Дефектні партії зерна іноді поступають в заготовчу мережу і можуть потрапити в переробку. Якщо на грунті спостерігаються ранні заморозки і зерно в цей час знаходилося в молочній або початку воскової фази стиглості, то в ньому порушується синтез високомолекулярних з'єднань і змінюються технологічні властивості. Клейковина морозобійного зерна пшениці відмивається в невеликій кількості, стає темною, малоеластичною, такою, що кришиться. Хліб виходить нееластичним, з липким м'якишем, що заминається, з малою пористістю, солодовим або трав'янистим смаком. Проросле на кореню або у валках зерно утворюється при дощовій погоді під час прибирання; частіше проростає жито. У нім підвищена активність ферментів, особливо амілаз. Хліб виходить малого об'єму з нееластичною, глиністною консистенції, погано розпушеним м'якишем, з солодкуватим, солодовим присмаком.
Зерно, пошкоджене клопом - черепашкою, польовим шкідником, нападаючим найчастіше на озиму пшеницю, але що харчується і іншими злаками. На місці проколу залишається темна крапка, оточена різко обкресленою плямою білуватої оболонки, що зморщилася, ендосперм в місці укусу при натисканні кришиться. Клоп-черепашка залишає в зерні дуже активні протеолітичні ферменти. Сильна пшениця при вмісті 3 - 4 % пошкоджених зерен переходить в групу слабкої. Клейковина із зерна, пошкодженого клопом-черепашкою, під дією цих ферментів швидко розріджується. Випечений хліб виходить малого об'єму і пористості, щільним, з поверхнею, покритою дрібними тріщинами, несмачним.
Мікотоксикози – враження різними грибними захворюваннями при вирощуванні, збиранні, порушенні режимів зберігання зерна. Вже згадувані раніше споринья і головешка є прикладами таких захворювань.
Гриби роду фузаріум ушкоджують зерно всіх культур, частіше справжні злаки. Зараження відбувається в полі, але розвиток грибів в сховищі припиняється тільки при зниженні вологості зерна до 14 %. У зерні, що перезимувало в полі, часто накопичується багато токсинів цього гриба. Гриби цього роду продукують ряд токсинів, зокрема тріхотецени і зеараленон, що викликають важкі отруєння людини і тварин. У людини споживання хліба, отриманого з муки, що містить міцелій фузаріума, викликає отруєння, схоже на сп'яніння: з'являються нудота, запаморочення, блювота, сонливість і т.д. При цьому ослабляється функція кісткового мозку, тому різко падає частка лейкоцитів в крові. Потім розвивається некротична ангіна. Зерно, уражене фузаріумом, зберігають окремо від продовольчого і фуражного і використовують для технічних цілей.
Мікотоксини утворюють і інші цвілеві гриби, які можуть розвиватися на поверхні зерна і продуктів його переробки за несприятливих умов зберігання.
Афлатоксини, що вражають печінку і що володіють вираженою канцерогенною дією, продукуються грибами роду аспергиллів (Asp.flavus і Asp. parasiticus). Охратоксини виробляють гриби роду пеніциллів. Охратоксини також вражають печінку і володіють концерогенною дією. Багато інших цвілевих грибів також можуть продукувати токсини. До теперішнього часу виділено і вивчено понад 100 мікотоксинів; вони стійкі до вживаних при переробці зерна температур, кислот або відновників. Тому найбільш надійним способом оберігання від них харчових продуктів є виключення плесневення зерна.
Дефектним вважається також зерно, пошкоджене самозігріванням і порушеннями режимів сушки.
Якість зерна - важливий і обов'язковий об'єкт державного планування і контролю. У основі державної системи управління якістю зерна лежить його стандартизація. Вона дозволяє систематизувати зерно по певних якісних групах, створити крупні партії однієї якості, виявити недоброякісне зерно. Якість зерна і продуктів його переробки регулюється Гостами.
На шляху руху від поля до споживача оцінка якості зерна проводиться за декількома стандартами. Державні закупівлі проводяться за стандартами на зерно що заготовляється; хлібосховища передають його на переробку за стандартами на зерно цільове, що поставляється (розподілюване, мукомельне, круп'яне, пивоварне і ін.); при використанні на посів оцінка проводиться за стандартом на зерно насінне; при продажі іншим країнам користуються стандартом на зерно, що направляється на експорт; оцінка зерна проводиться за стандартом на правила відбору проб і методи випробувань.
У стандартах на зерно що заготовляється для всіх культур встановлена класифікація - ділення на типи, підтипи за ботанічними ознаками, забарвленням, районами вирощування і т.п. Крім того, встановлені базисні (розрахункові) і обмежувальні кондиції. Вказано також, що у даної культури вважають основним зерном, смітною і зерновою домішками.
