Обитель была открыта в 1877 г. и официально именовалась Михаило - Афонская Закубанская мужская общежительная пустынь. "Михайловская" пустынь была названа в честь Архистратига Михаила, вождя небесных сил, имя которого носил Великий князь Михаил Николаевич. "Афонской" она называлась потому, что первые строители обители прибыли с горы Афон, откуда принесли частицы святых мощей в благословение строящемуся монастырю и ввели там Афонский устав. "Закубанской" она называется по месту нахождения за рекой Кубанью, на одном из конечных пунктов казачьих поселений. Пустынь расположилась на "бросовой" земле горного плато горы Физиабго, где в округе на протяжении десяти километров не было никаких поселений. Так началась история православной святыни в Кавказских горах.
28 августа 1878 г. Святейший Синод благословил строительство монастыря и утвердил отца Мартирия главой общины. Со Святой горы Афон для возведения обители переселились иноки Успенской кельи. Для сооружения обители братия получала по милости Божией добровольные пожертвования и дары. Отец Мартирий пожертвовал на строительство пустыни и свои средства - 55 тысяч рублей.
В 1883 г. Святейший Синод утвердил по желанию братии название обители – "Михаило - Афонская Закубанская общежительная пустынь". А строитель ее иеромонах Мартирий был утвержден настоятелем монастыря и возведен в сан архимандрита.
К началу 80-х годов XIX в. братия обители составляла 180 человек, в том числе 12 иеромонахов, 3 иеродьякона, 165 послушников. Ворота монастыря были открыты для всех сословий и званий. Среди монахов были и афонские иноки, и дворяне, и казаки, и отставные солдаты, мещане и крестьяне.
Постепенно трудами монастырской братии были возведены пять храмов: во имя Архистратига Михаила, во имя преподобного Александра, Успенский, Преображенский и Троицкий. Для уединенной молитвы иноками использовался подземный монастырь (пещеры), сохранившийся с византийских времен. В обители были построены "странноприимный дом", больница, более двадцати корпусов с кельями. В монастырский комплекс также входили мастерские: иконописная, токарная, слесарная, кузнечная, малярная, кровельная, портняжная, сапожная. К окончанию века в подворье были построены кирпичный и сыроваренный цеха, открыта церковноприходская школа. Братия имела огромное подсобное хозяйство: разводили скот, запустили в пруды рыбу, занимались пчеловодством. По количеству мастерских можно судить о масштабах пустыни. Иногда в трапезной монастыря в обед употреблялось до 300 ведер щей и 1200 килограмм хлеба. Ежегодно в мастерских обучалось до 20 человек. Святой обители ростовским мещанином И.Г. Воркуевым была пожертвована домовая церковь в Краснодаре (при здании бывшего окружного суда). В Майкопе пустынь имела подворье. В архивах монастыря сохранились бесценные документы, описывающие огромный монастырский храмовый комплекс. В обители пять храмов Божьих. Старейший по времени своего построения - во имя Архистратига Михаила. "С внешней стороны - это длинное, 13 сажень, одноэтажное здание, крытое дранью, увенчанное небольшою главой над алтарной частью. В этом здании кроме храма помещается трапезная и братские кельи, а также кухня с хлебопекарней. Храм не богат ни внутренним убранством, ни утварью, но замечателен именно тем, что представляет собою первое здание обители, как бы первое гнездышко, в котором зародилось мирное иночество в этой гористой и дикой местности, это слабое подобие того евангельского горчичного зерна, которое было посеяно любовью и молитвой скромного инока, благодатью Божьей в короткое время возросло в ветвистое дерево и стало многолюдною и благоустроенною обителью. Ввиду скромности этого здания уже ныне составлен на смену ему план нового грандиозного храма Божия.
Второй монастырский храм во имя преподобного Александра, первоначальника обители неусыпающих, устроен во втором этаже над помещением настоятеля. Освящен 25 мая 1882 г. Богослужения в нем совершаются лишь тогда, когда в обители нет паломников. Этот храм построен в форме четырехугольника: в длину 18 аршин и в ширину - 8 аршин. Иконостас и живопись - работы обители - благолепны, но скромны.
Главнейший пока, до построения соборного, в обители храм - во имя Успения Богоматери. Зданием каменный в русско-византийском стиле. Западная часть храма обнесена с 3-х сторон обширными коридорами, значительно увеличивающими вместительность храма, в коем, в общем, вместе с хорами помещается 2000 богомольцев. Окончена постройка в 1885 г., освящен 20 октября того же года. Алтарь храма представляет ту особенность, что разделяется на 3 части: собственно алтарь, помещение для жертвенника и справа-ризница.
