Исторические источники свидетельствуют, что к 1917 г. святая обитель представляла собой мощный паломнический центр Кавказа. Это был мужской монастырь, который по числу паломников можно было отнести на второе место после Троице - Сергиевой Лавры. Монастырский комплекс содержался трудами братии, под чутким руководством архимандрита Мартирия.
Жизненный путь архимандрита Мартирия - яркий пример бескорыстного служения Православной Церкви и Отечеству. В начале 19 в. в Херсоне, в семье состоятельного мещанина Василия Острового родился сын Мартин. Маленький Мартин обучался дома. Затем набожный отец послал юношу завершить образование в церковноприходскую школу. Спустя два года родители отправили Мартина к тетушке для обучения торговому делу. Он быстро усвоил уроки торгового ремесла и собирался открыть свое дело. Неожиданно Мартин заболел и два года был прикован к постели. Единственным утешением для него стали книги духовно - нравственного содержания, жития святых, святоотеческая литература. Размышляя о причинах своего тяжкого недуга, юноша пришел к осознанию того, что исцелить его может только Господь. Мартин стал молиться Пресвятой Богородице, чтобы она заступилась за него перед Господом, обещая в молитвах в случае выздоровления посвятить свою жизнь служению Богу в иноческом звании. Мартин вскоре выздоровел и занялся торговлей. Восемь лет он трудился в доме богатого купца. Видя усердие и талант молодого человека, предприимчивый хозяин пожелал женить его на своей единственной дочери. Готовясь к свадьбе, Мартин решил совершить паломничество в Киев. На исповеди Мартин рассказал священнику о своем обещании Богу, и тот посоветовал ему выполнить обет. Взволнованный Мартин вернулся домой и рассказал обо всем родственникам. Они уговорили его отложить принятие решения на один год. Мартин вскоре вновь тяжело заболел. После усердных молитв болезнь оставила Мартина. Выполняя обещание, он стал послушником Киево-Печерской Лавры. В 1857 г., через год после начала испытания, Мартин поселился на горе Афон. Здесь он приобрел келью, относящуюся к Ставроникитскому монастырю. В 1864 г. он переселяется в Глуховский Петропавловский монастырь, где через год был пострижен в монашество под именем Мартирий. Усердное служение Богу привело Мартирия в Черниговский архиерейский дом, где он за благочестие был возведен в сан иеромонаха. В 1876 г., попросив благословения на отпуск, отец Мартирий вместе с братией из шести иноков прибыли на Афон. Здесь монахи приобрели Успенскую келью, приписанную Котломужскому греческому монастырю. Из отпуска отец Мартирий в Чернигов не вернулся. Он принял решение остаться в монастыре, но оказался на Северо - Западном Кавказе.
Трудами и молитвами архимандрита Мартирия была возведена Михаило - Афонская Закубанская общежительная пустынь, которая стала главным делом его жизни. Будни обители, забота о процветании монастыря требовали от настоятеля совершать много различных поездок. Одна из таких поездок окончилась для него трагически. 21 января 1917 г. отец Мартирий возвращался из Ставрополя по глухой дороге. Неожиданно его повозку окружила стая волков. Испуганные лошади понесли, повозка съехала с дороги и разбилась о деревья. Архимандрит был похоронен на территории монастыря. Для увековечения памяти о своем настоятеле святая братия установила надгробную плиту.
После гибели настоятеля обители, трагическая судьба вскоре постигла и сам монастырь. После революции в 1920 г. земли, сельскохозяйственный инвентарь, производственные помещения и оборудование были у монастыря конфискованы. В 1926 г. на территории монастыря был образован Профсоюзный дом отдыха ГПУ, а в 1927 г. в стенах монастыря разместилась коммуна "Владилен". Несмотря на революционные потрясения, иноческая жизнь в монастыре продолжалась, и лишь в 1928 г. монастырь был закрыт, а монахи распущены. В опустевшем монастыре по указу Советской власти был образован Дом инвалидов, обитатели которого были расстреляны фашистами в период оккупации Кавказа. После освобождения Адыгеи от гитлеровских захватчиков на территории монастыря в 1944 г. расположилась детская колония. А в скором времени, в 1946 г., величавые стены храмов обители, хранившие вековую историю, были взорваны. А за тем была разорена и могила настоятеля обители. Жительница поселка, Татьяна Стрежнева, бережно собрала останки архимандрита Мартирия и перезахоронила их на поселковом кладбище. После расформирования детской колонии оставшиеся монастырские строения перешли в ведение Каменномостского плодосовхоза. А в 1972 г. останки зданий и территория были переданы в Краснодарский краевой комитет по туризму, и там была образована турбаза "Романтика". В 90-е годы это АО "Романтика – тур". В апреле 2001 г. согласительная комиссия администрации президента Республики Адыгея и Майкопско - Адыгейского епархиального управления начала разрабатывать документы о передаче части территории монастыря Русской Православной Церкви. Окончательно вопрос о передаче всего монастырского комплекса Православной Церкви был решен в 2003 г.
