Весьма значителен комплекс фондов кодификационных учреждений России XIX в., основной задачей которых было составление и издание Полного собрания законов и Свода законов Российской империи. Среди них фонды Кодификационного отдела Государственного Совета, Отделения свода законов Государственной канцелярии и др.
Одним из обширнейших является комплекс фондов из бывшего Архива Правительствующего Сената (1711–1917). Часть материалов его учреждений, главным образом сенатских комиссий, существовавших до 1802 г., в разное время была передана в РГАДА, а фонд Особого присутствия по политическим делам — в ГА РФ. В то же время часть сенатских документов XIX в., ранее хранившихся в Москве, была затем передана в РГИА. В них отложились императорские именные указы, текущая переписка с губернаторами, материалы сенаторских ревизий отдельных губерний; уголовные, кассационные и апелляционные дела практически на все категории населения. Фонд одного из сенатских департаментов — Департамента Герольдии (1757–1917) и Коллекция жалованных грамот, дипломов и патентов на чины содержат значительный комплекс генеалогической документации со сведениями о пожаловании дворянского звания и титулов.
Фонды высшего административного и судебного органа русской православной церкви — Святейшего правительствующего Синода (1721–1918) включают документы о внутренней церковной жизни — организации епархий, викариатств, консисторий и приходов, в том числе, архив Александро-Невской Лавры (1713–1918). Они представляют многообразную информацию о народном образовании (Училищный совет, Учебный комитет и др.).
В документах греко-католической (униатской) церкви представлены материалы из Белоруссии, Украины и Литвы (XV в.–1839 г.). Имеются фонды других религиозных конфессий, например Евангелическо-Лютеранской консистории, Римско-католической духовной коллегии, Англиканских церквей. Здесь хранятся также коллекции рукописных книг XIV – нач. XX вв., хартий, карт, строительных планов и фотографий.
В РГИА хранятся фонды почти всех министерств и главных управлений, действовавших на территории Российской империи в XIX – нач. XX вв.: внутренних дел, юстиции, финансов, торговли и промышленности, земледелия, путей сообщения, почт и телеграфов, народного просвещения, императорского двора и созданных при них для решения отдельных вопросов комиссий и комитетов.
В фондах Министерства финансов отражаются экономическая политика царского правительства, подготовка и проведение финансовых реформ, состояние внешней и внутренней торговли, таможенная и тарифная политика правительства, организация и деятельность монополистических предприятий. Документы показывают историю горнозаводской, нефтяной, металлургической, химической, лесопромышленной, текстильной и других отраслей промышленности, состояние их оборудования, условия труда и быта рабочих, внедрение изобретений и усовершенствований и выдачу привилегий на них (в том числе М. О. Доливо-Добровольскому, А. Н. Ладыгину, А. С. Попову, П. Н. Яблочкову и др.), а также историю организации всероссийских промышленных выставок и участия России во всемирных выставках (фонды Департамента торговли и мануфактур, Министерства торговли и промышленности, Горного департамента, Комитета по техническим делам, Главной палаты мер и весов, предпринимательских организаций и акционерных обществ и товариществ и др.).
Историю развития транспорта раскрывают фонды Министерства путей сообщения, подчиненных и предшествующих ему учреждений, округов путей сообщения, правлений казенных и частных железных дорог. В них представлены сведения по вопросам изыскания, сооружения, эксплуатации, ремонта и усовершенствования железных, шоссейных дорог, мостов, тоннелей. Имеются документы по исследованию морей и рек, сооружению морских и речных портов, о состоянии водных коммуникаций, об исследовании и приведении в судоходное состояние Волги, Днепра, Дона, Урала, рек бассейна Амура, о проектировании Беломорско-Балтийского, Волго-Донского, а также строительстве Днепровско-Бугского, Мариинского, Ладожского каналов. В документах содержатся сведения по истории почтовой, телеграфной и телефонной связи.
Документы фондов Министерства земледелия и центральных учреждений, ведавших сельским хозяйством, освещают состояние сельского хозяйства, дворянского и крестьянского землевладения. Описания казенных, удельных, дворцовых и частновладельческих имений, статистические ведомости и материалы ведомственной переписки отражают поземельное устройство крестьян, переселенцев, кочевых народов. Имеются документы о проведении в жизнь крестьянской реформы 1861 г., по истории Столыпинской аграрной реформы. Материалы Сельскохозяйственного ученого комитета, Департамента земледелия. Вольного экономического общества и других фондов отражают историю отечественного земледелия и животноводства, в том числе опыт распространения различных сельскохозяйственных культур, борьбы с засухой и другими стихийными бедствиями и т. д. В фонде Лесного департамента отложились материалы по истории лесного хозяйства и лесной промышленности.
В архиве хранятся документы, характеризующие природные ресурсы страны, природоохранительные мероприятия государственных учреждений и общественных организаций, освещающие историю мелиорации, строительства гидротехнических сооружений, и др.
