача селекционера — сохранить и закрепить в потомстве племенные качества этого родоначальника. Для этого к нему подбирают маток, сходных, по проявлению тех признаков, которые специфичны для создаваемой линии. Зачастую на этом этапе селекционного процесса для спариваний с родоначальником отбирают родственных ему маток (дочерей, внучек, сестер, полусестер и др.) для консолидации в потомстве наследственных особенностей, характерных для создаваемой линии. Родственные спаривания (инбридинг) обязательно должны сопровождаться интенсивнейшей браковкой потомства, поскольку такой вид спариваний зачастую приводит к проявлению инбредной депрессии, выражающейся в появлении уродств, пониженной жизнеспособности, ухудшении воспроизводительной способности и других негативных последствий в дочерней генерации.
В дальнейшем для консолидации наследственной основы линию ведут, главным образом используя гомогенный (однородный, то есть с приблизительно одинаковым проявлением желательных признаков у обеих родительских форм) подбор, допуская инбридинг лишь в отдаленных и умеренных степенях. В связи с этим для эффективного ведения линии огромное значение имеет подбор к продолжателям линий маток для спаривания. Они должны обладать существенными преимуществами над сверстницами по специфическим качествам, в направлении которых совершенствуют линию. Кроме этого они могут нести и другие ценные качества, тем самым дополняя и обогащая линию новыми свойствами и характеристиками. Это дает возможность получать потомство еще более ценное, чем родоначальник линии, что, в свою очередь, должно способствовать общему прогрессу линии в отношении совершенствования уже целой породы.
Считается, что при ведении линии следует стремиться к поддержанию однородности животных, входящих в ее состав. Это означает, что в рамках породы линии должны быть специфичны по выраженности хозяйственно полезных признаков, то есть при хороших и даже в ряде случаев посредственных показателях одних признаков линия должна нести в себе генетическую основу для существенного преимущества потомков по другим качествам. Например, в молочном скотоводстве одна линия может быть специализирована по обильномолочности, вторая — по жирно- и белковомолочности, третья — по крепости конституции, четвертая — по технологическим свойствам вымени и так далее. Чем больше будут выражены в линии ее направленность и преимущество перед другими животными породы, тем устойчивее, консолидированнее и ценнее в племенном отношении будет линия.
В пределах селекционируемой породы между линиями при их высоком уровне специализации должны существовать различия, Обеспечивающие большую пластичность породы при ее дальнейшем совершенствовании.
Преимущество животных, принадлежащих к конкретной линии, по специфическим хозяйственно полезным признакам достигается за счет систём отбора и подбора, направленных на удержание и развитие этих данных качеств линии на протяжении многих генераций.
Каждый из продолжателей линий, имеющих общее генетическое сходство с родоначальником, должен обладать и индивидуальными особенностями, отличающими его от родоначальника и от других его потомков. Подбор к продолжателю линии маток, также отличающихся своими индивидуальными особенностями, ведет к получению потомства, которое по своим качествам отличается от потомства других продолжателей линий. Кроме того, на определенных этапах совершенствования линии в ней выделяются ведущие производители, которые становятся родоначальниками ветвей линий. В дальнейшем ветви линий разводят изолированно и в результате образуются самостоятельные структурные единицы этих линий.
По мнению приверженцев линейного разведения, в скотоводстве для успешной работы в породе по ее совершенствованию должно быть не менее 10—15 линий, а в широко распространенных популяциях — еще больше.
III. Наряду с созданием генетической дифференциации породы многолинейная ее структура может быть использована для организации системы подборов, позволяющих с определенной степенью надежности избежать близкородственных спариваний. Такая система получила название ротации, или кроссов линий.