Благолепный, в строго византийском вкусе, иконостас исполнен трудами братии обители. Несколько икон Афонского письма, присланных со Святой горы Афон в благословение, и потому, особенно чтимых. В числе священных предметов храма имеется благословенный дар в Бозе, почивающего Санкт-Петербургского Митрополита Исидора, - Икона Успения Богоматери в сребропозлащенной ризе, с собственноручною подписью на обратной стороне: "В дар и благословение Михайлово - Афонской закубанской пустыни". Еженедельно по понедельникам и средам перед нею свершаются братией торжественные молебны. Храм снабжен весьма ценной и благолепной утварью и украшен многочисленными принадлежностями доброхотных дателей. Величайшую святыню храма, предмет особого почитания, привлекающий особенно в обитель паломников, составляют частицы Животворящего Креста Господня и частицы мощей 36 угодников Божьих, благоговейно хранящиеся в особых драгоценных ковчегах на престоле этого храма. Эта святыня, как гласит свидетельство настоятеля монастыря с братией, пожертвована обители "во исполнение благочестивого желания строителя Закубанской Михайловской пустыни Мартирия от русского на Афоне монастыря во имя св. великомученика и Целителя Пантелеимона в благословение". Каждая отдельная частица нетленных останков угодников Божьих покоится в отдельном ковчежце, имеющем форму звезды с эмалированною на верхней доске надписью, какому угоднику она принадлежит.
В установленное время ковчеги с мощами переносятся священниками с престола и полагаются на аналое посреди храма для благоговейного чествования и поклонения молящимися. Частицы мощей св. великомученика Георгия Победоносца, чтимого, как известно, и мусульманами, привлекают в обитель и Успенский храм мусульман из ближайших их поселений.
К мощам св. великомученика Харлампия, чтимого как покровителя скотоводства, с особенным усердием притекают многочисленные горцы, занимающиеся разведением скота, дающего благосостояние края, особенно во времена повальных заболеваний и падежа, наносящих существенный вред населению.
Новоустроенный храм во имя Святой Живоначальной Троицы с трапезною. Здание трапезной с новым храмом устроено на откосе, с другой стороны двухэтажное, из камня, стены отштукатурены и побелены. С внешней стороны здание весьма величественное. Храм увенчан красивым куполом с вызолоченным крестом, во всем здании полы мозаичные, стены и своды украшены живописью и библейскими картинами. Длина всего здания - 93 аршина. В верхнем этаже помещается храм и трапезная перегородкою. В нижнем этаже устроены подвал для продуктов и печь для отопления здания, а в особой пристройке - кельи и под ними хлебопекарня. Под всем зданием устроены прекрасные подвалы для хранения припасов, продуктов и других предметов. Церковь рассчитана на 1200 молящихся и обставлена трудами, заботами и искусством иноков обители. В храм ведут 3 опорные лестницы через обширную паперть.
На вершине горы Фавор оканчивается постройкою храм во имя Преображения Господня. Названная гора возвышается над монастырскою местностью почти на 1000 футов, а подъем на нее так затруднителен, что даже пешком подняться трудно, колесной же путь и совсем невозможен был вначале. Строительный материал для храма Божия был доставлен туда почти исключительно руками усердствующей братии и посетителей обители. Ныне на десятки верст вокруг виден великолепный храм, сияющий своими золотыми крестами. Тут же, около храма, на горе устроен дом для монашествующей братии и приемный покой для посетителей.
Постройка храма начата 20 марта 1886 г. и к 1902 г. была окончена. Церковь в византийском стиле. Весьма красивая, сложена из тесанного местного камня, полы бетонные. Храм довольно обширный на 500-600 прихожан и при нем высокая колокольня; в храме очень много стенной живописи.
Распоряжением Мартирия путь на гору Фавор ныне значительно облегчен устроением прекрасных подъемных дорожек. Немного севернее горы Фавор возвышается другая, меньшая гора Острах ( названная Афон). На ней пред положено построить храм во имя всех преподобных Афонских. Для этого храма намечено место и приготовлен строительный материал. Гора Афон окружена каменными скалами, дающими обильный строительный материал, но весьма затруднителен проход на гору и только благодаря распорядительности Мартирия и усердию братии, ныне туда устроены довольно удобные пути не только для пешеходов, но и для экипажной езды. Только в этой местности воды совсем нет и ее нужно доставлять за много верст из сборного бассейна".