Документы Министерства народного просвещения, Комиссии об учреждении народных училищ, Департамента народного просвещения, Главного правления училищ и его Ученого комитета, Комитета устройства учебных заведений, научных обществ и других фондов показывают состояние народного образования и науки, научные и культурные связи России с зарубежными странами. В архиве хранятся отчеты учебных округов, дирекций народных училищ, уставы учебных заведений и просветительных обществ, переписка об открытии, преобразовании и управлении ими, а также о развитии внешкольного образования, организации народных чтений, библиотек, об издании учебной литературы, о подготовке учителей, о педагогических курсах, съездах. Фонды содержат донесения о волнениях учащихся, об их участии в революционном движении, сведения о тайных студенческих обществах, об арестах и учреждении надзора за студентами и преподавателями.
В фонде Департамента народного просвещения отложились дела о жизни и научной деятельности профессоров высших учебных заведений Ф. А. Бредихина, Н. Е. Жуковского, Н. И. Лобачевского, Д. И. Менделеева, Н. И. Пирогова, Н. В. Склифосовского, В. Я. Струве, К. А. Тимирязева и других выдающихся ученых.
Архив хранит документы по истории российской науки, в том числе по истории Академии наук и других научных учреждений, об организации и деятельности научных обществ, участии русских ученых в международных конгрессах.
Сведения по истории отечественной медицины и здравоохранения, о медицинском образовании, устройстве земских больниц, аптек и лабораторий, деятельности медицинских учреждений отразились в фондах Медицинского департамента, Управления главного врачебного инспектора, Канцелярии генерал-штаб-доктора гражданской части. Имеются документы по истории русского спорта.
Фонды, содержащие документы по культурной истории России:
Фонды цензурных учреждений содержат материалы о периодических изданиях, выходивших на русском и на других языках народов России, в том числе о цензурных репрессиях в отношении журналов «Современник», «Отечественные записки», легальных большевистских газет и журналов («Правда», «Вперед», «Новая жизнь» и др.), об издании Сочинений К. Маркса, Ф. Энгельса, В. И. Ленина, произведений декабристов, В. Г. Белинского, А. И. Герцена, Н. Г. Чернышевского, Н. А. Добролюбова и др. В этих фондах имеются сведения о прохождении через цензуру произведений А. С. Пушкина, М. Ю. Лермонтова, Н. А. Некрасова, И. С. Тургенева, Л. Н. Толстого, М. Е.Салтыкова-Щедрина, А. П. Чехова, А. М. Горького, о цензурном рассмотрении пьес А. С. Грибоедова, Н. В. Гоголя, А. Н. Островского, других классиков отечественной и мировой литературы.
Документы архива освещают деятельность сословных органов самоуправления, содержат сведения о составе и занятиях городского населения, об истории городов, их благоустройстве, планировке и застройке, прокладке водопроводов, канализации, освещении и замощении улиц. Сохранились планы городов и их частей, чертежи отдельных казенных зданий, дворцов, театров, церквей, жилых домов. В фондах архива имеются авторские чертежи архитекторов В. И. Баженова, Д. Кваренги, М. Ф. Казакова, В. В. Растрелли, К. И. Росси и др.; материалы по истории Петергофской и Екатеринбургской гранильных фабрик, о производстве художественного фарфора и стекла, об изобретениях И. И. Ползунова, К. Д. Фролова, Е. А. и М. Е. Черепановых.
Документы Департамента герольдии, коллекции формулярных списков чинов гражданского ведомства содержат сведения по геральдике, сфрагистике, генеалогии, биографические данные.
Архив хранит фонды личного происхождения государственных и общественных деятелей, в том числе семейные фонды Абамелек-Лазаревых, Бобринских, Васильчиковых, Волконских, Голенищевых-Кутузовых, Толстых, Милютиных, Мордвиновых, Паленов, Репниных, Толстых, Шереметевых, Шуваловых; личные фонды П. А. Валуева, С. Ю. Витте, А. В. Головнина, П. Д. Киселева, С. С. Ланского, М. Т. Лорис-Меликова, И. Ф. Паскевича; историков Н. В. Калачева, Н. М. Карамзина, М. П. Погодина, С. С. Татищева, П. Е. Щеголева и др.
Имеются сведения о восстаниях крестьянства в XVIII — первой половине XIX в., о крестьянском движении в пореформенный период, о первых выступлениях рабочих, о возникновении и деятельности политических организаций, выступавших против самодержавия: декабристов, народовольцев, марксистских кружков, социал-демократических организаций и др. Освещены события первой российской революции 1905—1907 гг., Февральской буржуазно-демократической революции. Среди них — «всеподданнейшие» доклады министра юстиции, донесения прокурорского надзора, дела о судебных преследованиях и административных репрессиях в отношении участников революционного движения, статистические сведения о забастовочном движении.