Основу коллекции музея составили картины, переданные из Эрмитажа, Академии художеств, Александровского и Зимнего дворцов. Особенно полна коллекция искусства XVIII — первой половины XIX вв. Это полотна И. Никитина, А. Матвеева, Ф. Рокотова, А. Лосенко, Д. Левицкого, И. Мартоса, А. Венецианова, а работы выпускников Академии художеств, в т. ч. «Последний день Помпеи» К. Брюллова, «Девятый вал» И. Айвазовского, «Медный змий» Ф. Бруни и др., а также приобретения императорской семьи последних 15–20 лет, в т.ч. картины передвижников «Грешница» В. Поленова, «Садко» и «Запорожцы», И. Репина, «Покорение Сибири Ермаком» В. Сурикова, пейзажи И. Шишкина и др.
К моменту открытия в собрании Русского музея насчитывалось 445 картин, 111 скульптур, 981 лист рисунков и акварелей. Из небольшого числа икон, переданных Академией, был организован отдел христианских древностей. В музее был также отдел этнографии Российской империи, славян и народов сопредельных стран.
Первоначально экспозиция музея не носила научного характера. Предметы, представлявшие художественную ценность, соседствовали с второстепенными вещами. Искусствовед П. Нерадовский в 1909–1910 гг. упорядочил коллекцию. В 1913 г. была приобретена первоклассная коллекция икон из коллекции Н. Лихачева (ок. 1, 5 тыс.), ставшая основой отдела древнерусского искусства.
Коллекция Русского музея быстро разрасталась, поэтому в 1911 г. было открыто новое здание, построенное по проекту архитектора В. Свиньина, для этнографического отдела между Михайловским дворцом и Большой Садовой улицей. В этом монументальном здании архитектор удачно воспроизвел стиль архитектуры К. Росси. Ныне здесь находится Музей этнографии народов России.
В 1912 г. между Михайловском дворцом и Екатерининским каналом архитектор Л. Бенуа возвел выставочный корпус, который теперь так и называется — Корпус Бенуа. И сегодня в этом корпусе постоянно проводятся различные выставки. Кроме того, в комплекс Русского музея входят ныне Строгановский, Михайловский (Инженерный) и Мраморный дворцы.
В Государственном Русском музее ныне хранится более 320 тыс. экспонатов, значительная часть которых находится в фондах и выставляется лишь на временных выставках. В отличие от Третьяковской галереи, в которой значительное место занимает древнерусская иконопись и картины передвижников, в Русском музее более полно представлено русское искусство XVIII в., русская академическая школа, произведения членов общества «Мир искусств» и русский авангард XX в.
Живопись и скульптура XVIII в. представлены работами Ф. Рокотова, Д. Левицкого, В. Боровиковского, Ф. Шубина, И. Мартоса, М. Козловского. В коллекции живописи XIX в. — картины В. Тропинина, П. Федотова, В. Перова, Н. Ге, И. Крамского, И. Шишкина, А. Куинджи, В. Верещагина, В. Васнецова. В Корпусе Бенуа развернута фундаментальная экспозиция художников Серебряного века, входивших в творческие объединения «Мир искусств», «Голубая роза», «Бубновый валет», «Союз молодежи». Здесь можно увидеть работы М. Врубеля, К. Сомова, В. Борисова-Мусатова, С. Судейкина, Н. Рериха, Б. Кустодиева, Ф. Малявина, В. Серова, П. Кончаловского. Авангардную живопись XX столетия хорошо демонстрируют картины К. Малевича, В. Татлина, М. Шагала, П. Филонова, К. Петрова-Водкина, Н. Гончаровой. В этой же экспозиции выставлены скульптурные работы П. Трубецкого, А. Матвеева, С. Коненкова, А. Голубкиной.
В уникальный архитектурный ансамбль Стрелки Васильевского острова, созданный архитектором А.Д. Захаровым и сам по себе являющийся музеем под открытым небом, входят здания Северного и Южного пакгаузов, Кунсткамеры, Музейного флигеля Академии наук, Таможни, Новобиржевого гостиного двора и, наконец, Главное здание Академии наук. Центральное место всего ансамбля принадлежит зданию Биржи, которое строилось в начале XIX в. по проекту архитектора Т. де Томона. Оно устроено по типу античного периптера — здания, окруженного со всех сторон колоннами. На главном восточном фасаде была установлена скульптура «Нептун с реками Невой и Волховом» работы И. Прокофьева, а на западном фасаде находится композиция «Навигация с Меркурием и двумя реками» скульптора Ф. Щедрина. При планировке Стрелки, восточную часть на 120 м выдвинули в акваторию Невы, благодаря чему образовалась Биржевая площадь. По сторонам этой площади у спуска к Неве архитектор Т. де Томон в 1810 г. поставил две монументальные Ростральные колонны, у подножия которых расположены четыре аллегорические изваяния, символизирующие, по легенде, четыре главные русские реки — Волгу, Днепр, Неву и Волхов. А полукруглые гранитные спуски к Неве завершаются поразительными по совершенству каменными шарами на постаментах.
Именно в здании Биржи разместился с 1939 г. Центральный военно-морской музей. Однако свое начало музей ведет с 1709 г., когда по распоряжению Петра I при Адмиралтействе была основана «модель-камора», в которой собирались чертежи и модели кораблей Российского флота. Это постоянно пополнявшееся собрание в течение 230 лет, до перевода в здание Биржи, находилось в Адмиралтействе и с 1805 г. называлось Морским музеем.
