Раздираемая противоречиями душа Боттичелли, чувствовавшая красоту мира, открытого Ренессансом, но боявшаяся ее греховности, не выдержала. В его искусстве начинают звучать мистические ноты, появляются нервозность и драматизм. В Благовещении Честелло (1484-1490, Уффици) уже появляются первые признаки манерности, которая постепенно нарастала в поздних произведениях Боттичелли, уводя его от полноты и богатства натуры зрелого периода творчества к стилю, в котором художник любуется особенностями собственной манеры. Пропорции фигур нарушаются для усиления психологической выразительности. Этот стиль в той или иной форме характерен для произведений Боттичелли 1490-х и начала 1500-х годов, даже для аллегорической картины Клевета (Уффици), в которой мастер возвеличивает собственное произведение, ассоциируя его с творением Апеллеса, величайшего из древнегреческих живописцев
В картине "Венчание Богоматери" (1490) в лицах ангелов видна суровая, напряженная одержимость, а в стремительности их поз и жестов - почти вакхическая самозабвенность".
После смерти покровителя мастера Лоренцо Медичи (1492) и казни Савонаролы (1498) характер его окончательно изменился. Художник отказался не только от трактовки гуманистических тем, но и от свойственного ему ранее пластического языка. Его последние картины отличаются аскетичностью и лаконизмом цветового решения. Произведения его проникнуты пессимизмом и безнадежностью. Одна из известных картин этого времени, "Покинутая" (1495-1500), изображает плачущую женщину, сидящую на ступенях у каменной стены с наглухо закрытыми воротами.
"Нарастающая религиозная экзальтация достигает трагических вершин в его двух монументальных "Оплакиваниях Христа", - пишет Н.А. Белоусова, - где образы близких Христа, окружающих его бездыханное тело, полны душераздирающей скорби. И вместе с этим как бы мужает сама живописная манера Боттичелли. Вместо хрупкой бестелесности - четкие, обобщенные объемы, вместо изысканных сочетаний блеклых оттенков - мощные красочные созвучия, где в контрасте с темными суровыми тонами особенно патетически звучат яркие пятна киноварного и карминно-красного цвета".
В 1495 году художник выполнил последние из работ для Медичи, написав на вилле в Треббьо несколько произведений для боковой ветви этой семьи.
В 1498 году семья Боттичелли, как показывает запись в кадастре, владела немалым имуществом: имела дом в квартале Санта-Мария Новелла и, кроме того, получала доход с виллы Бельсгуардо, расположенной вне города, за воротами Сан-Фредиано.
После 1500 года художник редко брал кисть в руки. Единственное подписное его произведение начала шестнадцатого века - "Мистическое рождество" (1500, Лондон, Национальная галерея). Внимание мастера сосредоточено теперь на изображении чудесного видения, пространство же выполняет вспомогательную функцию. Эта новая тенденция в соотношении фигур и пространства характерна также для иллюстраций к "Божественной комедии" Данте, выполненных пером в великолепном манускрипте.
В 1502 году художник получил приглашение перейти на службу к Изабелле д'Эсте, герцогине Мантуанской. Однако по неизвестным причинам эта поездка не состоялась.
Хотя он был уже пожилым человеком и оставил живопись, с его мнением продолжали считаться. В 1504 году вместе с Джулиано да Сангалло, Козимо Росселли, Леонардо да Винчи и Филиппино Липпи Боттичелли участвовал в комиссии, которая должна была выбрать место для установки Давида, только что изваянного молодым Микеланджело. Решение Филиппино Липпи было признано самым удачным, и мраморный гигант был помещен на цоколе перед Палаццо делла Синьория. В воспоминаниях современников Боттичелли предстает жизнерадостным и добрым человеком. Он держал двери своего дома открытыми и охотно принимал там своих друзей. Художник ни от кого не скрывал секретов своего мастерства, и у него отбоя не было от учеников. Даже его учитель Липпи привел к нему своего сына Филиппино.
Боттичелли скончался 17 мая 1510 года и был погребен в семейной гробнице в церкви Оньисанти.
"Юдифь", ок 1470 г.
Представляет собой произведение, явно связанное с поздним творчеством Липли. Это своего рода размышление о том, что такое чувство. Героиня изображена в трепетном свете зари после свершения своего подвига. Ветерок теребит ее платье, волнение складок скрадывает движение тела, непонятно, как она удерживает равновесие и сохраняет ровную осанку. Художник передает грусть, охватившую девушку, то ощущение пустоты, которое пришло на смену активному действию. Перед нами не какое-то определенное чувство, а душевное состояние, стремление к чему-то неясному то ли в предчувствии будущего, то ли из сожаления по содеянному, сознание бесполезности, бесплодности истории и меланхолическое растворение чувства в природе, не имеющей истории, где все происходит без помощи воли.
"Святой Себастьян" 1473 г.