Базисні кондиції - норми якості, якою повинне відповідати доспіле зерно. Вони встановлені за основними показниками якості зернової маси і для більшості культур знаходяться в наступних межах (у %): вологість - 14 - 15, зернова і смітна приміси - 1 - 3, натура - залежно від культури і району вирощування. Закупівельні ціни встановлюються на зерно базисних кондицій.
Обмежувальні кондиції відображають гранично допустимі знижені (в порівнянні з базисними) вимоги, при яких зерно ще може бути прийняте з відповідним коректуванням ціни. При відхиленні якості зерна у бік погіршення від базисних кондицій застосовують натуральні і грошові знижки (рефакциі), а у бік поліпшення - надбавки (боніфікациі); за зерно твердої пшениці і кращих сортів інших культур встановлені сортові надбавки, розмір яких коливається від 10 до 100 % закупівельної ціни.
Стандарти на зерно розподілюване (що відпускається) і цільові встановлюють норми, яким повинна відповідати якість зерна, що передається елеватором на переробку. Оскільки кожне зерносховище перед закладкою на зберігання зобов'язане очистити зерно від більшої частини домішок, що містяться в нім і підсушити його до сухого стану, то ці вимоги бувають строгішими, ніж при заготовках. Крім того, в цільових стандартах передбачені додаткові показники, що враховують вимоги відповідної галузі переробки. Так, у круп'яного зерна нормуються зміст дрібних зерен до 5 % і чистого ядра, яке повинне бути не менше (у %): у гречки - 71, просо - 74, вівса - 63. Для ячменю, що направляється на пивоваріння, нормуються схожість і енергія проростання і т.д.
Зернові хліби відносяться до стійких в зберіганні за належних умов та вологості. Основну кількість зерна зберігають на елеваторах - крупних повністю механізованих зерносховищах. Місткості для зберігання зерна є вертикально поставленими циліндрами - силосами із залізобетону діаметром 6 - 10 м і заввишки 15 - 30 м. Верхня частина обладнана отвором для завантаження зерна, ніжняя закінчується конусом з отвором для його вивантаження. Усередині силосів на відстані 1 м один від одного по висоті змонтовані термопари для визначення температури насипу зерна, що зберігається. Дроти термопар виведені на єдиний пульт, і оператор, що спостерігає за збереженням продукту, у будь-який момент може дізнатися температуру зернової маси практично в будь-якій точці силосу. Крім того, кожен силос обладнаний установкою для проведення активного вентилювання - пристроєм для продування повітря через товщу зерна, що зберігається.
Елеватор забезпечений лабораторією, якою проводиться оцінка якості зерна; робочою баштою, де зосереджено зерноочисне і сушильне устаткування, а також установкою для прийому і відпустки зерна.
Зерно, що поступає на елеватор, після лабораторного аналізу об'єднують по масі в крупні партії, відповідні місткості силосу (від 300 т до 15 тис. т). При цьому не допускається змішування зерна, що відноситься до різних типів і підтипів, оскільки вони володіють різними хлібопекарськими властивостями. Не можна змішувати зерно, що має різну вологість і засміченість. Окремо від здорового зберігають і обробляють зерно, заражене шкідниками комор, і дефектне - морозобойне, проросле, та ін.
Очищення зернової маси від сторонніх домішок проводиться відразу після надходження його в зерносховища. Насіння бур'янів, вегетативні органи рослин мають вищу вологість, запах пахучих бур'янів частково адсорбується зерном, і чим довше вони знаходитимуться в зіткненні, тим більше зерна може зіпсуватися. Крім того, неекономічно недоцільно витрачати додаткову енергію на сушку домішок і займати об'єми сховищ їх зберіганням.
Проте повного очищення зернової маси від домішок на елеваторах не проводять, це здійснюють переробні підприємства.
Сушка зерна - відповідальна технологічна операція перед закладкою на зберігання. Оптимальні результати дає сушка зерна теплим сухим повітрям. Проте економічнішою є сушка повітрям в суміші з топковими газами. В цьому випадку якість зерна багато в чому залежатиме від виду палива. Не рекомендується використовувати дрова, що додають зерну запах диму. Кам'яне вугілля, що особливо містить багато сірки, при згоранні утворює сірчаний ангідрид, який частково може поглинатися зерном і погіршувати якість клейковини. Крім того, в топкових газах, що утворюються при спалюванні кам'яного вугілля, міститься підвищена кількість поліциклічних ароматичних вуглеводнів, зокрема бензпирену, що володіє канцерогенними властивостями. Оптимальними видами палива, що не забруднюють зерно, є нафтопродукти і газ.
Температура зерна при сушці не повинна перевищувати 45 'С. Перегрівши зерна приводить до погіршення якості клейковини аж до повної її денатурації. Знижується також активність ферментів.