Ныне в Центральном военно-морском музее хранится более 800 тыс. экспонатов. На самом почетном месте — легендарный ботик Петра I, на котором основатель русского флота постигал основы кораблевождения. Около 2 тыс. моделей старинных и современных кораблей, 5 тыс. живописных полотен с изображением морских баталий и пейзажей, внушительные коллекции оружия, флагов и знамен, морских приборов и карт — все это неизменно привлекает внимание посетителей музея.
Истоки коллекции Военно-исторического музея артиллерии восходят к 1703 г. В XVIII–XIX вв. это собрание постоянно пополнялось. В 1850–1860 гг. за кронверком Петропавловской крепостью на другой стороне Кронверкского пролива в Александровском саду архитектор П.И. Томанский возвел здание арсенала, в котором с 1868 г. и разместили богатейшее собрание оружия, знамен, боевых реликвий.
Экспозиция начинается прямо у стен и продолжается в огромном парадном дворе музея, где установлены образцы тяжелой артиллерии, самоходные орудия, танки и бронемашины, ракеты, техника инженерных войск и войск связи. К раритетным экспонатам, находящимся в залах музея, относятся русские пушки XIV–XVI вв. — первая русская пушка пищаль, изготовленная на рубеже XIV–XV вв., бронзовая пушка мастера Якова, отлитая в 1491 г., пушки знаменитого московского литейщика Андрея Чохова. Из оружия XVIII в. немалый интерес представляют гаубицы, изобретенные генерал-фельдцехмейстером П.И. Шуваловым.
На Петроградской стороне у набережной Большой Невки напротив Нахимовского училища на вечной стоянке стоит крейсер «Аврора» — корабль-музей. Этот крейсер Балтийского флота имеет славную военную биографию. Он был спущен на воду в Санкт-Петербурге в мае 1900 г. Крейсер принял участие в Цусимском морском сражении и был в числе тех немногих кораблей, которые избежали гибели или плена. В годы Первой мировой войны «Аврора» несла дозорную службу в Финском заливе. В ночь на 25 октября 1917 г. корабль по приказу Военно-революционного комитета подошел к Николаевскому мосту. Отряд матросов с «Авроры» под командованием комиссара А.В. Белышева захватил этот мост, обеспечив продвижение красногвардейцев с Васильевского о-ва к центру города. Утром 25 октября 1917 г. радиостанция крейсера передала сообщение о переходе власти в Петрограде к ВРК. В 21 ч. 45 мин. холостым выстрелом бакового (носового) орудия «Аврора» подала сигнал к началу штурма Зимнего дворца. Моряки крейсера участвовали в революционных боях в Петрограде и Москве, Гражданской войне.
В 1923 г. крейсер был включен в состав учебного отряда Балтийского флота. Во время Великой Отечественной войны орудия, снятые с «Авроры» использовались при обороне Ленинграда, а сам крейсер, получивший пробоину, был полузатоплен. В 1944 г. «Аврору» подняли и с 17 ноября 1948 г. корабль встал на вечную стоянку, превратившись в учебный корабль Нахимовского училища. В 1961 г. на крейсере открыли музей. После реконструкции, проведенной в 1985 — 1987 гг., корабль-музей принимает до 1 млн посетителей в год.
Всероссийский музей А.С. Пушкина расположился в печально знаменитом доме по адресу Набережная Мойки, 12. Именно здесь, в квартире этого дома, принадлежавшего тогда княгине С. Волконской, поселилась в сентябре 1836 г. семья поэта. Именно в эту квартиру в студеный январский день 27 января 1837 г. привезли смертельно раненого на дуэли Александра Сергеевича. И именно в этой квартире, в библиотеке, двумя днями позже, 29 января 1837 г. Пушкин скончался… Позже дом был продан другому владельцу, который перестроил здание и всё, что было связано с памятью поэта погибло, лишь отдельные реликвии разошлись по частным коллекциям.
В 1925 г. по инициативе общества «Старый Петербург» в квартире Пушкина был создан Мемориальный музей, в который начали собирать вещи поэта и его родных. В коллекции оказался письменный стол и кресло Пушкина, его посмертная маска, жилет, в котором он стрелялся на дуэли, медальон с прядью волос. Постепенно собрали около 4 тыс. книг на четырнадцати языках, которые были или могли быть в пушкинской библиотеке. К столетию со дня смерти А.С. Пушкина удалось восстановить семь комнат пушкинской квартиры, в чем значительную помощь оказали сохранившиеся рисунки В.А. Жуковского. В 1982 г. в музее началась реставрация, а к 1987 г., к 150-летию со дня смерти поэта, весь дом и часть соседних помещений на Набережной Мойке были переданы музею. Так, в бывшей конюшне — так называемые «Бироновы конюшни» — разместился научно-просветительский центр с кинозалом.
Сегодня Всероссийский музей А.С. Пушкина — это крупнейшее в стране собрание реликвий пушкинской поры, рассказывающее о жизни поэта и его современников. Кроме постоянных экспозиций, здесь проводятся выставки, концерты, устраиваются вечера. Работники музею принимали участие в создании музейных экспозиций в Царском Селе, Пушкинском музее-заповеднике в Псковской области, Музее Арины Родионовны в деревне Кобрино.