Фигура святого лишена устойчивости, художник облегчает и удлиняет ее пропорция, для того чтобы прекрасная форма тела святого могла быть сравнима лишь с голубизной неба-пустого, кажущегося еще более недосягаемым из-за удаленности пейзажа. Ясная форма тела не наполнена светом, свет окружает материю, словно растворяя ее, а линия делает определенными тени и свет на фоне неба. Художник не превозносит героя, а лишь грустит о поруганной или поверженной красоте, которую мир не понимает, ибо ее источник находится за пределами мирских представлений, за пределами природного пространства, равно как и исторического времени.
"Весна" ок.1478 г.
Ее символическое значение разнообразно и сложно, идея ее может быть понята в разных ключах. Ее концептуальное значение доступно до конца лишь специалистам-философам, более того, посвященным, но оно ясно всем, кто способен проникнуться красотой рощи и цветущего луга, ритмом фигур, привлекательностью тел и лиц, плавностью линий, тончайшими. хроматическими сочетаниями. Еели смысл условных знаков не сводится более к тому, чтобы зафиксировать и объяснить действительность, в используется для того, чтобы преодолеть и зашифровать ее, то к чему тогда все богатство позитивного познания, которое было накоплено флорентийской живописью в первой половине века и которое привело к грандиозным теоретическим построениям Пьеро? А посему теряет смысл перспектива как способ изображения пространства, не имеет смысла свет как физическая реальность, не стоит заниматься передачей плотности и объема как конкретных проявлений материальности и пространства. Чередование параллельных стволов или узор из листьев на заднем плане "Весны" не имеют ничего общего с перспективой, но именно по сравнению с этим фоном, лишенным глубины, обретает особое значение плавное развитие линейных ритмов фигур, контрастирующих с параллельностью стволов, точно так же, как тонкие цветовые переходы получают особое звучание в сочетании с резко выделяющимися на фойе неба темными стволами деревьев.
Фрески Боттичелли написаны на библейские и евангельские сюжеты, но трактованы не в "историческом" плане. Например, сцены из жизни Моисея призваны стать прообразом жизни Христа. Темы других росписей также имеют переносный смысл: "Очищение прокаженного" и "Искушение Христа" содержат в себе намек на верность Христа закону Моисея и, следовательно, на преемственность Ветхого и Нового заветов. "Наказание Корея, Дафана и Авирона" также намекает на преемственность закона божьего (что символически выражено аркой Константина на заднем плане) и на неизбежность наказания тех, кто его преступает, что недвусмысленно увязывается в сознании зрителя с еретическими учениями. Кое в чем можно усмотреть намек и на современных художнику лиц и обстоятельства. Но, связывая воедино исторически разновременные события, Боттичелли разрушает пространственно-временное единство и даже смысл самого повествования. Отдельные эпизоды, несмотря на разделяющее их время и пространство, спаяны друг с другом бурными взлетами линейного ритма, возникающими после длительных пауз, и этому ритму, утратившему мелодический, плавный характер, полному внезапных порывов и диссонансов, доверена теперь роль носителя драматизма, который не может быть более выражен через действия или жесты отдельных персонажей.
"Рождение Венеры" ок.1485
Это отнюдь не языческое воспевание женской красоты: среди заложенных в нее значений фигурирует и христианская идея рождения души из воды во время крещения. Красота, которую художник стремится восславить,-это в любом случае красота духовная, а не физическая: обнаженное тело богини означает естественность и чистоту, ненужность украшений. Природа представлена своими стихиями (воздух, вода, земля). Море, волнуемое ветерком, раздуваемым Эолом и Бореем, представляется голубовато-зеленой поверхностью, на которой волны изображены одинаковыми схематическими знаками. Символична и раковина. На фоне широкого морского горизонта развиваются с различной интенсивностью три ритмических эпизода - ветры, Венера, выходящая из раковины, служанка, принимающая ее с украшенным цветами покрывалом (намек на зеленый покров природы). Трижды ритм зарождается, достигает максимального напряжения и гаснет.
"Благовещение" 1489-1490г
художник вносит в сцену, обычно столь идиллическую, непривычную смятенность, Ангел врывается в комнату и стремительно падает на колени, и за его спиной, как струи воздуха, рассекаемого при полете, вздымаются его прозрачные, как стекло, едва видимые одежды. Его правая рука с большой кистью и длинными нервными пальцами протянута к Марии, и Мария, словно слепая, словно в забытьи, протягивает навстречу ему руку. Кажется, будто внутренние токи, невидимые, но ясно ощутимые, струятся от его руки к руке Марии и заставляют трепетать и изгибаться все ее тело.
"Мистическое Рождество" 1500 г,
Возможно, самое аскетическое, но в то же время наиболее заостренно-полемическое из всех произведений его последнего периода. И сопровождает его апокалипсической надписью, в которой предсказываются огромные беды для грядущего века. Он изображает немыслимое пространство, в котором фигуры на переднем плане меньше, чем более удаленные, ибо так поступали "примитивы", линии не сходятся в одной точке, а зигзагообразно расходятся по пейзажу, словно в готической миниатюре, населенной ангелами.