6 сентября 2001 г. епископом Майкопским и Адыгейским Пантелеимоном настоятелем монастыря назначен иеромонах Мартирий (Пянтин), который вместе с монастырской братией возрождает традиции святой обители. Православные монастыри всегда отличались строгостью богослужений и особым молитвенным настроем. Образцом монашеского служения во все времена являлась Святая гора Афон, благодаря верности церковному уставу и преданиям.
Свято - Михайло - Афонская пустынь, которая своим основанием обязана архимандриту Мартирию и монахам, прибывшим с ним со Святой горы Афон, в своем втором рождении сохранила верность древним традициям.
По благословению Его Преосвященства Преосвященнейшего Пантелеимона, епископа Майкопского и Адыгейского братия обители живет и совершает богослужения в соответствии с Афонским уставом. Монашеские одежды имеют свои особенности. Так, скуфья - цилиндрической, а не шлемовидной формы; наметка (куколь) набрасывается поверх скуфьи, а не прикреплена к ней; священники, за исключением настоятеля и очередного служащего иеромонаха, не носят наперсного креста. Свои отличия есть и во внутреннем убранстве храма: имеются стасидии (формы) - особые седалища, где монахи находятся во время богослужения; праздничная икона располагается справа в проскинитарии (аналое), особо устроенном месте для икон. Во все двунадесятые и Великие, а также престольные праздники монастыря совершаются всенощные бдения, длящиеся, как правило, 8 часов. По воскресным и праздничным дням в монастыре совершается чин о Панагии (с греч. "Всесвятая"). Трапеза, являющаяся согласно уставу продолжением богослужения, с апостольских времен сопровождается особенными молитвословиями и возношением хлеба - Панагии (особой просфоры) в честь Преблагословенной Владычицы нашей Богородицы. После совершения Божественной Литургии братия обители идет в трапезную. За ней под пение праздничного тропаря следует настоятель в праздничной мантии. По завершении трапезы с особыми молитвословиями совершается возношение Панагии, которая раздается братии для вкушения. Затем все присутствующие подходят под благословение настоятеля, в то время как пономарь совершает каждение праздничной кацией (ручной кадильницей). По возвращении в храм совершается отпуст чина Панагии. Для созыва на молитву, помимо общепринятых колоколов, используется деревянное било.
Сегодня монастырь населяют 10 человек, перед которыми стоит цель вернуть Михайло - Афонской пустыни значение духовного центра на Северном Кавказе. Поэтому, наверное, символично, что нынешний настоятель монастыря был пострижен в малую схиму с именем Мартирий. Прежде всего, усилия монахов и их настоятеля направлены на восстановление храма, где с первых же дней проводятся богослужения. Обретает обитель и новые святыни. Стараниями настоятеля иеромонаха Мартирия одним благочестивым иеродьяконом монастырю были переданы частицы Животворящего Креста Господня и частицы мощей святых угодников Божиих - св. первомученика архидьякона Стефана, св. равноапостольной Марии - Магдалины, св. великомученика Георгия Победоносца, св. великомученика Пантелеимона Целителя, преподобной Ефросинии Полоцкой, преподобного Герасима Иорданского, св. мучеников Антония, Иоанна и Евстафия Литовских, преподобного Германа Соловецкого, Иринарха Соловецкого, частицы гроба Святейшего Патриарха Тихона и преподобного Далмата. Уже сегодня паломники могут поклониться частицам мощей святых угодников Божиих и частице Животворящего Креста, которые хранятся в монастырском храме в специальных ковчегах. Особое внимание монахи уделяют расчистке подземного храма-часовни, который был приведен в состояние полной разрухи за годы советской власти. Многое уже сделано: разобраны завалы в переходах, освобождены от мусора кельи, где в уединении молились прежние обитатели монастыря. Конечно, работы еще - непочатый край, но отец Мартирий твердо уверен - подземный храм-часовню монахи восстановят, там будут непрестанно гореть лампадки, и свершаться неусыпаемая псалтирь.
Идя по стопам своих предшественников, нынешний настоятель планирует вновь обустроить на территории монастыря больницу, для начала на 10 коек. Врачевать физические раны будет монах Пантелеимон, в прошлом дипломированный специалист, кандидат медицинских наук. Намеревается отец Мартирий открыть и церковноприходскую школу для детей из близлежащего поселка. И еще есть задумка - создать музей, который бы рассказывал об истории Михайло - Афонской пустыни, о годах ее расцвета и трагическом периоде запустения. Первые экспонаты для музея уже собраны.