Кроссы линий — система спариваний животных, принадлежащих к разным линиям. При осуществлении межлинейных кроссов полнее используются ресурсы, имеющиеся в породе. Считают, что ценные качества одной линии, дополняя качества другой, обогащают в своем сочетании наследственность потомства, получаемого при межлинейных кроссах. Помимо того, межлинейные кроссы способствуют быстрому повышению продуктивности и улучшению других хозяйственно полезных признаков животных. Они имеют и формообразующее значение, давая начало новым ценным линиям. В связи с этим возникает вопрос: сколь долго должна существовать линия, чтобы сохранять все те полезные свойства, которые планировались при ее закладке? В середине 80-х годов прошлого столетия по этому вопросу была развернута широкая дискуссия. Ряд ученых и селекционеров-практиков доказывали, что наиболее эффективна система ведения «коротких линий», содержащих не более 5—7 генераций производителей, после чего линия должна трансформироваться в новую структурную единицу с новым родоначальником. Другие специалисты доказывали, что полезные качества линий могут сохраняться в 10 поколениях животных и более. До сих пор однозначного ответа на этот вопрос современная зоотехническая наука не дает. И действительно, любой массив животных (в том числе и линия) может прогрессировать в том или ином направлении практически бесконечно долго при условии тщательно организованной системы селекции. По сути дела, линия только тогда теряет свое значение, когда в какой-либо генерации не выявлено быков - улучшателей, то есть линия становится неконкурентоспособной. А это может произойти на любом этапе ее совершенствования.
Разведение по линиям и межлинейные спаривания тесно связаны между собой. Обычно лучшие результаты получают, когда в кроссах участвуют хорошо отселекционированные, консолидированные линии.
В практике разведения молочного скота по линиям существует ряд схем кроссов, при которых, по мнению авторов, исключена вероятность возникновения негативных последствий родственных спариваний.
Следует отметить, что такая система кроссов линий позволяет избежать стихийных инбридингов в товарных хозяйствах в том случае, если быки, отобранные для осеменения, получены на основе внутрилинейного разведения. В противном случае возможно массовое возникновение стихийных (непланируемых) инбридингов через предков производителей с материнской стороны родословных, что убедительно доказали в своих исследованиях Л. К. Эрнст, Ю. Н. Григорьев и С. Н. Харитонов (1983).
1.2 Инбридинг
Инбридингом мы называем спаривание животных, находящихся в значительно более близком родстве между собой, чем все особи относительно большой популяции в среднем, например породы. Мы предлагаем рассматривать спаривание как инбридинг в том случае, когда коэффициент родства между родительскими парами составляет не менее 0,1. Таким образом, спаривание полных двоюродных брата с сестрой следует рассматривать как инбридинг. Спаривание двоюродных брата с сестрой по одному родителю не будет инбридингом. Необходимо проводить различие между «умеренным инбридингом», когда коэффициент родства меньше 0,25, и «тесным инбридингом», когда этот коэффициент по меньшей мере равен 0,25, что соответствует родству между полусестрами и полубратьями или двоюродными братьями и сестрами по обоим родителям. Наиболее интенсивной формой инбридинга является спаривание полных братьев с сестрами или родителей с потомками, то есть кровосмешение. В остальном различают следующие формы инбридинга:
а) линейный инбридинг — инбридинг, проводимый в течение нескольких поколений с целью получения инбредных линий. Коэффициент инбридинга в пределах инбредной линии должен составлять не менее 0,375, то есть соответствовать по меньшей мере спариванию полных братьев и сестер до второго поколения;
б) разведение по группам — популяция разделяется на группы, между которыми на протяжении многих поколений почти не происходит обмена племенными животными. Если эти группы невелики и внутри них ведется определенный племенной отбор, то они постепенно дифференцируются по генному составу. Во многих объединениях по искусственному осеменению в Швеции при выращивании бычков пытаются применять такой метод группового разведения, чтобы впоследствии использовать этих быков на большом массиве скота в ротационном скрещивании и тем самым получить продуктивных животных без риска инбридинга;
в) разведение по линиям — умеренный инбридинг применяется в том случае, когда необходима концентрация генов определенного мужского или женского предка в линии, например спаривание деда с внучкой или отца с дочерью. Эта форма инбридинга часто применяется в англосаксонских странах.